日莲俗姓贯名，幼名善日麻吕。父亲名为次郎重忠、母亲名为梅菊女，诞生於日本安房国小凑。诞生时，从地面涌出清水并开出青莲花。
在天福元年(公元1233年)，12岁的日莲进入清澄寺修学。经过长年累月的钻研学问，成为一位智慧非凡的青年。之后为了救济民众及国家的和平，探究佛法的真髓，决意得度成为僧侣。西元1237年，时年16岁，以道善房为师而得度，道号为是圣房莲长。莲长为了完成出家以来的宿愿，怀抱著更深远的志向，展开了以镰仓为首的诸国游学之旅。西元1242年之后，经过了10年以上，阅读了更多的书籍来探究佛法。以当时日本佛教中心的比睿山延暦寺为首，并在奈良、大阪、京都等大寺院，钻研了法华经及一切经典之奥义。时建长5年西元1253年4月28日，大圣人32岁。登上清澄山嵩之森之山顶，向以东升之太阳为首的宇宙法界，唱出「南无妙法莲华经、南无妙法莲华经、南无妙法莲华经」，成就了立宗之大宣言。并於是改名为「日莲」。
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时当镰仓乱世，公家政权日渐式微，武家抬头，以下克上之风渐盛，各地战乱不断，百姓生活水深火热，幼小的日莲目睹这一切，难免心有所感，觉得平时所修学的佛法，皇室与贵族们都十分虔诚地相信尊崇，为何却不堪大用?加之当时佛教派别林立，净土、真言、天台各宗各门，各宣其教，各推其教义为最尊，究竟何者为是?小小的日莲已经在开始思考这两个问题。于是，在入寺之后不久，善日麻吕在虚空藏菩萨前立下誓愿：立志成为日本的第一智者!四年后的嘉祯三年，十六岁的善日麻吕由道善房正式剃度出家，法号“是圣房莲长”。在此之后，为了更好地研究佛理，解决心头的两个疑问，他离开清澄寺，前往当时的政治与佛教中心——镰仓，潜心修学。
经过刻苦的修学，莲长终于领悟到唱念南无妙法莲华经，是唯一的正道教理，是末法时代能救世人的唯一正法，逐渐完善并建立他的思想体系。终于，在建长五年(公元1253年)，莲长认为自己的思想已经成熟，可以公诸于世，于是，回到了阔别多年的故乡，时年三十二岁。
建长五年四月二十八日，莲长在他出家的清澄寺诸佛坊之持佛堂上，在众多僧侣与信众面前，公开唱诵“南无妙法莲华经”十遍，宣布开宗立教(后世遂以1253年4月28日为日莲宗开宗之日)，向公众宣告他所领悟的佛之真实教义，并且大力破折当时其他盛行的宗派，在当地民众中引发巨大震动，掀起轩然大波。可是，当地的地头东条景信对净土宗十分虔诚，对于莲长的教义大感震怒，于是，不惜加以迫害，加之当时身边的众多亲朋师长对其教义都未能完全接受，在其师道善房的劝导与暗中帮助下，莲房不得不离开家乡，再度前往镰仓。他在镰仓附近的松叶谷留下，建了一座茅屋居住，同时，正式改法号“日莲”，此时，日朗、日昭等人皈依其门下，成为他的早期弟子，在家的信众富木常忍、四条赖基、工藤吉隆、池上宗仲等也在这时前来皈依。
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1260年，将所著《立正安国论》上之幕府，以立正为因，安国为果，立正就是信仰《法华经》。要求禁止净、禅诸宗，专奉法华信仰，大触北条时赖之怒，以诳惑罪发配到伊豆(在今静冈)之东。两年后被赦回镰仓，仍批判诸宗如故。后又被幕府逮捕，发配佐渡(在今新)。他在此为诸弟子撰《开目钞》、《观心本尊钞》等，阐明宗义，采取阐述“折伏门”的态度。三年后被赦回镰仓。不久至甲斐(今山梨)身延山建草庵，为弘布《法华经》道场，上人圆寂后，其门下的日昭、日朗、日兴、日向、日顶、日持(六老僧)葬其遗骸于身延山，建立久远寺，即今日日莲宗的总本山。大正天皇追谥立正大师号。日莲著有《观心本尊抄》、《开目抄》、《撰时钞》、《立正安国论》、《报恩抄》等文。
弘安五年(公元1282年)九月，日莲将本门戒坛大御本尊与相关的法门传承给日兴上人。同月，日莲在众多弟子的极力劝喻下，离开身延山前往常陆国的温泉疗养。但其实日莲最终并没有前往常陆，而是滞留在武藏的俗家弟子池上宗仲的家中，他自知即将入寂，于是开始安排后事，十月，他在众多追随的弟子中指定日昭、日朗、日兴、日向、日顶、日持六人为“入室弟子”，即后来所称之“六老僧”，由他们来继承与负责日莲入灭后在各地的传教活动。十月十三日，日莲再次将相关法门与最后遗嘱交付与日兴上人，后来结集成为御书，指定由日兴上人继承其衣钵，同日，日莲上人在池上家示寂，走完了他坎坷却富有传奇色彩的一生，终年六十一岁。
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