众所周知在封建社会，皇权神圣不可冒犯，但是《明夷待访录》的所体现出来的思想非常超前，这是一部具有启蒙性质的批判君主专制，呼唤民主政体的名著。
《明夷待访录》计有《原君》、《原臣》、《原法》、《置相》、《学校》、《取士上》、《取士下》、《建都》、《方镇》、《田制一》、《田制二》、《田制三》、《兵制一》、《兵制二》、《兵制三》、《财计一》、《财计二》、《财计三》、《胥吏》、《奄宦上》、《奄宦下》，共21篇。
黄氏在《原君》篇中，揭露了封建帝王的罪恶，指出帝王是唯一的害民之贼。他说：“凡天下之无地而得安宁者，为君也。是以其未得之也，屠毒天下之肝脑，离散天下之子女，以博我一人之产业，曾不惨然，曰：我固为子孙创业也。
其既得之也，敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐，视为当然，曰：此我产业之花息也。然则为天下之大害者，君而已矣，向使无君，人各得自私也，人各得自利也，呜呼!岂设君之道固如是乎!”这些话在300年前，是没有人敢说的，黄宗羲却大声疾呼：皇帝是“天下之大害者”、“敲剥者”。因此有人称赞《明夷待访录》是“人权宣言”。
他对封建专制进行猛烈的批评，说它是公私不分，权利义务不平，没有公法可言。因此他反对“一家之法”，主张“天下之法”，“有治法而后有治人”(《原法》)。他为了求得人权平等，主张非废除秦汉以来的“非法之法”不可;要求得天下太平，非废除专制的君本制度，而改为民本制度不可。
他呼吁，现今应当是“天下(人民)为主，君为客”(《原君》)。他同时也提醒封建时代的臣僚，不要再是皇帝“敲剥”百姓的服役者，而应该是“为天下，非为君也;为万民，非为一姓也。”“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐”。他得出这样的结论：做官的人如果“不以天下为事，则君之仆妾也;以天下为事，则君之师友也。”(《原臣》)
黄宗羲的思想意识中已有责任内阁制的因素，他认为宰相，一是贤人，二是有职有权的人;
而君主的职位不过是虚名罢了。他在《置相》篇中阐述了这一观点，他认为宰相既当责任内阁之权，“四方上书言利弊者……皆集焉，凡事无不得达”。
黄氏也有近代代议制的意识，他在《学校》篇中，已流露出议会政治的萌芽思想。他把东汉的太学清议的历史意义理解为近代的议会政治，这是托古改制。黄宗羲的理想是，在中央政府，天子以至公卿都要在太学祭酒的面前就弟子之列，祭酒(类似议长)有权批评政治的得失。在地方政府，郡县官都要在地方学官的面前就弟子之列，学官对于地方政事缺失，“小则纠绳，大则伐鼓号于众”。
明、清之际，随着都市经济的成长，出现了资本主义的工场手工业，反映到意识形态上，产生了黄宗羲具有资本主义萌芽思想的市民政治学说。中国封建社会，一向是“重农抑商”的。而黄宗羲鉴于社会的变动，面对现实，却提出“工商皆本”的学说。他说：“今夫通都之市肆，十室而九，……"(《财计三》)
“世儒不察，以工商为末，妄议抑之。夫工固圣王之所欲来，商又使其愿出于途者，盖皆本也。”(《财计三》)在经济学说上，黄氏也反映市民的要求，主张废止金银货币，使用“宝钞”，而以金银作为宝钞的基金。他这种经济思想，有利于商品流通，有利于工商业的发展，并启发了近代的经济政策。在黄氏看来，明朝末年是封建制度崩溃的前夜，此时，“土力日竭”了，市场停顿了，人民生活的条件被皇帝夺去了，加税加饷永没有限制了。他站在市民的立场，还呼吁减轻军费负担，主张实行征兵制度;反对募兵制。
当时农民无地可耕，而土地都被皇室、外戚、阉宦和地方的豪强所霸占，赋税苛役特重，就拿江南一带来说，“一困于赋，再困于役，盖已皮尽而骨存矣”(《复社纪略》)。黄氏为了减轻农民的负担，主张减赋税(现代研究的事实是，明代的税收过低，明末赋税收入已经少到了不正常的地步)。
为了使人民能生活下去，他又提出“天下大公”的制度。在黄宗羲看来，土地制度的改革，其理想是恢复井田制度。所以他主张“齐之均之”，认为土地应收回为国家所有，然后再平均分配给农民耕种。他还主张“授田于民，以什一为则。未授之田，以二十一为则。其户口则以为出兵养兵之赋，国用自无不足。”(《田制三》)宗羲“齐之”而“均之”的改革论，是在土地制度上的民主主义。他所憧憬的前途是“富民”的世界。他认为，如果按他的想法去做，这就可以取消封建土地的占有，给农民以土地，使之成为自由人。
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