苏莱曼一世逝世后，土耳其的领土扩张逐渐放缓。西欧海事力量的增长、发展由欧洲前往亚洲的海路及新大陆破坏了奥斯曼帝国的经济发展。以往有效的军事及官僚体制因苏丹的管治失当而变异。虽然帝国面对着这些困难，它仍然是欧洲的主要扩张势力，直至1683年的维也纳之战，维也纳之战标志着土耳其终止向欧洲继续扩张。
欧洲各国开始着手应付土耳其对陆路贸易通道的控制。西欧国家绕过土耳其的贸易垄断，建立她们的海路通往亚洲。从新大陆大量涌入的白银导致土耳其货币的贬值及通胀，这对奥斯曼社会的各阶层有严重的负面影响。塞利姆二世时期的大维齐尔索科鲁·穆罕默德·帕夏开始进行苏伊士及伏尔加航道的开发，以挽救经济，但这些计划在后来被取消。
1571年焚烧位于东欧平原上的莫斯科后，土耳其支持的克里米亚可汗道拉特.格莱一世，计划征服沙皇俄国。翌年，克里米亚军在摩洛迪战役被击败。当时的克里米亚汗国无疑是东欧的一个强大势力，直至17世纪末。
在南欧，腓力二世领导的天主教联盟在地中海挑战奥斯曼的海军，他们在勒班陀战役击败土耳其舰队，对于土耳其海军不败的姿态造成打击。现今的史学家认为，勒班陀战役的象征意义重于军事。在土耳其海军战败后的六个月内，一支约250艘战船、其中八艘配备现代三桅帆装军备的新舰队建成。在君士坦丁堡的码头，造船高峰时每天都有船舰落成。土耳其大维齐尔在与威尼斯的部长讨论时说：“在我们夺取塞浦路斯时，我们除去了你们的一支军队，而你们击败了我们的舰队也只不过是刨掉了面包的一层皮。”土耳其海军惊人的恢复能力使威尼斯于1573年签订和约，土耳其得以在北非扩张及巩固其地位。
哈布斯堡王朝的边界则没有太大的变动，只有多次争夺个别要塞的小型战役。这是由于欧洲发展了星形要塞，这是奥地利在边界建造的一种低堡要塞，这种要塞须经长期围攻方可攻破。土耳其对这种堡垒毫无办法，帝国以往所使用的大炮都变得无效。这亦反映出其地理限制，在初春至晚秋的战争季节里，土耳其军从君土坦丁堡进军，维也纳是土耳其军的最远点。除此之外，土耳其亦须在前线部署军力，一方面须防范奥地利人，另一方面又要对抗波斯什叶派穆斯林的萨法维帝国。
在战场上，土耳其逐渐被欧洲大陆的军事技术赶过，宗教及知识份子保守派的壮大扼杀了土耳其的军事革新。欧洲军事革命对战略及军备的改变使以往令人闻风丧胆的西帕希骑兵的威胁减弱。在对抗哈布斯堡王朝的冗长战争里，帝国需要大量配备火器的步兵，于是放宽募兵政策，使土耳其新军的数量大为提高，但却引起了军纪、兵士素质等问题，政府甚至需要应付军士哗变。欧洲提倡火枪而发展的长矛与火枪及线性战术对土耳其军造成致命打击。土耳其军招募了一些非正规的狙击手应付战争，在复员后一些狙击手在杰拉里叛乱里沦为土匪，杰拉里叛乱让安那托利亚在16世纪末及17世纪初陷入无政府状态。至1600年，奥斯曼帝国的人口达到三千万，对土地短缺的诉求亦对政府构成压力。
苏丹女权时期(1648年～1656年)是土耳其后宫对政治有很大影响力的一个时期，由太后代表儿子行使权力，这并非前所未有，许蕾姆苏丹在1530年代初继承鲁班纽苏丹成为苏丹皇太后，她被威尼斯拜罗安德里亚·杰里迪形容为“极度善良、有胆识及聪慧的女人”。由于伊卜拉欣一世无力管治国家以及1646年年幼的穆罕默德四世登位，政务就交帝国后宫治理，这时期最著名的女性是柯塞姆苏丹及其儿媳杜亨·哈提婕，其中柯塞姆苏丹因摄政招致政敌在1651年将她杀害。
