神圣罗马帝国早期三王朝时期，由于皇帝基本上都因日耳曼五大部落公爵的身份登基，以及与罗马教廷的合作关系而维持了帝国内部稳定，但在腓特烈二世采取重意大利轻德意志政策后，皇帝在德意志的权力威望逐渐衰落，而沦为与一般德意志诸侯无异的小领主。随着腓特烈二世的去世，此前的政策倾斜以及与教廷关系破产造成的潜在危险因为缺乏有能力的皇帝而一次性爆发。经历了大空位时代以后，到了12世纪至13世纪期间，皇帝只能靠家族少量力量以政治手段和联姻取得王位和帝位，缺乏强大的王室领地作为税收来源和王权扩张的基础，对于皇帝名义上可向帝国内成员收取的只有定额军事征收税，这种松散的政治邦联形态在三十年战争中被彻底摧毁。
大空位时期
腓特烈二世于1250年死后，德意志王国(German kingdom)分裂于他的儿子康拉德四世和另一位国王荷兰的威廉(William of Holland，死于1254年)手中。康拉德死后便是大空位时期(Interregnum)，在这一时期没有一位国王能得到普遍的认可，而公国们就此得以巩固他们的基础，甚至变为更加独立的统治者。1257年后，王冠在归尔甫派(Guelph party)支持的康沃尔的理查(Richard of Cornwall)和卡斯提尔的阿方索十世之间展开了争夺，后者被霍亨斯陶芬派承认，但是从未踏上过德意志的土地。1273年理查死后，大空位时期以哈布斯堡的鲁道夫一世被一致承认而结束，他是一位未成年的前霍亨斯陶芬家族旁系成员。
哈布斯堡王朝与卢森堡王朝
对于当时的德意志贵族而言，哈布斯堡的鲁道夫可谓理想的傀儡：空有辉煌的家世(腓特烈二世的教子、霍亨施陶芬家族的母系血脉)，却年老(即位时55岁)力弱(当时哈布斯堡家族只在上勃艮第有零散的领地)。然而他们都低估了这位伏枥老骥的雄才大略：1276年，鲁道夫一世以违反小特权为由，向擅自吞并巴本堡领地的波希米亚国王奥托卡二世宣战，最终在两年后于杜恩克鲁特战役击杀对手，成功将地域广大的奥地利变成哈布斯堡家族的世袭领土，从而一跃成为与波希米亚不分伯仲的德意志强藩。此后，帝国皇冠就几乎一直在波希米亚国王(主要出身卢森堡家族)和奥地利大公(哈布斯堡家族)手中流转，直到哈布斯堡家族出身的波希米亚与匈牙利国王斐迪南一世，从兄长皇帝兼奥地利大公卡尔五世手中接过帝国皇冠和奥地利大公国。兼任了奥地利大公和波希米亚国王的奥地利哈布斯堡家族及其分支哈布斯堡-洛林家族，则一直垄断皇位直至帝国覆亡。
然而这个时期即便是皇帝已经拥有了(相对于其他诸侯的)强大实力和广大的世袭领地，神圣罗马帝国的集权化道路依旧是举步维艰：鲁道夫一世将奥地利纳入家族领地的行径遭到了封建贵族的一致反感，以至于其驾崩之后，当选为罗马帝国皇帝的不是哈布斯堡的阿尔布雷希特，而是拿骚的阿道夫;控制了波希米亚、上萨克森、勃兰登堡等广大领土的卡尔四世所能做到的，只是颁布金玺诏书，确认诸侯的特权，以防止对立皇帝的出现和内战的爆发。马克西米利安一世的帝国改革可谓走得最远，但也仅仅是通过帝国议会与封建军制的改革、帝国统治院和帝国管区的设立，以产生一个由贵族所治，为贵族所服中央政府。而这个脆弱的中央政府在后来的宗教改革中被搅的支离破碎。至于世界霸主卡尔五世，这个因为西班牙和勃艮第文化背景而始终得不到德意志贵族拥戴的虔诚天主教徒，最终深陷宗教纷争的泥潭，黯然让位于其胞弟费迪南一世。
政治格局的变化
13世纪同样见证了土地管理方式向中世纪晚期过渡的整体性变化，以损失贵族封建制度为代价，为政治权力转移到冉冉升起的资产阶级手中做了准备。金钱除了用于支付人头税以外，开始更多地代表农业的经济价值。农民更多地开始被要求上交土地税。“所有权”的概念开始代替古代的管辖权模式，尽管它们仍然联系得很紧密。在帝国辖区，权力联系得更紧密：无论是谁拥有了土地的管辖权，其他的权力也就应运而生。然而很重要的一点是，这一时期的管辖权并不包括司法权，事实上后者直到世纪才真正出现。法庭审判很大程度上依赖于传统和惯例。
在这一时期，帝国所辖各区域开始转型为现代国家的前身。这一进程随着地域的不同区别很大，发展最快的地区很大程度上与古代日耳曼部落的区域重合。值得注意的是，这个时期帝国开始与德意志民族国家和日耳曼地域国家产生等价关系：腓特烈三世首次在国号上加上“德意志民族/日耳曼民族的”(Deutscher Nation/Nationis Germanicæ)的修饰语，马克西米利安一世则在首次在礼仪头衔中加上“日耳曼尼亚国王”(Germaniae Rex)，而传统上表达对日耳曼尼亚治权的头衔是责实不明的“罗马人民的国王”(Romanorum Rex)。
而因资本主义发展而富庶的北意大利城邦，如威尼斯、佛罗伦斯、比萨等等，持续地吸引着皇帝的注意和精力，使帝国对日耳曼与意大利其他地区的专注也减弱。
此外，帝国欠缺公认的王室继承法，因此一旦皇帝去世，往往造成各选帝侯继任皇帝的纷争，因而导致帝国的内战和陷入无政府状态。继位皇帝必须以武力战胜其他不支持的诸侯，或者必须想办法赢得多数诸侯的拥戴，才能维系皇帝的权威;在这种情况之下，神圣罗马帝国虽然有各成员国集结成一个核心“国家”之名，实际上却逐渐演变成为一个松散的“邦联组织”。
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