最初，号称官军的东军将西军从内里和花的御所周边驱逐，皇室为了确保义政在有利的情况下决定进军， 6月山名军以数万兵力上洛，于8月由周防大内政弘和四国的河野通春七国的军势、以水军身份入京、西军的势力开始回复。在相国寺之战后，由于两军的激战下，出现不少死伤者，最终此战不分胜负。
应仁元年8月29日，义视突然离开东军并逃到伊势国投靠北畠教具。义视离开原因可能为武卫騒动以及因文正政变而被追放的宿敌伊势贞亲试图恢复义政政权。这可能是当时义政与义视之监护人胜元倾向废义视而立义向为将军的主要原因。
没有履行将将军职位让位给义政之承诺，义视为了就任将军开始催促胜元注视，时仍出家的义尚。义视在义尚诞生的时候已经在将军府之处。之后，留在伊势国一段时间的义视，在胜元和义政游说下返回东军，但又再次逃走到比睿山。被义尚拥立的胜元，事实上已经将义视追放。应仁元年11月23日，西军在比睿山迎接被拥戴为“新将军”的义视，试图与东军对抗。
但是由于两军皆无法占优势，实际交战的情况只是少数。文明年间属于东军的足軽骨皮道贤在后方以游击战搅乱，其实亦包括了强盗集团的部队。长期的战乱以与盗贼横行使京都市街地荒废。由于守护大名的介入，使战线拉长，众人名不能在京都附近进行战场。这导致东西军的厌战气氛增大。
1473年(文明5年)有较大的变化，3月18日山名宗全(70岁)以及在5月11日细川胜元(44岁)相继死亡，12月19日义政将将军让位给义尚后隠居。1474年(文明6年)4月3日，宗全之子山名政丰以及胜元之子细川政元达成了议和。之后仍然有残存势力继续进行小规模战争，1477年(文明9年)11月11日政弘撤回到周防国撤收以致西军在事实上已经瓦解。11月20日，幕府为了祝贺“天下静谧”进行祝宴，使维持了十年的应仁之乱终于完结。
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