最后，海上生涯的一帆风顺也让王直萌生了“天意佑我”的念头，他对劝阻的部下说：“昔汉高谢羽鸿门，当王者不死，纵胡公诱我，其奈我何?”
在惴惴不安又心怀希望的矛盾心理中，王直于十一月份带着两个心腹叶宗满、王汝贤离船上岸，进入胡宗宪总督府。
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如王直所愿，胡宗宪热情地接待了他，并让他去见浙江巡按使王本固。没想到一到杭州，王直即被逮捕，他大呼冤枉：“吾何罪!吾何罪!死吾一人，恐苦两浙百姓!”
此时的胡宗宪对王直却无杀心，有收归己用之意，上疏请求皇帝赦免他，但形势的发展已经由不得他了。主张禁海的王本固放风说胡宗宪收受了王直数十万两白银的巨贿，并上书弹劾胡宗宪。这下胡宗宪“大惧”，重新上书称王直罪在不赦，请皇帝处分。
王直在狱中写过一封《自明疏》，希望朝廷许他戴罪立功，剿灭海上诸夷，特别是他在疏文的最后，念念不忘地希望明政府能够开放海禁，通商互市。
当时，朝廷内外对王直普遍的口径是“恶贯滔天，神人共怒”，不过又担心立刻杀了王直，会带来倭寇更大的报复，朱厚熜也在杀、抚之间犹豫，只好先令胡宗宪“羁养之”。王直虽然下狱，衣食卧具一直都受优待。挨了两年后，朱厚熜终于下达了死刑诏书：“直背华勾夷，罪逆深重，命就彼枭示。”
嘉靖三十八年(1559年)隆冬，王直在杭州法场被斩首。刑前，王直把束头发的金簪交给儿子，相拥而泣，不胜怨恨地叹道：“没想到会在这里受到典刑!”
王直的首级被传示海滨——明王朝要再一次警告所有人，大海永远是个不吉祥的地方，犯禁冒险者就是这个下场。
王直被杀一百年后，明朝最后一个雄霸海上的海贼王郑芝龙也被清廷杀于北京柴市。
不过，茫茫大海中，中国人的舰船仍在乘风破浪——郑芝龙和日本平户女子所生的儿子郑成功，率领将士两万五千人、战船数百艘，浩浩荡荡自金门出发，收复了被荷兰殖民者盘踞三十八年的宝岛台湾。
今天的宁波三门湾蛇蟠岛，王直塑像旁的洞窟岩壁上，题刻着一副对联：“道不行，乘槎浮于海;人之患，束带立于朝。”
它是这个大倭寇、大冒险家所能得到的最好的墓志铭。
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