接下来帝国进入科普律鲁时期(1656年～1703年)，在这段时期，帝国由科普律鲁家族的成员出任大维齐尔。1656年9月15日，时年八十岁的科普律鲁·穆罕默德·帕夏得到杜亨·哈提婕保证帝国后宫不会干预他处理政务。科普律鲁·穆罕默德·帕夏是一位激进的保守执法者，他恢复了中央权力及帝国的军力，其子及继承人科普律鲁·法奇尔·艾哈迈德奉行其父的路线。科普律鲁家族重振军威的成果可见于重夺特兰西瓦尼亚、1669年征服克里特及1676年扩张至乌克兰南部，占领科丁、卡缅涅茨-波多利斯基及波多利亚地区。
1683年5月，刚得到重振的军事力量再遭到毁灭，卡拉·穆斯塔法·帕夏再次举兵进攻维也纳，土耳其军被波兰国王约翰三世领导的哈布斯堡王朝、德国及波兰联军击败。
《卡尔洛夫奇条约》的签订终止了大土耳其战争，使奥斯曼帝国军须首次割让其控制的欧洲领土，包括奥斯曼帝国的匈牙利。自此，奥斯曼帝国无力再对欧洲奉行扩张政策，在欧洲战线上只得采取防守。
在这时期，只有两位苏丹可对帝国实施有效的政治及军事管治。穆拉德四世重夺埃里温及巴格达，中央权力再次得到重视。穆斯塔法二世在1695年至1696年反攻哈布斯堡王朝的匈牙利，但在桑达被欧根亲王击败。
滞止改革
在滞止期，帝国的许多巴尔干属地落入奥地利帝国手中，而名义上归奥斯曼帝国的管治的埃及、的黎波里塔尼亚(今利比亚)、突尼斯和阿尔及利亚实际上已经获得独立，后来沦为英国、法国和意大利的殖民地。在18世纪，中央政府给予地方统治者及领导不同程度的地区自治。在17世纪至19世纪间，兴起于欧洲东部地区沙皇俄国与昔日兴起于亚洲西部、后向欧洲东南部和非洲北部扩张的奥斯曼帝国爆发了一系列争夺领土、属地和霸权的战争。
历史学家认为奥斯曼帝国长期的滞止是改革失败的时代。奥斯曼帝国在这时期进行过科学及教育改革，包括建立高等教育机构，如伊斯坦布尔科技大学。奥斯曼帝国的科学及技术处于中世纪时代，这是奥斯曼学者将伊斯兰的哲学及数学、中国的火药及磁铁罗盘知识综合得来。在这时期，科学的影响力大不如前，一些作家的同业工会抨击印刷机为“魔鬼的发明”。西方的活字印刷术在1450年由约翰内斯·古腾堡发明，1493年由西班牙的塞法迪犹太人引入奥斯曼，塞法迪犹太人从西班牙宗教裁判所逃出后移居到奥斯曼帝国。
郁金香时期是以苏丹艾哈迈德三世喜爱的花卉而命名，郁金香亦可象征其任内的和平统治。帝国对欧洲的政策在这时改变，在1712年奥斯曼帝国在第三次俄土战争里取得胜利及签订《帕萨罗维茨条约》后，在1718至1730年间，地区都处于和平状态。奥斯曼帝国在巴尔干的边疆城镇加强防御工事，以防范欧洲的扩张。一些初步的改革开始实施，如降低税率，以尝试改善帝国的形象，国内开始出现私人投资及企业家。
土耳其军事改革在塞利姆三世在任时开始，他是第一位尝试沿用欧洲路线将军事现代化的苏丹，然而这些改革却被反动分子妨碍，阻力来自宗教领袖及土耳其新军，当时的土耳其新军耶尼塞里已失去控制及效用，他们对贫穷的不满及反对变动触发了叛变。塞利姆三世的改革终招致杀身之祸，其继承者马哈茂德二世在1826年对土耳其新军进行了惊人而血腥的屠杀，压制了叛变。
不过，18世纪的土耳其帝国，并不是单纯地处于扩张及发展的滞止期，也是处于一个适应新事物和新体制的时期，它作为奥斯曼土耳其帝国从军事扩张向近代改革过渡的阶段。
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