嘉靖四十五年，海瑞抬棺上书《治安疏》，名震天下，让天下人认识了“海刚峰”的名号。海瑞因为上书被下狱后，以徐阶、高拱、张居正为首的清流势力，对海瑞展开了营救，通过多种手段，确保海瑞不被嘉靖处死。同年，嘉靖皇帝驾崩，徐阶和张居正负责拟定遗诏，在遗诏中增加大赦的旨意，赦免了曾经得罪嘉靖皇帝的人，很多人被从牢狱中释放出来，其中就包括海瑞。海瑞被释放出狱后，官复原职，仍旧出任户部主事。此后在徐阶当政期间，海瑞官运亨通，不到三年，就从六品主事，升任正四品右佥都御史，巡抚应天，成为实权人物。
隆庆三年，徐阶被罢官后，海瑞的仕途也就走到了头，出任应天巡抚半年左右，被改任闲职。海瑞在上任新职务的途中，又被重新起用，执掌权力的高拱排挤进南京户部，之后海瑞因病隐退，回了海南养老。万历元年，高拱因与李太后、司礼监冯保争斗，被张居正联合后宫，勒令致仕。从此张居正执掌国政，在张居正执政的十年间，不少人向张居正推荐海瑞，据说海瑞也曾写信向张太岳求官，但是张相公却坚持不用海瑞。
政治主张不同，任用海瑞徒增烦恼
张居正主持的万历新政，就其实质而言，是一次农业经济向商业经济过度的，地主阶层内部的改革。虽然说张居正改革政策有很多，但其还是以“一条鞭法”为核心的税制改革，以“考成法”来强化改革的推进。同时将商业税纳入国家的税收体制中，着力于解决明朝从立国之初就面临的畸形的严峻的财政问题。所以说张居正的核心主张是改革、推进社会发展进程，“一条鞭法”的重要基础是高度发达的商业活动，否则就会产生严重破坏农业生产。试想一下，没有商业流通，市场没有大量的货币，农民怎么把生产的粮食等产物换成货币进行完税呢。
如果农民堆积农产品无法交换，会不会产生谷贱伤农的恶性循环，所以张居正的改革基础是明朝中后期已经高度发达的海内外贸易活动，市场的流通空前繁荣。而不仅仅是基于农业生产的赋税增加，甚至于万历新政虽然严格进行田亩清丈，但是其对于土地兼并却并没有太过严厉的禁止，田亩清丈更多的目的在于严查隐匿，增加课税土地。而海瑞的政治主张却是复古，他与张居正的改革是南辕北辙，从张居正死后，海瑞被起复为南京吏部右侍郎，给万历皇帝的上书中，列举明太祖朱元璋刑法，剥人皮装上草制成皮囊，以及定律枉法达八十贯判处绞刑的规定，说应当用这样的方法惩治贪污。
他主张严格按照《大明律》将田产分于平民，整治百官，严查贪污腐败，甚至高举太祖祖训，要求按照洪武年间的规矩办事。这样的两个方向，基本上政治主张上有不可调和的矛盾，虽然海瑞在应天也推行过一段时间的“一条鞭法”，但是小范围的推广和全国的整体布局是有很大差别的。而且张居正还有更加深远的改革目的，是不容许有其他意见一直在朝中非议的。
海瑞的世界，别人都不太懂
从嘉靖四十五年，海瑞被官复原职后，到隆庆三年，海瑞做了几件很让人看不懂的事情。有些事情让人觉得他想投靠徐阶，但是最后却把徐阶一派得罪得死死的。
第一件事，在隆庆元年，内阁首辅和内阁大学士高拱的矛盾逐渐公开化，此时还是六品官员的海瑞，却旗帜鲜明地站在徐阶一方，多次上书明的暗地攻击高拱。在御史齐康弹劾徐阶时，海瑞还上书抨击齐康是高拱的走狗，受高拱指使弹劾徐阶，比高拱还坏。这真是明明白白地打高拱的脸啊，这是急于报答徐阶的保护恩情了，但是双方的这场骂战，真不是他应该参与的。第二件事，徐阶罢官回家后，海瑞因为徐家占据多达二十万亩土地，徐家子弟为非作歹，横行乡里，揪着徐家不放，坚持秉公办理。最后搞得此事人尽皆知，徐阶颜面尽失，落了个晚节不保。相传，最后徐阶花费三万两黄金，贿赂给事中戴凤翔，最后通过张居正罢免了海瑞。徐阶贿赂的事情，大致是杜撰的，因为隆庆三年，执掌吏部的应该是高拱，那么海瑞还有好果子吃吗，根本就不用徐阶费尽心思花钱办事。
从这两件事，能看出来，海瑞虽然刚直不阿，但是办事却很难把控，按说徐阶把他提拔到应天巡抚的位置上，好歹念点恩情，不要搞得太没面子了。但是海刚峰却是不拘这些小节，一律照章办事，海瑞是把双刃剑，张居正也怕那天不小心划伤了手，所以坚决不用他。
对待贪污的态度，观念差距较大
其实明朝到了嘉靖、万历年间，官员贪污腐败，已经是极为常见的事情了，而且官员生活也极为奢侈。高拱和张居正已经算是比较清廉的了，但是个人生活还是比较奢侈的，张居正甚至有二十四人抬的轿子，高拱也是广纳妻妾。
这些在高举《大明律》和《皇明祖训》的海瑞面前，都是弹劾攻击的内容，站在道德制高点的好人可以谴责他们，他们却拿海瑞没啥办法。高拱和张居正的改革，其实对下级官吏都是有一定限度的贪污容忍的，比如张居正的“火耗银”，高拱的提升边军将领待遇等。这些难免要被海瑞说三道四，不用他省的麻烦。
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