1402年7月17日，朱元璋第四子、燕王朱棣在“靖难之役”中打败了建文帝，如愿以偿地登基做了皇帝，年号永乐。后人称之为“永乐大帝”。摆在朱棣面前的一道难题就是，如何处置建文帝留下的那些旧臣。从某些迹象来看，朱棣似乎有意对建文帝旧臣进行宽大处理。根据《明史.王艮传》记载载，朱棣称帝后，“出建文时群臣封事千余通，令缙等编阅，事涉兵农、钱谷者留之，诸言语干犯及他，一切皆焚毁。”
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所谓封事，就是通常所称的奏折。显而易见，建文帝时，大臣们所呈奏折，必然有涉及朱棣的言辞，言辞中必然有大不敬的地方。朱棣将这些奏折统统焚毁，意在消除他们的恐惧心理，让他们能够丢掉包袱，轻装上阵，重新为新的皇帝服务。然而，大部分建文帝旧臣表达出不合作的态度。据《建文逊国臣记》记载，当朱棣攻破了南京城，扬威耀武地拍马进入这个熟悉而陌生的城市时，发现前来迎降的文武官员只有100多人。逃跑、躲避者多达463人。尴尬，真是尴尬。朱棣怒了，他举起了杀戮之刀。
首当其冲的是他认为该杀之人。比如兵部尚书铁铉，这位曾经给朱棣制造了许多麻烦，甚至还差点用铁闸砸死朱棣的大将军，被朱棣处以凌迟酷刑。铁铉死后，他父母被发配，长子被充军，次子被虐待至死。妻子和女儿则被籍没为奴，发配到教坊司(当时的官营妓院)做妓女。大臣齐泰和黄子澄当初力主削藩和对朱棣用兵，他们都被朱棣凌迟处死，株连九族，妻女一律入教坊司为妓女。其次是杀掉不肯与他合作的人。
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吏部侍郎练子宁不肯在朱棣朝当官，被朱棣绑缚上朝。练子宁对朱棣破口大骂，被割去舌头。朱棣说：“吾欲效周公，辅成王?”练子宁无法说话，就用手伸进口里蘸着舌血，在殿砖上大书：“成王安在?”朱棣大怒，将他凌迟处死，诛杀练氏族人151人，还将其所有亲属共计371人流放戍边。监察御史高翔，在朱棣召见时穿着孝服入朝。朱棣让他脱掉孝服，他坚决不从。朱棣随即让人敲碎他的牙齿，他仍然不从。朱棣无计可施，将他缢死，剥皮示众。其亲戚朋友均被派往戍边。朱棣还下令，将所有姓高的人增加赋税，称：“使世世代代的人都骂高翔。”
御史大夫景清假意留任，却在上朝时暗藏短剑，意图刺杀朱棣。事败后，怒骂朱棣：”吾为故主报仇耳，可惜不能成事!叔夺侄位，如父奸子妻。尔背叛太祖遗命，真乃奸臣贼子，人人得而诛之。”朱棣恼羞成怒，将其凌迟处死，剥皮示众。同时，诛灭九族，实行“瓜蔓抄，凡是姓景的族人，全部斩杀。
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朱棣杀掉最知名的人，当属方孝孺。方孝孺是明朝大儒，在全国知识分子心目中声望极高。朱棣在最后一次出征南京时，他的军师姚广孝曾千叮咛万嘱咐，请他不要杀方孝孺。朱棣答应了。朱棣进入南京后，抓到了方孝孺。他最初确无杀方孝孺之意，还打算重用他，让他为自己草拟即位诏书。朱棣向用方孝孺在全国知识分子中的巨大声望，来为自己即位的合法性背书。可是，他打错了算盘。方孝孺一口回绝。
他们之间，还有一段有趣的对话。方孝孺被招进朝堂后，放声大哭。朱棣走下卧榻，安慰他：“先生毋自苦，予欲法周公辅成王耳。”方孝孺问：“成王安在?”朱棣回答：“彼自焚死。”方孝孺又问：“何不立成王之子?”朱棣回答：“国赖长君。”方孝孺再问：“何不立成王之弟?”朱棣有些恼了，回答：“此朕家事。”命人准备纸笔，让方孝孺起草即位诏书，“诏天下，非先生草不可。”方孝孺将纸笔扔在地上，大哭：“死即死耳，诏不可草。”朱棣再次举起血淋淋的屠刀，将方孝孺车裂于街市。有人称，方孝孺被朱棣诛灭十族，此说存疑。
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