坦率地说，战后日本甲级战犯中，首相、将帅、大使级别的人，可以一大把一大把地抓，其中土肥原贤二的职位并不算是最高的。但是，他为什么能够在甲级战犯中赫赫有名并最后享受绞刑的“殊荣”呢？归纳起来，大致有四种说法。
第一种说法是，战后远东国际军事法庭对28名甲级战犯进行审判时，把他们的名字按照英文拼写来排顺序，结果是土肥原贤二被排在第二，这下子“爆棚”，知名度大为提高。
第二种说法是，1948年12月23日零晨，远东国际军事法庭对判处死刑的7名甲级战犯执刑，“死有先后，抽签决定”，让他们通过抽签方式决定先后顺序，土肥原贤二这小子真的不走运，一下子抽中了第1号，那就只好第一个走上了绞刑台。对“第一名”，人们总是格外关注一些。
第三种说法比较靠谱，说土肥原贤二虽然官位不是最高、资历不是最老，但水面下的活动却是最多的，文雅一点说是有一肚子谋略，通俗地说就是一肚子坏水。更为重要的是，正如日本人青木舜二郎在《土肥原机关的传统和周边》一文中所说的那样，他是继青木宣纯、坂西利八郎之后，在中国从事谍报工作的第三代谍报头子。在日本右翼分子眼中，他对“侵略扩张事业”贡献最多、功劳最大。
第四种说法是，二战后，中国国民党政府向远东国际军事法庭提交的战犯名单中，排名第一的就是土肥原贤二。据说，蒋介石直截了当十分厌恶地把土肥原称为“土匪源”，这次把他定为战犯名单第一名，是老蒋亲自拍板的。大家知道，蒋介石对抗日战争末期日本中国派遣军总司令冈村宁次都可以放一马，为什么对土肥原贤二就这么咬牙切齿，一定要置他于死地呢？
中国法官倪征奧战后在远东国际军事法庭曾经亲自参加过审讯甲级战犯嫌疑人土肥原贤二。他在《淡泊从容莅海牙》（法律出版社，1999年）一书中说到土肥原贤二时说：“若论他所起的破坏作用，单就中国来说，则可以说无出其右者。”他还写道：“早在‘九一八’以后，他以日本关东军特务机关长的身份，到处威胁利诱，把偌大的一个中国，分裂成满洲、华北、冀东、内蒙、华中等几个不同地区，分别成立伪政权，又在无数的基层，成立维持会，行使地方政府的职权。1938年，他在上海成立土肥原机关，积极准备成立伪组织，他在个别情况下，甚至不顾日本外交当局的劝阻，而是独断独行。但是他在公开场合，总是隐藏在重大历史事件的最深处。”
而曾经担任英国驻日本大使的罗伯特克雷吉爵士在《日本人的真面目》一书中说：“历史将无可辩驳地表明，日本陆军的既定政策就是（在中国）挑起各种争端，从各种挑衅事件中取利。在所有这一切阴谋诡计、阿谀讨好和凶相毕露的威胁声中，日本方面有一个小人物始终在活跃地上窜下跳——那就是土肥原大佐所演的角色。无论什么地方，只要有他沾边，哪怕是写上几个字，作上一番鼓动，就注定要出乱子。……无疑，他搞这一套的功夫是炉火纯青了，他在中国的各社会阶层中制造纠纷，一般是无往不胜的，籍此而为侵略者铺平道路。”
看到这些，我们也就不难理解蒋介石为什么对土肥原贤二深恶痛绝了！与旧军阀博弈，投身抗日战争，可以说是蒋介石政治生涯中的两件大事。但是，蒋介石在办这两件大事的长期过程中，总有一个被他称为“土肥源”的身材矮胖的日本小子在捣乱。他让蒋介石这个“国家领袖”一次又一次丢尽面子。因此，蒋介石不能不办他！最后，真的是在中方代表团强烈的要求和坚持下，土肥原贤二才被远东国际军事法庭判处绞刑的。
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