陈修园著作很多，坊本有题名二十三种、三十二种、四十八种、五十种、七十二种的说法，多为开蒙普及读物，有《伤寒论浅注》、《长沙方歌括》、《金匮要略浅注》、《金匮方歌括》、《灵素节要浅注》、《伤寒医诀篡解》、《神农本草经读》、《医学三字经》、《医学实在易》、《医学从众录》、《女科要旨》、《时方妙用》、《时方歌括》、《景岳新方砭》、《伤寒真浅注》，因此影响较大。在学术观点上陈修园是典型的尊经崇古派。后世所编《陈修园医书》中不少是托名作品。
陈氏“劝读十则”，根源于清，流承至今，所论内容丰富，见解明确实用，古今皆宜。此乃启迪深思，备受人用，医术医德医患，收益久远矣。
解放前，虽然各地设立了一些私立中医学校，但能人学人数不多，可是读陈修园书而当医生的甚多。中国当代的一些著名老中医，也有不少是从陈修园的书开始学医的。由于陈修园的书畅销各地，买的人很多，书商为谋取厚利，以假乱真，把其他医家的书也印上他的标签，故有陈修园医书三十二种、四十八种、五十种、七十二种之说。
陈修园是遵经派，明白《黄帝内经》的重要性：“夫医家之于内经，犹儒家之于四书也。日月江河，万古不废”。在医学教育方面，陈修园特别强调启蒙教育的重要定向作用：“医学之始，未定先授何书，如大海茫茫，错认半字罗经，便入牛鬼蛇神之域”，“入门正则始终皆正;入门错则始终皆错”。因此，《南雅堂医书全集》具有以《黄帝内经》、《神农本草经》为基础，以《伤寒论》、《金匮要略》为中心，博采众家之所长的整体结构。这套书内容比较完备，包括了经典的基础理论，诊断、方剂、药物和各种病症的治疗;写法上深入浅出，又多从临证需要出发，切合实用;文字清新流畅、浅显通俗，且多赋以韵脚，或作成歌括，易读易记。因此这套书利于自学，是中医普及教育的理想教材。无怪其问世以来便广为流传，近两百年中好评经久不衰，对中医教育的普及起到了很大的推动作用。
《南雅堂医书全集》的巨大成功，除了上述的内容、写法和文字的因素外，还有一个重要的、甚至可能是最重要的因素，那就是作者济世救人的诚心和著书的态度。如前所述，作者的好几本书都是由于自己在大面积救治病人时，痛心于庸医误人的现状而起心撰写的。而作者对于写书的严肃态度和无私奉献的精神也使人感动并堪作后学的楷模。
据陈修园的儿子陈元犀说，他父亲病危时十多天水米未沾，他已经为父亲准备了后事。中秋那天半夜过后，他父亲又稍微清醒些了，每天早晚可进一茶杯的水或食物。于是就对他说：我这几年所写的书还不完备，比如霍乱、吐泻两条也须重新补写，应该采用张仲景的理中汤和孙思邈的治中汤，“以正群言之失，亦以见古人立法之纯”。他把自己在人间的最后光阴，都投入到自己留给后人的书上，其诚可感、精神可嘉。
《南雅堂医书全集》是在同治四年(1865年)首刻刊行的，接着就有二、三十家书商翻印。在不断翻印的过程中，书商们就逐渐加入他人的医书，混杂其中，于是从《陈修园医书十六种》变成了二十多种、三十多种、…最后多至七十二种!在加入的医书中，有的是名家的著作，比如王孟英的《霍乱论》和竹梅居士的《急救经验良方》，有许多是无名氏的著作。这个现象从一个角度证明了《南雅堂医书全集》在当时流传之广。不但学医的人争购，连许多不学医的人也要买一套放在家里，作为保健常识书来翻阅。
到了清代，历代中医典籍已经汗牛充栋，授徒的中医们各自凭自己的经验和理解选择授徒的课本，官方并无统一的教材。乾隆四年(1739年)，一批医家在乾隆皇帝的御召下用三年的时间编撰成了《医宗金鉴》。这是一套大型的医学丛书，共有48册，内容包括基础理论和各科的疾病治疗方法。这套书平正朴实，强调基础和应用，是官方出版的医学教材，也是皇家的太医院医学考试的标准参考书。这套书出版时(1742年)，陈修园还没有出生。因此，陈修园的《南雅堂医书全集》是在《医宗金鉴》这样一套权威著作的对比中脱颖而出、成为中医历史上最有影响力的个人专著的。
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