白莲教的历史源远流长，被历代统治者定为邪教。元末白莲教正式形成以前就出现如“吃菜事魔”、“妖贼”等种种邪教，多为与社会现实格格不入的宗教异端，以及一些打着宗教旗号的民间秘密教派、迷信团体。
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白莲教形成后，比较正规意义上的邪教开始出现，无论教徒“安分守己”与否，无论他们是崇道还是奉佛，他们的组织、经卷、教义和活动都与现实社会秩序不相吻合。要是从他们的信仰层面看，可以称之为民间宗教;要是从他们的反政府活动看，可以称之为秘密宗教;要是从他们的反社会层面看，他们就是真正意义上的“邪教”。
社会的黑暗，百姓无法生活下去，教派的发展必然走上反社会、反政府的道路。元末农民起义由相互混合的白莲教、弥勒教和明教等秘密宗教发动，这些秘密宗教倡导弥勒降世、明王出世之说，便于草莽们用以号召群众起来造反，推翻旧政权，因此成了元末草莽用以发动斗争的武器。元末风起云涌的农民战争，推翻了元朝帝国，造就了一个崭新的大明帝国，朱元璋横空出世。
朱元璋由一介草民参加“邪教”发动的造反，最初对白莲教、弥勒教和明教等秘密宗教是颇为信奉的。但为时不长，随着其军事势力的增大，他的政治立场逐渐发生转变，他摇身变成了统治者。他对易于被用来发动起义的秘密宗教(或曰邪教)的态度，也一天天地由信奉转为疏远，甚至变为反对。朱元璋作为一个下层出身的有政治头脑人，深知民间教派对现行秩序的祸害。
元至正二十六年(1366年)，朱元璋在着名的讨张士诚檄文中，就明确攻击白莲教的言辞：“愚民误中妖术，不解偈言之妄诞，酷信弥勒之真有，冀其治世，以苏其苦，聚为烧香之党，根据汝颖，蔓延河洛。妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，无端万状。”在此，他把原先曾信奉的白莲教及弥勒教、明教等秘密宗教骂为“妖言”、“妖术”，表现了其深恶痛绝的态度。
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朱元璋在正式建立明朝后，即以峻法严刑治理邪教。朱元璋登基不久，便明令禁止各民间教派的活动。但是白莲教等教派活动并没有止息，它遍布大江南北，成为整个明朝最为严重的社会问题之一。白莲教不仅仅作为下层民众反抗政府残暴的组织形式，它表现出的形态要复杂得多。白莲教的分支很多，众多的支派系别也从来没有统一过，它们从活动内容、方式到对统治者的态度往往各有千秋。一些支派仍被民众用为对抗现行秩序的工具;一些教派的首领则发生蜕变，把白莲教作为敛钱致富和实现政治野心的工具加以利用，甚至走向社会上层;更为可悲的是还有一些白莲教派，在“边寇”窥视中原时，充当奸细，沦为民族败类。
有明一代，白莲教的起义从来没有断绝。即使明代的其他着名教闻香教、门罗教、三一教、弘阳教、黄天教以及由它们演变而成的一些支派暴乱起义，愚昧的政府把这些全部归罪于白莲教，“皆隐白莲之名，实演白莲之教”。清军入主中原之后不久，就遇到了“邪教”这个令前朝政府头疼不已的重大社会问题。顺治年间，各地“邪教”活动蜂起，愈演愈烈，且带有反清色彩，实为民族矛盾激烈的结果。为了维护和巩固刚刚建立起来的统治秩序，清廷也对“邪教”采取坚决镇压的政策。顺治十三年十一月，皇帝又下旨严禁“邪教”。
由于清朝立国不久，不仅面对着前朝遗留下的烂摊子，还面临着强大的民族反抗浪潮，所以根本无暇对不计其数的邪教穷究根本。至于康熙、雍正时期，两朝皇帝多少带有“与民休息”的味道，对于“邪教”没有采取什么大的动作，白莲教也就相对安定。干隆以后，情形就大不一样了。民间被朝廷欺压严重，民不聊生，仅干隆、嘉庆两朝，就先后有王伦、林清和李文成及川陕五省“教匪”的大规模起事。
清代白莲教起义应该说是以王聪儿的襄阳义军为壮烈。王聪儿作为女性，成为教首和统帅有几方面的原因。一方面是她具有出众的武艺，以及广大白莲教教徒对其夫齐林的尊重和拥护。另一方面，也是最重要的一个原因则来自白莲教教义本身。正如白莲教经文(宝卷)中所说的：“或是男，或是女，本来不二。都仗着，无生母，一气先天。”和“嘱咐合会男和女，不必你们分彼此。”
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前者是指无论男女，先天都是平等的，后者是指同教中的男女之间，不应存有芥蒂隔阂。因此，在白莲教的许多分支创始人中有不少是女性，如明代尼姑吕氏创西大乘教、刘氏创龙门教、清代金氏创托阳教、刘氏创弘阳教等，都是女性。当民间宗教和农民起义相结合的时候，又出现了不少女统帅，如清干隆年间的一枝花等。
王聪儿率领湖北襄阳义军连挫清军，为保存实力，更久远地打击清廷，她率军完成了从湖北经陕西到四川的战略转移。在打破清军的三面合击的战役中，王聪儿在白帝城同清军激战三昼夜，最终突破了清军的防线。此后，王聪儿率军转战川陕边界，每次出其不意打击清军，清军处处被动，死伤惨重，剩下的也疲惫不堪。嘉庆皇帝恼羞成怒，大骂王聪儿是“贼中逆首”，勒令清军务必围歼。经过无数次苦战，王聪儿率部回师湖北，在郧阳(今郧县)三岔河的卸花坡与清军遭遇，受到八路强敌的围攻。以王聪儿、姚之富为首的30多名英雄姐妹，一个个跳崖自尽了。时穷节乃见，玉碎色犹白。明清两朝白莲教绵延不绝，为祸甚多，但于王朝更替时候为反抗残暴统治做出的牺牲值得歌颂。
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