贞德在卢瓦尔-沙里特(La-Charité-sur-Loire)度过了没有战斗发生的11月和12月，接着在隔年3月前往Lagny-sur-Marne，并在5月13日前往贡比涅以抵挡英格兰和勃艮第人的攻势。在1430年5月23日的一场小规模战斗中，贞德被俘虏了。当她下令军队撤退回贡比涅城时，她处在军队的最后方以确保所有人都退回了城里，但就在这时贡比涅城因为害怕英军跟着闯入，没等到所有部队撤回便将城门关下，贞德与剩余的后卫部队便遭到了勃艮第人俘虏。贞德在审判的过程中被监禁在位于鲁昂的一座高塔。后来这座塔便被称为圣女贞德塔。
当时有关俘虏的惯例是，只要俘虏的家人能付出赎金便能将他赎回，但这次勃艮第人不想这样做。许多历史学家指责查理七世没有努力进行援救。她试图逃跑了好几次，有一次甚至从70英尺的高塔跳了下来，摔在干燥了的护城河的柔软泥地上而没有受重伤。在一番谈判后，菲利普公爵将贞德交给英格兰。在法国北部博韦的一名主教皮埃尔·科雄(PierreCauchon)，在这些谈判和稍后的审判中担任关键的角色，他是英格兰的强硬支持者，并认为自己有责任确保贞德会遭受惩罚。
指控贞德为异端邪说的审判是出自政治上的目的。贝德福公爵宣称法国国王的宝座应该属于他的侄儿—英格兰国王亨利六世的，而她破坏了这一切。审判的程序于1431年1月9日在鲁昂展开，由英格兰占领政府主导，审判的程序在许多方面都显得杂乱无章。
温彻斯特的红衣主教在审问贞德(。他负责总结一些主要问题。而担任法官的科雄主教的审判权只是法律上的假设(legal fiction)，他是因为亲英格兰的立场而获得了这个职位。
英格兰政府资助整场审判的花费。神职的公证人员Nicolas Bailly，也只是被任命收集对贞德不利的证词，却没有提出半点反面的证据[18] 。也因此整场审判缺乏根本的公平基础，所以，无论如何贞德都将被定罪。
审判的纪录证明了贞德有着卓越的才智。纪录中最著名的一段质问是：“你是否觉得自己受到天主的恩典?”而贞德回答：“如果没有的话，希望天主能赐予我;如果我已得到，希望天主仍给予我。”
这个问题是一个学术上的陷阱。当时教会的教条是没有人可以肯定他自己受到天主的恩典，如果她做出肯定答复，那她就证明了自己是异端邪说。而如果她的答复是否定的，那她就承认了自己是有罪的。公证人Boisguillaume后来证实了当时法庭在听到了贞德的回复后“那些质问她的人全都目瞪口呆”并且只得暂停了那天的审问。这一段质问后来非常知名，在现代成为了许多领域的创作题材。
几个法庭的人员后来证实很大一部分的手抄纪录都被更改了。许多神职人员都是被强迫参加的，包括审问官Jean LeMaitre，其他一些人甚至遭到来自英格兰人的死亡威胁。依据审讯的规定，贞德应该被监禁在由修女所看守的教会监狱，但英格兰人却将贞德监禁在由一般士兵看守的监狱中。科雄主教也拒绝了贞德希望教宗出面的要求，因为这很显然会让他的审判停止。
最后法庭总结了贞德的12项罪行指控，但这些指控都和在审判中的纪录相互矛盾。在各种方式的逼迫之下，不识字的贞德没有意识到死刑的逼近，签下了一份她完全看不懂的公开弃绝书(abjuration, 等于直接认罪)，法庭在官方留下的纪录上却是另一份不同的文件 。
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