北宋期间的王安石变法，虽然在颁布后都产生了或大或小的弊端，但还是极大地促进了社会的发展，神宗时期国家收入进一步提高，一定程度上抑制了豪强地主的兼并势力，并依靠军事制度上的几个行之有效的改革取得了如熙河开边等军事成就。
作为王安石变法的第二号人物，吕惠卿在变法革新中发挥了重要的作用。熙宁初年，吕惠卿任”制置三司条例司”的“检祥文字”，“事无大小，安石必与惠卿谋之;凡所建请章奏，皆惠卿笔也。”熙宁初年间均输法、青苗法、市易法、免役法等法令的颁布，他都有重要的参与。王安石曾说：“法之初行，议论纷纷，独惠卿与布(曾布)终始不易，余人则一出焉一入焉尔!”
主管司农寺期间，“主行常平、农田水利、免役、保甲诸法”，工作出色，成绩卓著，神宗皇帝赞曰：“吕惠卿言农行 ，事甚善，然尚未了五分，若司农，即天下事大定矣。”
吕惠卿主持国子监期间，积极建议学校挑选贡举，选通经术、谙政事的人主判太学，以有学行艺术者为教授。与此同时，在全国各地设立学校。王安石接受他的意见，罢停制举，整顿学校，从中央至地方，学官、教授全改由经过中书或国子监选择之人充任。
他主管军器监时，经一番整顿，裁定中外所献枪刀样式，规定枪刀质量标准， 又编制《弓箭》一书，供制造弓弩参照。自此，所制兵械精利，改善了宋军的武器装备，增强了抵御能力。
在吕惠卿任职参知政事期间，继续推动新法的进行，不仅废罢了制科，还保证了市易法的继续推行。两次灾荒(1073-1974年)期间，吕惠卿等变法派在汴京粜卖了数以万计的粮食，稳定了京师居民的生活。尤其是在河北、江浙等为地区，利用贮的青苗钱米，募集受灾农民兴建水利和从事其他工役，度过灾荒。
吕惠卿守边时，推广了置将法等新法，并改变了许多现象——“陕西缘边汉蕃兵各自为军，每战则以蕃部为先锋，而汉兵城守，伺便乃出战。惠卿始合之为一，先搜补守兵而出其选以战，随屯置将，具条约上之。“吕惠卿守边期间还在元丰八年(1085年)和绍圣三年(1096年)取得了两次大的胜利。
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