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清军入关后，南明政权偏安于一隅。永历皇帝朱由榔是南明的最后一位皇帝，适逢乱世，他的帝王生涯可以说十分凄惨。
顺治十三年，除云贵的永历政权和郑成功仍旧抗清之外，清朝基本已经完成了对大陆的统一。因此，清朝若想实现全国统一，必须对盘踞在云南的永历政权进行征伐。顺治十四年清廷派遣吴三桂进军云贵地区。历经两年的战争，至顺治十六年，吴三桂攻克云南，并对永历帝穷追不舍。永历帝携文武百官逃亡南下。二月，在土司沐天波的帮助下，永历帝进入缅甸，开始了流亡缅甸的生涯。
清廷为斩草除根，于是命吴三桂镇守云南，并密令其剿除永历帝。吴三桂在平定云南局势之后，开始进攻缅甸，擒拿永历皇帝。因吴三桂与缅甸国王勾结，所以缅甸国王对永历政权进行威逼和屠杀。当时的永历皇帝已经到了山穷水尽的地步，最终被吴三桂擒拿。
永历皇帝被吴三桂擒拿之后，便成为了清朝的鱼肉，任其宰杀。而事实是，永历皇帝死于吴三桂之手，那么清朝当时是否有赦免永历帝的史实?吴三桂是否痛下决心杀死永历皇帝呢?这些还需要进一步分析。
首先，处死永历帝并非康熙的命令。
永历帝死于1662年，也就是康熙皇帝登基不久，还是幼孩，所以一切政令主要是由四大辅臣和文武百官协商所做出的决定，实质是代表的整个清廷的意见。
然而史书中，并没有明确记载清廷要求吴三桂赐死永历皇帝的命令。一种可能是清廷意欲斩草除根，以绝后患，所以曾下令将永历帝杀死，但为青史留名，史书多将这一命令隐讳不录;第二种可能便是当时全国大局已定，清廷为笼络人心，打算放过永历皇帝一条性命。
其次，吴三桂极力处死永历皇帝。
不管清廷是何种态度，最终的结果是吴三桂否决了爱星阿将永历皇帝献俘北京的建议，而是奏请朝廷直接在云南当地处死永历皇帝。吴三桂主张处死永历帝原因如下：
第一，害怕献俘北京途中永历帝脱逃。
吴三桂擒获永历帝可以说是费了九牛二虎之力，而当时清朝的局势尚不稳定，反清势力尚未完全平息。云南距京城遥远，献俘北京不能确保万无一失。
第二，吴三桂将擒获永历帝视为不世之功。
此次擒获永历帝，虽然从军事上而言，意义不大，但却具有着清朝获得正统地位的这一重要的政治象征意义，所以清廷十分重视，在得知永历被擒后，清廷进行了祭天活动，可以说清廷对这件事情十分重视。吴三桂早在清军入关之时，便投降了清朝，并在清朝统一全国的战争中，立下了汗马功劳，所以清廷也是对其大加恩赏。如果此次将永历帝处死，吴三桂则将获得不世之功，所以吴三桂十分重视永历帝的生死问题。
第三，吴三桂内心已经脱离了明朝。
吴三桂最初投降清朝，可能是迫于不敌李自成的农民军，尚有借清军之力，打败对手的想法。而且当时还曾与多尔衮谈判划江而治。而在十几年的清朝指挥下南征北伐的过程中，清廷对其恩赏有加，在吴三桂的内心里，自己利益已经往往超过了明朝江山。所以明朝的情结在他的心里也一点点瓦解。
在吴三桂计擒永历帝之时，永历帝曾发文声讨吴三桂，骂他背叛。尽管如此，在永历帝被擒获以后，吴三桂仍然厚待永历帝。在面见永历帝时，也行的是君臣之礼，而且永历帝斥责他之后，他也曾汗流浃背，面如死灰。可以说在吴三桂的内心里，还保留着对于明朝君主的礼遇。
但此后并未再面见过永历帝，实际上也是自己与明朝君主做了一个了断。明朝灭亡乃是大势所趋，况且自己不可能放弃荣华富贵去尝试一次不可能的赌博。所以他选择了将永历帝杀死，以杜绝后患，实际上也是斩断了自己的后路。
第四，消除清朝猜疑。
吴三桂的前半生曾是明朝的大将，虽然投靠清朝，因其出身特殊，难免受到清朝猜疑。因此为获得清朝的信任，吴三桂主动上疏请朝廷赐死永历帝，以表忠心。不仅如此，在得到清朝就地正法的谕旨之后，吴三桂直接奏请将永历帝斩首。实际上，在对待前朝君主之时，为博取名声，收拢人心，统治者大多将其软禁，或者赐死之时全其身首，但吴三桂却出乎意料，选择了将永历帝斩首的刑罚。实际上也就是为了向清朝表示自己与明朝恩断义绝，向清朝表忠心罢了。最终在其他满洲将领的劝说下，还是免去了永历帝身首异处的刑罚。永历帝就这样结束了自己的一生。
在永历帝的生死问题上，吴三桂通过全面考虑还是决定将其除掉，不仅是为绝后患，更是断了自己的后路，给自己的选择做更好的心理建设和准备。
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