明教的来源在金庸的武侠小说《倚天屠龙记》中曾有明确记载：明教源出波斯，本名摩尼教。于唐武后延载元年(694年(甲午年))传入中土。
《倚天屠龙记》中描述如下情节：源于波斯国，唐时传至中土。当时称为祆教。唐皇在各处敕建大云光明寺，为明教的寺院。只因历朝贪官污吏欺压我教，教中兄弟不忿，往往起事，自北宋方腊方教主以来，已算不清有多少次。
元末时期，武林六大门派围攻明教圣坛驻地——光明顶，意图歼灭明教，但后来张无忌解除明教危机，并当上教主。后来张无忌隐居大漠，传位于杨逍。小说中认为明太祖朱元璋出身此教，明朝国号即源于此秘事。而朱元璋建立明朝后，为加强专制，取缔明教。
那么，历史上真实的明教是什么样的?明朝真的从明教而来吗?
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明教的创教者摩尼生于公元216年，242年在巴比伦传教，277年被钉死在十字架。他的目标是要建立一个世界性的宗教，超越一切的宗教传统。摩尼声称自己是佛祖、琐罗亚斯德和耶稣的继承者，也是最后一位先知。摩尼说：“智慧和神迹不断的被神的使者传给人类。因此曾经使者是来自印度的佛祖，在另一个时代则是来自波斯的琐罗亚斯德;再一个时代则是以色列拿撒勒的耶稣。
启示再次降临，在这个最后时代的预言则通过我，摩尼，来自巴比伦的真主的使者。”摩尼教受到琐罗亚斯德教和基督教、佛教的影响，其教义在诺斯底主义的影响下主张灵魂从肉体上彻底解脱，因而强调禁欲、食素。同时也包括了佛教的转世说和叙利亚的天使说。另外则反对犹太教，把犹太教视为黑暗神的创造物。
唐高宗、武则天时期，摩尼教逐渐在安西都护府传播。武后延载元年(694年)，波斯人拂多诞(Mihr-Ohrmazd)将摩尼教传入中国;唐朝大历三年(768年)于长安建有大云光明寺。
摩尼教在中国又称作明教，是因为信徒称呼他们的神为“明尊”。但摩尼教在初入华时其实并不顺利，他们设法假托佛教之名传道。在唐玄宗开元期间，吐火罗国王曾献一慕阇于中国，获唐室接待。不过，在安史之乱前，该教并未在中华设寺院，史书反而载有对该教之禁令。据《通史》所载，玄宗不久以摩尼教“本是邪见，妄称佛教诳惑黎元”为由，下令中国人严禁参与。
摩尼教传入唐朝的同时，亦于之后不久地传入回纥，更被后者定为国教。安史之乱后，因回纥自恃助唐平乱有功，摩尼教徒藉回纥的支持，得以在唐国传教。据《佛祖统记》载，唐代宗大历三年，敕准回纥摩尼教徒在长安建摩尼寺──大云光明寺。其后，又应回纥之请，于荆州、洪州、越州等州建寺。唐宪宗元和二年(807年)，再于河南、太原建摩尼寺二所，并派专员保护。自此以后，摩尼教寺满布中国境内。摩尼教教士随伊斯兰教使者来华，他们得到唐帝礼遇，在中国迅速传播。
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后来，摩尼教先于祆教、景教被禁，摩尼教再不能在社会公开传教，转而在民间秘密流传，并渐与其他宗教结合，历五代两宋仍不衰。自此与下层的斗争结合起来，成为农民起义的号召旗帜之一。
五代后梁贞明六年(920年)，毋乙、董乙以“末尼”为旗帜，在陈州(今河南淮阳)造反。
后来，北宋徽宗宣和元年(1119年)的方腊之乱和建炎四年(1130年)钟相起义，元惠宗至正十年(1351年)“明王出世”的韩山童、刘福通起义，都受摩尼教的影响。
明教在宋、元时期进一步和中国本土文化结合起来，成为下层人民和江湖人士对抗朝廷的斗争形式，由于明教长期受到朝廷压抑，行事极为诡秘，有时也为江湖“白道”所误解，比起一般的江湖人士，明教徒面临着更大的压力，因此反抗朝廷也更坚决，在历史上几次掀起大的波澜。第一次是北宋末年，方腊利用摩尼教组织群众，举行了声势浩大的起义，震动东南半壁河山。第二次是南宋以后，明教和白莲教相联结，在元末农民战争中充当了重要角色。元末农民大起义中的红巾军，多白莲教徒，首领韩林儿又称“小明王”，这个“明”又与明教有关。
朱元璋以淮右布衣起事，终于奄有华夏大地，很有一些传奇色彩。在中国历史上，没有哪一位皇帝的出身如此卑微，也很少有人以南方的长江流域为基地而最终统一北方及全国。当察罕帖木儿及其养子扩廓帖木儿(王保保)于1359年攻破北方红巾军首都开封而逐步肃清北方农民军队时，蒙古朝廷不免洋洋得意，根据历史经验，还没有谁从南方起事却可北伐成功。然而朱元璋做到了，这是前无古人的巨大成就。
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朱元璋建国号“明”，这一名称是个能引起人们议论兴趣的话题，吴晗说：“惟明太祖以至正二十七年(公元一三六七)称吴元年，次年即帝位，始定国号曰大明，纪元洪武。吴非国号，亦非年号。至大明则非初起之地名，亦非所封之爵邑，亦非如后唐后汉之追溯其所始。”(《明教与大明帝国》)
“明”这一国号，体现了这位农民皇帝的一些特质，因为此名称明显来源于民间，不管是“明教”，《大小明王出世经》或是其他。朱元璋称帝后，采纳李善长的建议，下诏严禁白莲社、明教，并把取缔“左道邪术”写进《明律》十一《礼律》，用法律形式固定下来。其后，白莲教以各种支派的形式变换名目继续得到发展，如永乐年间有唐赛儿起义，清朝中后期的白莲教起义等;明教却逐渐衰落了。
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