南明政权灭亡的那年，清顺治帝已经病死，他的儿子玄烨(yè)即位，这就是清圣祖，也叫“康熙帝”。 康熙帝亲自执政后，大力整顿朝政，奖励生产，惩办贪污，使新建立的清王朝渐渐强盛起来。当时，南明政权虽然已经灭亡。但是南方有3个藩王却叫康熙帝十分担心。 这3个藩王本来是投降清朝的明军将领，一个是引清兵进关的吴三桂，一个叫尚可喜， 一个叫耿仲明。因为他们帮助清朝消灭南明，镇压农民军，清王朝认为他们有功，封吴三桂为平两王，驻防云南、贵州;尚可喜为平南王，驻防广东;耿仲明之孙耿精忠为靖南王，驻防福建，合起来叫做“三藩”。
三藩之中，又数吴三桂最强。吴三桂当上藩王之后，十分骄横，不但掌握地方兵权，还控制财政，自派官吏，不把清朝廷放在眼里。 康熙帝知道要统一政令，三藩是很大的障碍，一定得找机会削弱他们的势力。正好尚可喜年老，想告老还乡，康熙帝下诏撤藩。诏令一下，吴三桂暴跳如雷，于公元1673年，在云南起兵叛乱。 吴三桂在西南一带势力十分强大，一开始，叛军打得很顺利，一直打到湖南。他又派人跟广东的尚之信(尚可喜之子)和福建的耿精忠(耿仲明之孙)联系，约他们一起叛变。
这两个藩王有吴三桂撑腰，也反了。历史上把这件事称做“三藩之乱”。 三藩一乱，整个南方都被叛军占领。
康熙帝并没有被他们吓倒，一面调兵遣将，集中兵力讨伐吴三桂，一面停止撤销尚之信、耿精忠的藩王称号，把他们稳住。尚之信、耿精忠一看形势对吴三桂不利，又投降了。
吴三桂开始打了一些胜仗，后来清兵越来越多，越打越强，吴三桂的力量渐渐削弱，处境十分孤立。经过8年战争，他自己知道支撑不下去，连悔带恨，生了一场大病断了气。 1681年，清军分3路攻进云南昆明，吴三桂的孙子吴世璠自杀，清军最后平定了叛乱势力，统一了南方。
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