万历早期引起群臣进谏的主要事件是国本之争，即立太子的问题。因为万历不喜欢他的长子朱常洛，想立他所宠爱的郑贵妃之子朱常洵为太子，大臣们以维护祖制为名，掀起了劝谏的狂潮，这场长时间的君臣拉锯战被称为“国本之争”。
万历不喜欢朱常洛母子，是因为他们与一桩丑事联系在一起。万历九年(1581年)的一天，万历皇帝像以往一样来到慈宁宫向他的母后请安，不巧的是太后不在慈宁宫，慈宁宫的一名年仅十七岁宫女王氏向十九岁的万历献茶，万历见这位宫女端庄秀美、姿色宜人，一时冲动宠幸了她。这件事情做得很不合适宜，时间是在向母后问安时，地点在母后宫中，人物是母后身边的宫女，事件是淫事，所有要素均不符合儒家伦理道德。
明代讲究礼义廉耻，对于饱读圣贤之书的万历来说，这无疑是一件失礼且令人感到羞愧的事，在他内心肯定不想让人知道这件事。然而王氏十分不给面子，竟然暗结朱胎，怀了龙种，将皇帝这点隐私暴露在大庭广众之下，令他十分难堪。
身边美女如云的万历怎么会看上母后宫中的一个宫女，而且还有如此高的命中率?他是一时冲动，还是掉进了别人有意设计的陷阱?这位宫女是纯属被动，还是为了改变自己的命运有意设计?如果说其中有阴谋，她是自己主动勾引，还是秉承太后懿旨?我们无法知道具体的细节，但我们可以想象，万历肯定对这个“拉链门”事件的女主角有所不满。
慈圣皇太后一直期待着皇长孙的诞生，对于这次兔子吃窝边草的事件不仅不见怪，还十分欣喜，第二年六月，她要求万历承认此事，并封宫女王氏为恭妃，万历本想抵赖，但是太后拿出了太监所记内起居注，他只好承认。八月，被册封升级的王恭妃不负众望地产下了一个儿子，万历却一点也高兴不起来。
同年三月，年仅十四岁大兴人郑氏被选入宫并册封为淑嫔，在以后的两年里，郑氏依靠她的美貌、聪明以及在歌舞、诗词等方面的良好修养征服了万历，不久就被封为德妃，万历与郑氏的感情是真正的爱情。
万历十四年(1586年)，郑氏为万历产下了他们的爱子朱常洵，万历大喜过望，打算晋封郑德妃为地位仅次于皇后的皇贵妃。而先前为万历产下长子的恭妃王氏却没有得到这样的待遇，于是宫中盛传万历欲立郑贵妃之子朱常洵为太子，并写有信物交郑贵妃保存。
按照明代“立嫡、无嫡立长、兄终弟及”的继位制度。朱常洵是没有机会超过他的哥哥朱常洛的，然而，一旦皇后去世，郑贵妃可以升为皇后，这样按照有嫡立嫡的法则，就可以名正言顺地立朱常洵为太子。
“国嘴们”相信万历晋封郑德妃为皇贵妃是为朱常洵接班铺路搭桥，于是纷纷上疏指责皇帝专宠郑贵妃，要求按照制度和习惯先晋封皇长子朱常洛的生母恭妃王氏为皇贵妃，也有人直接要求“册立东宫”，由此拉开了对明代政治影响深远的国本之争的帷幕。
对于国本之争，大多数人都认为错在万历，但事情并不是那么简单。万历很可能有废长立幼的想法，长子朱常洛是“拉链门”事件的产物，次子朱常洵则是真正爱情的结晶，万历心中应该厚薄不均，群臣的批评并非完全是无理取闹。但是按照《大话西游》里唐僧的说法，万历废长立幼只是一个构想，还没有成为事实。况且皇后还年轻，生嫡子的可能性不能排除，万历并没有违反祖制，所以群臣没有必要搬出观音姐姐(朱元璋)，逼迫孙悟空(万历)就范。
当时的文臣中，希望通过刺激皇帝使皇帝记住他们名字甚至希望通过皇帝一顿斥骂、痛打、贬谪而沽取清誉的人不在少数。维护继位祖制，在政治上永远正确，无疑是一个很好的炒题，那些批评万历的言官动机并不单纯。
万历认为册封贵妃与立储没有关系，大臣不该把这两件事联系起来，他斥责群臣“屡借风闻之语”，找他的毛病，而对于“鬻货欺君，嗜利不轨”这类真正的问题却视而不见，实在是“好生可恶”。对于这类奏章，他说：“此不过欲沽名尔，若重处之，适以成其名”，于是“卷而封之”，这就是万历“不批”的由来。
党争形成以后，言官沦为党争的打手和先锋，其拥有的监察权和话语权沦为斗争的工具，各种冠冕堂皇的议题背后，往往藏着不可告人的目的，令执政者眼花缭乱，进退失据，出现了朝廷大员甚至皇帝被小小言官左右的奇特现象。
万历二十九年冬，万历正式册封朱常洛为东宫太子，然而国本问题不仅没有因此结束，反而变本加厉，那些在党争中受到皇帝处理的人利用继位问题制造了“《忧危竑议》妖书案”、“《续忧危竑议》妖书案”、“梃击案”等案件，以此打击政敌、转移焦点或是报复皇帝。
与进谏动机日趋复杂化相适应，万历的冷处理也不断升级，由不批发展到不朝、不任免官员，这种“独到”的处理方式，被许多人认为是怠政。
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