王重阳得知林朝英在活死人墓中逝世，想起她一生对自己情痴，这番恩情实是非同小可，此时人鬼殊途，心中伤痛实难自已，于是悄悄从密道进墓，避开她的丫鬟弟子，对这位江湖旧侣的遗容熟视良久，仰住声息痛哭了一场，这才巡视自己昔时所建的这座石墓，见到了林朝英所绘自己背立的画像，又见到两间石室顶上她的遗刻。但见玉女心经中所述武功精微奥妙，每一招都是全真武功的克星，不由得脸如死灰，当即退了出来。
他独入深山，结了一间茅芦，一连三年足不出山，精研这玉女心经的破法，虽然小处也有成就，但始终组不成一套包蕴内外、融会贯串的武学。心灰之下，对林朝英的聪明才智更是佩服，甘拜下风，不再钻研。
后来“九阴真经”出现在江湖中，引起各路武林人士争夺。王重阳、黄药师、欧阳锋、段智兴、洪七公决定在华山论剑，谁夺得“天下第一”则归谁。王重阳武功天下第一，真经终于归他，其余四位高手心悦诚服，原无话说。
王重阳因此夺得武学奇书九阴真经。他决意不练经中功夫，但为好奇心所驱使，禁不住翻阅一遍。
他武功当时已是天下第一，九阴真经中所载的诸般秘奥精义，一经过目，思索上十余日，即已全盘豁然领悟，当下仰天长笑，回到活死人墓，在全墓最隐秘的地下石室顶上刻下九阴真经的要旨，并一一指出破除玉女心经之法。他看了古墓的情景，料想那几具空棺将来是林朝英的弟子所用。她们多半是临终时自行入棺等死，其时自当能得知全真派祖师一生不输于人。于是在那具本来留作己用的空棺盖底写下了十六字，好教林朝英后人于临终之际，得知全真教创教祖师的武学，实非玉女心经所能克制。这只是他一念好胜，却非有意要将九阴真经泄漏于世，料想待得林朝英的弟子见到九阴真经之时，也已奄奄一息，只能将这秘密带入地下了。
王重阳旧疾复发，为了在身死之后留下一个克制西毒欧阳锋之人。决定带师弟周伯通到大理来拜访段智兴，只因东邪、西毒、南帝、北丐、中神通五人向来齐名当世，若说前来传授功夫，未免对段智兴不敬，是以先求段智兴传他一阳指，再以先天功作为交换。
后来王重阳假装病死，引来欧阳锋前来抢夺“九阴真经”，王重阳突然从棺材跃出，以一阳指破掉了欧阳锋的蛤蟆功，使得欧阳锋退回西域。王重阳也在此之后逝去。
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