《明史》中有言，说沈万三打算自费百万黄金，一人一两，帮助皇帝劳军，但是却引来朱洪武的龙颜大怒，要将其斩决。在马皇后的哀求下，沈万三保全性命，但沈万三也因无妄之灾被充军云南。当然这是《明史》所载，可能是清代人为了刻意抹黑朱明所为，但是沈万三的子孙，却是因为牵扯到蓝玉案而遭到打击，有一脉子孙因此断绝。
沈万三(有说生于1296年，另有两说1330年和1328年;卒于1394年)，本名沈富，字仲荣，俗称万三，吴兴南浔(今属浙江湖州)人。万三者，万户之中(第)三秀，所以又称万三秀，作为巨富的别号。是一位商人，而且巨富。
早在20年前，明史学者顾诚教授曾作《沈万三及其家族事迹考》一文，详细考证了沈万三的身世，否定了他是明初人的说法，认为他生在元代也死在元代，史籍中有关沈万三在明初的一切“事迹”均是讹传。因此，所谓“朱元璋为何要将沈万三满门抄斩”，自然也就无从谈起。
根据元末明初人王行所撰的《沈荣甫墓志铭》《沈茂卿墓志铭》等文献记载，洪武九年(1376年)时，沈万三之子沈荣甫去世，享年七十一岁。因此，明朝建立时，沈荣甫是六十二岁，沈万三之孙沈森也有三十九岁，沈万三如果在世，恐怕也有八十多岁了。然而，明朝攻占云南是洪武十四年(1381年)，沈万三如真像明代野史和《明史》中说的那样，因筑城墙触怒朱元璋而被发配至云南，也是一百多岁时的事情了，这实在是很难让人想象。
据明朝中期吴江学者、沈家姻亲莫旦在《吴江志》中记载，“张士诚据吴会时万三已死，二子茂、旺秘从海道运米至燕京”。也就是说，沈万三死于元顺帝至正十六年(是年张士诚据吴会)以前;沈万三家是做粮食生意的，很可能是替元廷包税。莫旦不仅是沈家的亲戚、同乡，而且出生之际距沈家覆灭之时不过半个世纪，他的记录可以说是第一手资料。而明太祖要等到十二年后才成为了洪武皇帝，由此可知沈万三和明太祖根本没见过面。也就更无从谈及因炫富获罪而被流放云南。
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