基本思路：阴阳交感而生宇宙万物，宇宙万物是阴阳的对立统一。阴阳学说是在气说的基础上建立起来的，并在气说的基础上，进一步认为天地，日月，昼夜，晴明，水火，温凉等运动变化中一分二的结果，这样就抽象出来"阴"和"阳"两个相对的概念。阴阳是抽象的概念而不是具体事物，所以"阴阳者，有名无形"(《灵枢·阴阳系日月》)。
阴和阳之间，并不是孤立和静止不变的，而是存在着相对，依存、消长、转化的关系。现分述如下：
相对性
阴阳是说明事物的两种属性，是代表矛盾对立、统一的两个方面。是自然界相互联系的事物和现象对立双方的概括。如天为阳、地为阴;白天为阳、黑夜为阴;上为阳、下为阴;热为阳、寒为阴;阳电与阴电等。诸如此类，说明了不论任何事物，都是对立存在宇宙间的，但是，事物的阴阳属性不是绝对的，而是相对的，必须根据互相比较的条件而定。就人体而言体表为阳，内脏为阴;就内脏而言，六腑属阳，五脏为阴;就五脏而言，心肺在上属阳、肝肾在下属阴;就肾而言，肾所藏之“精”为阴，肾的“命门之火”属阳。由此可见，事物的阴阳属性是相对的。
互根
古代医学家称为“阴阳互根”。中医学有“阳根于阴，阴根于阳，”，“孤阴不生，独阳不长”和“无阳则阴无以生，无阴则阳无以化”等论点。意思是说，阳依附于阴，阴依附于阳，在它们之间，存在着相互资生、相互依存的关系――即任何阳的一面或阴的一面，都不能离开另一面而单独存在。以自然界来说，外为阳、内为阴;上为阳，下为阴，白天为阳、黑夜为阴。如果没有上、外、白天，也就无法说明下、内、黑夜。以人体生理来说，机能活动属阳，营养物质(津液、精血等)属阴。各种营养物质是机能活动的物质基础，有了足够的营养物质，机能活动就表现得旺盛。从另一方面来说，营养物质的来源，又是依靠内脏的功能活动而吸取的。
以上说明二者是相互依傍、存亡与共的，如果没有阴，也就谈不上有阳。如果单独的有阴无阳，或者有阳无阴，则势必如《内经》所说：“孤阳不生，独阴不长”，则一切都归于静止寂灭了。
消长
指阴阳双方在对立互根的基础上是在永恒地运动变化着，不断出现“阴消阳长”与“阳消阴长”的现象，这是一切事物运动发展和变化的过程。例如：四季气候变化，从冬至春至夏，由寒逐渐变热，是一个“阴消阳长”的过程;由夏至秋至冬，由热逐渐变寒，又是一个“阳消阴长”的过程。由于四季气候阴阳消长，所以才有寒热温凉的变化。万物才能生长收藏。如果气候失去了常度，出现了反常变化，就会产生灾害。
临床上常常以阴阳偏盛偏衰(即阴阳消长)来说明临床的不同证候。例如，寒属阴、阴盛则见寒证，如受冷后出现的胃寒腹痛、腹泻等;热属阳、阳盛则见热证，如一般的急性肺炎、有高热口渴、皮肤红等急性热病症状。有些虚弱的病症，其发病机制不是因为阴或阳的偏盛，而是因为偏虚。如果某脏腑的阴偏虚，称为“阴虚”，此为阴消，“阳”相对的突出，因为热属阳，故阴虚见热证。这种现象称为“虚热”。如果某脏腑的阳偏虚，此为阳消，称为“阳虚”，此时“阴”相对突出，因寒属阳，故阳虚见寒证，这种现象称为“虚寒”。
在正常情况下，阴阳常处于相对平衡的，如果“消长”关系超出一定的限制，不能保持相对的平衡时，便将出现阴阳某一方面的偏盛偏衰，导致疾病的发生。
转化
指同一体的阴阳，在一定的条件下，当其发展到一定的阶段，其双方可以各自向其相反方面转化，阴可以转为阳，阳可以转为阴，称之为“阴阳转化”。
如果说“阴阳消长”是一个量变过程的话，则转化便是一个质变的过程。《素问》所谓“重阴必阳，重阳必阴”、“寒极生热”，“热极生寒”。寒“极”时，便有可能向热的方向转化，热“极”时，便有可能向寒的方向转化。如某些急性热病，由于邪热极重，大量耗伤机体正气，在持续高热的情况下，可以突然出现体温下降，四肢厥冷，脉微欲绝等一派阴寒危象，这种病症变化，即属由阳转阴。若抢救及时，处理得当，使正气恢复，四肢转温，色脉转和，阳气恢复，为由阴转阳，病情好转。此外，临床上常见的各种由实转虚，由虚转实、由表入里、由里出表等病证变化，也是阴阳转化的例证。
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