就在马尔田少校阵亡后，拿破仑出现了。本来，他是奉调前往一个海防部队去的，刚好路过革命军部队驻地。他的同乡、老朋友萨利希蒂，这时作为国民公会的特派员，正好就在·R尔托将军的司令部里。经萨利希蒂推荐，年轻的拿破仑接替了马尔田少校的职务，担任土伦平叛部队的炮兵指挥官。这一任命很快就得到了巴黎军事当局的批准。谁也没有料到，正是这样一个偶然的机遇，使拿破仑获得了一个初试锋芒的舞台。
9月中旬，拿破仑到达了土伦前线，接管了卡尔托部队整个炮兵的指挥事宜。但他很快发现，这里的炮兵形同虚设，既无足够的火炮，又无充足的弹药，在他到来以前，只有几门破破烂烂的野炮和臼炮，由一名军曹一筹莫展地看管着。士兵们没有起码的素养，也没有经过认真的训练，他们既不会使用火炮，更不懂得如何修理。更可笑的是，他的上司卡尔托将军，竞缺乏炮兵方面的起码常识，对他那很少的几门炮，连射程有多远都一无所知。有作为的人，即使在恶劣的环境中也能展开非凡的、富有创造性的工作。 为了改变炮兵的落后状态，拿破仑不顾旅途的疲劳，立刻投入了紧张的工作。
首先，他想方设法搜集各种火炮。在不长的时间里，便弄到近百门大口径火炮，其中有远射程的臼炮，有发射24磅炮弹的大炮，还有大量的弹药。接着，他派专人到里昂和格勒诺布尔等地，搜集一切有用的军械器材，认并且在奥利乌尔建立了一个有80名工人的军械工厂。为了解决炮兵的机动和工事构筑问题，拿破仑征用了从尼斯到瓦朗斯和蒙彼利埃一带的马匹，并在马赛安排生产了几万个供修筑炮垒用的柳条筐。
拿破仑不仅是一个出色的组织者，而且是一个脚踏实地的实干家。 他经常深入士伦前线，和士兵滚在一起，用自己的实际行动和表率作用影响士兵，激励他们的干劲和革命精神。不久后，接替卡尔托担任司令官的多普将军，后来回忆拿破仑时，曾经赞赏地写道：“我发现，他总是坚守在自己的工作岗位上，即使需要休息，也是裹着大氅，睡在地上。他从未离开过炮群。”就这样拿破仑的惊人才干和废寝忘食精神，很快地在法国士兵中传开了。他博得了上级的器重和赞赏，不久，被晋升为炮兵少校。
由于敌人防守严密，法朗炮台的火力非常猛烈，而且地形十分险要，法军的几次攻击均未奏效，被迫停止攻击，退回原来阵地。
4,000人分成两路同时出击，一路向西，一路向西北，企图重新夺占马尔博斯克与奥利乌尔之间的阵地，同时夺取位于勃列加海角的戈拉炮垒和圣克洛特炮垒，改变土伦西面和西北面的防御态势(这两个最近才由拿破仑指挥构筑的炮垒直接对小停泊场构撤回土伦。
再一次对布伦海角发起猛攻，经过数小时激战，终于攻占了具有重要战术价值的布伦海角高地。 首次轰击停泊在小停泊场内的英国地队，给敌人造成很大损失。然而，由于整个战场的兵力对比仍然于法军不利，法军对于依托坚固要塞的联军，没有形成必要的优势，同时，也没有采取正确的攻城战术和作战手段，致使整个战场仍然处于僵持局面。
作战计划
进攻土伦的作战计划，早在7月底召开的军事会议上就已基本确定。当时，会议认为：鉴于土伦东面的法朗山地地形险要，炮垒坚固，易守难攻，且有重兵防守，因此，不宜将主要兵力集中于东线，而应将主要进攻方向选择在敌人防御薄弱的西线，即从奥利乌尔方向进击，从西面夺占土伦。讨论巴黎下达的新的作战计划。这个计划规定：集中一支60,000人的军队，不管敌人正面的火力如何，而从东、西两个方向同时发起进攻。首先，夺占法朗山地、法朗炮台、鲁日炮台、勃兰炮台和圣卡特林炮台，粉碎敌人的外围防线;尔后，前出到土伦要塞附近，挖掘堑壕，构筑工事，待条件成熟后，伺机攻占土伦。
对此，拿破仑很不赞同，于是提出一个完全相反的作战方案。他认为，上述计划实际上很难行得通。这是因为：首先，敌人在土伦外围的防线上，既有坚固的工事，又有良好的地形，还有地面火力和舰炮火力进行支援，可说是炮坚城固，兵力充足，要想从正面攻破，绝非容易之事;其次，正面强攻，倘若久攻不克，形成对峙，那就势必迁延时日，使敌人赢得调集援兵和巩固防御的时间;第三，正面进攻即使得手，也很容易迫使敌人烧毁仓库、炸毁船坞、破坏军械库，携走全部法国军舰，甚至洗劫土伦全市，一旦出现这种情况，对于迫使敌人投降和保全整个城市，显然都是不利的。
既然如此，那么，夺取土伦的最好办法又是什么呢?拿破仑提出，应该首先集中主要兵力，攻占港湾西岸的马尔格雷夫垒(英国人称为小直布罗陀)，夺取克尔海角，然后，集中大量火炮，猛烈轰击停泊在大、小停泊场内的英国舰队，切断英国舰队与土伦守敌之间的联系，迫使英舰撤出港口。如能这样，则土伦守敌在一无退路、二无援兵、三无火力支援的情况下，必然不攻自破。这时，法军即使只有不大的兵力，也可以迅速攻占土伦。拿破仑还进一步提出：为了有效地封锁大、小停泊场，使英国舰队无法立足，法军攻占小直布罗陀和克尔海角之后，应立即在埃吉利耶特海角和巴拉去耶海角各设一座大型堡垒，并且应分别配置30门发射36磅炮弹和24磅炮弹的火炮，4门发射16磅赤热炮弹的火炮，以及10门戈美尔式臼炮，以便构成足够的火力密度。 拿破仑这一大胆而新颖的作战计划，显示了他敏锐的洞察力和丰富的想象力，使与会人员惊叹不已。国民公会的特派员萨利希蒂和贾斯巴林，一致支持拿破仑的设想。据此拟定纳新计划，被立即送往巴黎，并很快获得批准。拿破仑因此受命担任攻城炮兵的副指挥。
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