明末鼠疫，又称明末华北鼠疫、京师大瘟疫、明末大鼠疫、疙瘩瘟，是指明朝崇祯帝在位期间中国北方出现的大鼠疫。
明代中期以后中国进入了一个空前少雨的年代，出现全国性的大旱灾。万历、崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，大旱之年的比率也在增加。波及华北数省的大鼠疫首先在山西爆发。
明末大鼠疫开始于崇祯六年(1633年)，地点是山西。崇祯十四年传到河北，并随着李自成和清朝的军队传到更多的地区。崇祯十四年(1641年)，鼠疫传到北京，造成北京人口的大批死亡。
明末鼠疫这场大鼠疫是的“街坊间小儿为之绝影，有棺、无棺，九门计数已二十余万。”北京在1643年的8月到12月间，保守估计死亡人数已高达全城的五分之一。所以当次年的4月，李自成攻进大明帝国的都城北京时，他面对的是一座“人鬼错杂，日暮人不敢行”的死城。
上海交通大学历史学系教授曹树基根据华北地区明朝末年地方志以及一些明代人的记录，在其论文《鼠疫流行与华北地区社会的变迁》中，首次提出了明末席卷华北地区的瘟疫实际就是鼠疫。近十年之后，他与李玉尚合著《鼠疫：战争与和平》，对前期的研究做进一步的完善，提出了“老鼠亡明”的观点。
异常寒冷的气候频繁引发水灾、旱灾、蝗灾、鼠疫等，成为波及全国范围的大瘟疫，形成“水旱灾——饥荒——瘟疫”的恶性循环，,成为明王朝崩溃的根本原因。
背景
生态破坏
历史记载，自明嘉靖始，明朝与蒙古边境之间常有变乱，致使许多汉人被俘或逃往蒙古草原，大面积的牧场被开垦为农田，改变了牧场的生态环境。其中，原本生活在草原上的老鼠生存空间被压缩，人与鼠接触的机会大大增加。
气候异常
同时，明朝末年恰又是旱灾频发的年代，万历期间曾有过三次大旱且均引发瘟疫;崇祯十四年，再遭大旱且历时4年。旱灾肆虐，逃荒保命的不只是难民，老鼠也需到处寻找食物，较大数量的老鼠进入人类的居住地也就顺理成章了。鼠疫杆菌通过寄存在它们身上的跳蚤将病毒传染给了难民，而难民的迁徙流动又使病毒延伸到更大的地域。华北地区作为明末农民战争后期的主战场，天灾人祸并至，明末大瘟疫正是在这样的背景下开始酝酿。
1618年，万历46年，广东下起了大雪，这标志着“小冰河时期”的开始，从这时开始中国遭到了持续干旱和低温的侵袭，到1638年，崇祯11年，漕河干枯，1640年，崇祯13年，黄河干枯了，而长江和淮河竟然已经全部封冻。朝末年中国内地大部分地区进入小冰河时期，全国性的旱灾蝗灾和鼠疫长年反复上演。对于一个庞大的农业国家根本无力抗拒这种打击。伴随着自然灾害而来的是内部的暴动，东北和西南地区发生的叛乱。
崇祯10年-14年，中国华北地区连续4年大旱。崇祯14年，在山西北部一个春季干旱荒野上的午后，一只因为体内鼠疫菌正在大量繁殖，而堵塞消化道无法吸血的跳蚤，跳上一只灰老鼠身上拼命的叮咬它，这时大量的鼠疫菌进入被叮咬的灰老鼠体内。于是鼠疫菌在这个身材比跳蚤大无数倍的新家更加快速的繁衍，十多个小时以后，灰老鼠开始出现高热症状，它的内脏开始溃烂出血。在灰老鼠死时，它体内的大量鼠疫菌开始转移到附件的其他老鼠身上，随后从一个老鼠家庭向另外的老鼠家庭传染。
常年干旱食物减少，老鼠们身体虚弱，免疫力下降，很快整个地区，都布满了鼠疫菌。干旱缺水也导致了鼠疫菌以更快的速度繁殖。
很快成群结队的带菌老鼠由于高热导致身体炎热难忍，它们到处寻找水源拼命的喝水。于是为了寻找水源，老鼠们集体出发，开始了向四面八方搬家的历程，在这个旅程中更多被感染的老鼠加入了搬家大军。
崇祯14年夏天，中国内地突然出现大群大群的老鼠互相咬着对方的尾巴成群结队渡过江河险阻，进入安徽，河南，河北等诸省。
50%的崇祯年份都是大旱，大旱造成粮食大幅度减产，国民体质严重下降，卫生条件极度恶化。在这一年崇祯14年，中国内地还是普遍大旱，在河北春季几乎无雨，老鼠大军找不到水喝继续向更南的南方进军。
同时饥荒中慌不择食的人们开始偷吃老鼠藏在洞里的食物，吃成片死在路边的老鼠，横扫全国的鼠疫大爆发终于开始了。于是在中国的史书上留下了，崇祯14年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶。广平府大饥疫，人相食。京师大疫，天津大疫。河南全省大疫，开封府阳武县死者十九，灭绝者无数。荣阳，民死不隔户，三月路无人行。
山东青州，济南，德州，泰安相继发生大疫。安徽大疫，青蝇大如枣，凤阳府，安庆府，庐州府相继被鼠疫攻陷，死者最多的地方死亡人口达到90%，于是庐州府，就是现在的合肥一带，民有绝户，繁华大街如同静夜，无人行走。
流民因素
气候变化还会导致瘟疫的流行。由于大规模的流民出现，瘟疫在明代后期也日益猖獗。据《明史》记载，从1408年到1643年，发生大瘟疫19次，其中1641年流行的一次瘟疫遍及河北、山东、江苏、浙江等。当时著名医学家吴有性在《瘟疫论·原序》就着重指出：“崇祯辛已(1641年)，疫气流行，山东、浙省、南北两直，感者尤多。至五六月益甚，或至阖门传染。”
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