1794年热月政变之后，法国进入热月党人统治时期，接着热月党人组织了督政府。在督政府时期，法国政治舞台上出现了拿破仑。1796年4月，拿破仑远征意大利成功，1797年10月拿破仑又通过坎波.福米奥停战协定使奥地利屈服，法国的下一个目标就是英国。为了打败英国，1798年拿破仑远征埃及，英国为保住苏伊士运河并最后战胜法国，准备组织新的反法联盟。1798年9月9日土耳其向法国宣战，同年12月29日英国、那不勒斯、土耳其和俄国结成联盟，并在意大利发动进攻，这是第二次反法联盟的雏形。1798年11月由奥地利指挥的那不勒肆部队攻占罗马，但1799年1月又被法军夺回，法奥之间处于战争状态了。这样，到了1799年春，英、俄、土、奥、那不勒斯组成的第二次反法联盟形成了，战事也由此全面展开。 1800年法国第一执政拿破仑与第二次反法联盟重新开战。同时俄国与英国绝交，与瑞典、丹麦、普鲁士等国签定旨在反对英国的条约。雾月政变后，尽管俄国已经退出战争，但联盟中的英国和奥地利仍拥有强大的实力。特别是奥地利，由于俄国苏沃洛夫远征意大利击败法军，在俄国帮助下奥地利重新控制北意大利。1800年8月的马伦哥战役之后奥地利被迫求和，在1801年2月9日法奥签定吕内维尔和约之后使第二次反法联盟更加瓦解了。接着法国又与那不勒斯签定佛罗伦萨和约，与葡萄牙签订马德里条约，与俄国签定巴黎和约。这样，第二次反法联盟的英国完全孤立了。英法于1802年3月27日签定亚眠和约结束了第二次反法联盟。
法国革命后，法国共和政权还未稳固，法国政府对外一直设法避免刺激毗邻的君主专制国家。奥地利只是暂时的和局部的被法国战败，其实力在总体上仍强于法国。沙皇保罗一世也因反英亲法的政策遭到刺杀。第二次反法联盟最后由于各国的分裂而分裂，却让拿破仑、亚历山大一世等人真正登上欧洲政治的舞台。
而马伦哥战役就是在这种情况下发生的1799年法军在意大利和莱茵地区的战场上连番失利，拿破仑取得统治法国的权力，成为第一执政后，便部署反击。1800年5月，拿破仑率领一支37,000人的部队，越过阿尔卑斯山，进入意大利北部，支援被奥军困在热那亚的法军。热那亚被奥军攻陷后，拿破仑决定与奥军正面决战。6月9日，法军在芒泰贝洛击败奥军，奥军统帅米高·冯·梅拉斯元帅忧虑补给线遭切断，重整部队，但是他没有立刻攻击法军。拿破仑误判奥军将要撤退，便从自已的部队中拨出两支分遣队，一往南，一向北，试图拦截奥军。怎料奥军这时才发动攻击，叫拿破仑措手不及。
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