赵氏创立命门理论，阐发肾命水火的关系，并将其广泛应用于临证。如痰证、血证、咳嗽、吐血、喘证、喉咽痛、眼目病、齿病、口疮、耳病、消渴、中满、噎膈、泻痢、大便不通、小便不通与失禁等多种病证，不仅从其一般辨证规律进行施治，而且均注意到从肾命水火亏虚方面进行分析，广泛使用六味、八味诸方，为治疗以上疾病提供了有益经验。如其辨治血证，赵氏提出，血不仅有其本身为血的特点，而且属水，故而肾中真水干涸，则真火势必上炎，血亦随火而上腾;反之，若肾中真火衰竭，则真水反盛，血亦失所依附而上泛，这是血证产生的两种病机。因此，在治疗时，由于阳虚而动血上泛者，用桂、附加于八味丸之中，使肾中温暖，龙雷之火潜归于原宅，不用寒凉而火自降，不必止血而血亦自安。若因肾中水涸而火炎者，就可用六味丸以补水配火，不必去火，而血亦安。
其辨痰证
认为痰本非人身所固有，或是水泛为痰，或是火炼为痰。因此，辨痰证，当分辨有火无火，由于火衰不能制水，水不归原，泛溢为痰，痰如清水者，赵氏主张用八味丸以补命火，火壮水化则痰自消。由于阴虚火动，水液沸腾而动于肾，骤而成痰者，其痰重浊白沫，则应当选用六味丸以滋水配火，火静则痰自消。脾为生痰之源，赵氏治痰，虽亦接受用四君子汤或六君子汤之类补脾燥湿化痰之法，然更重视治肾命之本。其论喘证，一般认为属气有余之证，赵氏认为，当属火之有余，水之不足。因此治疗当用六味丸加麦门冬、五味子等，壮水之主，使水升火降，喘息自定。若有由于命门真元之火，不能归其下元，阴气在下，阳气浮越于上，亦可见呼吸气促，其证似喘非喘，外见四肢厥逆，面赤烦躁，脉象两寸浮大而散，两尺微而无力。治疗主张用八味丸等，以人参生脉散煎服送下。总之，对喘证属虚者，从肾命水火治疗，亦可见其重视肾命的观点。
对于郁证的治疗
认为“凡病之起，多由于郁。郁者，抑而不通之义。”赵氏所论郁证不仅包括各种杂证，还包括一切外感病。由于多因木郁导致诸郁，故可“以一法代五法”。其治木郁，使肝胆之气舒展，则诸郁自解。逍遥散是赵氏治疗木郁的主剂，并常结合左金丸和六味地黄丸同用。他认为，“世人因郁而致血病者多。凡郁皆肝病也，木中有火，郁甚则火不得舒，血不行藏而妄行”。这种失血，或因怒郁、忧郁，或因阴虚火旺之人外感风寒暑湿，皮毛闭塞，火不能泄，以致血随火而妄行，出现鼻衄、吐血等证。其辨证要点是：“凡系郁者，其脉必涩，其人必恶风恶寒……须视其面色必滞，必喜呕，或口苦，或口酸”。审有如是证，则当舒散其郁为主，即“木郁达之”、“火郁发之”之义。其方用逍遥散加丹皮、茱、连。血止后当用六味地黄丸滋阴善后，否则多复发。
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