普米族崇拜自然、崇拜多神、崇拜祖先。重要的宗教活动有祭山神、祭龙潭、祭祖先等。普米族的宗教信仰还受到藏传佛教、纳西族的东巴敖、摩梭人的达巴敖的影响。普米族人对于山川日月等自然现象和动植物都有崇拜，凡遇节庆、婚嫁、生育、出行、上山下地、收割等，都要请巫师杀牲祭献神灵，祈祷消灾免难。主要活动有“祭家神”、“祭灶神”、“祭山神”、“祭神潭”、“祭梭塔”、“祭房头”及“开财门”等。祭社神，普米语称之为“日真崩”。每个村寨在附近的山林中认定某棵大麻栗树(或松树)为全村的神树，由村寨成员集体祭祀。各户又分别认定一棵松树或麻栗树为自己家的神树，多在七月或腊月的某一天举行祭祀。
每个普米族村寨都认定一座山作为自己村寨的山神。在四、五月封山和八、九月开山时，全村公祭“山神”。请韩规诵经祈祷，以牛、羊作牺牲供祭。作祭的牛称作“莫瓜”，即“天牛”，祭前，不论它走到那里，都不许伤害。祭天仪式是最隆重、最复杂、所耗牺牲最多的，这种祭祀仪式每三年举行一次，主要是以氏族为单位居住的地区。祭礼对象为日、月、星、辰、风、雨、雷、电、雹等神。中华人民共和国成立以后，祭天仪式已很少举行。
普米人称山泉为龙潭。兰坪普米族在正、二月举行祭祀，宁蒗普米则在三月或七月举行。各户祭毕，再全村共祭，设“尼塔”标竿及面偶五十个，用牛奶、酥油、乳饼、鸡蛋、茶叶、清酒等素食供奉。当天各户不能食肉，以示虔诚。
公祭龙潭活动多选在农历三月初五或是七月十五举行。祭前要搭好祭塔、备好礼品，祭坛上还要插上一根6米长的标竿，竿尖上挂7个用箐鸡或鹦鹉毛扎成的六角形斗架，作为泉水神的所在。祭祀时，韩归登坛念经作法，祷毕，将在巫棒上压制的百余具水栖动物面偶和部分祭品投入泉中，表示龙潭神已享用。祭祀结束后，全村人在龙潭附近露宿之夜，杀鸡宰羊，饮酒食肉。沟水旁，巫师和老人向年轻人说唱祭龙坛经和本民族的创世纪古歌《直呆木喃》，祭山泉活动又成了普米族重要的娱乐活动。
普米族社会还存着图腾崇拜的遗迹，尤其是在宁蒗、木里、盐源等县的偏僻地区。普米族的图腾崇拜物有蟾蜍(蛙)、虎、熊、草、狗等，主要是蟾蜍和虎。
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