崇祯十七年(1644)三月十八日，李自成军队直逼紫禁城，形势万分危急，皇宫内一片混乱。陷于绝境的思宗，令太子、定王、永王出逃，以期来日再兴复明朝。从此，这几位皇子逃往何处，是死是活，成为当时一大疑案。稍后，在南明和清初又接连发生了几起“伪太子案”，使得此案愈发变得扑朔迷离。
太子下落的传闻真伪难辨
思宗共有七个儿子，到甲申之变时，太子十六岁、皇三子定王十二岁、皇四子永王十岁，其他皇子都已早逝。遵照思宗的旨意，太子、定王、永王分别前去投奔成国公、嘉定侯、田皇亲：由于时间仓促，太子来不及到成国公府，隐藏于民间。永王、定王则一起到了嘉定侯府。
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三月十九日，闯王李自成进入北京，下令搜寻皇太子及二王。二十日清晨，思宗的岳父嘉定侯周奎把永、定二王交出。据说，太子也被李自成的军队搜获，并且太子与李自成之间还有一段对话。太子挺立不屈，镇定自若，问李自成：“为何不杀了我?”李自成说：“你无罪，我岂能妄杀!”太子道：“既然如此，那么请听我言：一，不可扰我祖宗陵寝;二，速葬我父皇母后;三，不可妄杀我百姓。”
四月十三日，李自成东征吴三桂时，太子曾被封为宋王，定王、永王也随军前往。
李自成兵败山海关后，太子、定王、永王的下落谁都不清楚，或说曾被吴三桂夺去，或说定王已在城南遇害。清军入京后，也未见到太子及二王。明末清初诸多史料中也记载不一，甚至在《明史》中，也只是记载：“贼挟太子西逃，不知所终。”不得不承认有关太子下落的传闻实在是真伪难辨。
思宗死后，太子及二王的下落，关系着明朝国祚的延续，成为明朝遗老遗少关注的焦点，以至于南明、清政权都视为棘手的问题。对于反清复明的志士来说，也不失为一面好的旗帜。因此，稍后的北京、南京都曾出现过太子，民间也流传着太子出家为僧的故事，有关太子的真伪就成了明末清初的一个大议题。
“烫手的山芋”：
多尔衮将北京“太子”杀害于狱中
崇祯十七年(1644)十一月的一天夜里，一个貌似太子的男子，在常侍太监陪同下，来到嘉定侯周奎府中。周奎佯装不识，让他的侄子周铎喊长平公主前来相识。长平公主一见，两人就抱头痛哭。长平公主与太子均是周皇后所生，周奎为其外祖父。甲申之变时，气急败坏的思宗亲手挥刀砍伤女儿长平公主后，公主便一直在周府中养伤。长平公主为太子的亲姐姐，不可能认错，可见太子不是假冒的。
于是，周奎举家向太子行君臣之礼。礼毕后，周奎询问太子连日来的经历。太子说：“城陷当天，我一个人藏在东厂门外。一天夜里，又潜至东华门，投奔到一家豆腐店中。店小二收留了我，让我换了衣服，在灶前烧火。唯恐败露，待了五日，将我潜送至崇文门外的尼庵中，说我贫困无处可去，尼僧不曾怀疑，遂留我居住了半月。常侍(太监)偶然来见尼僧，发现了我，觉得这也不是久留之地，于是将我带回，藏在密室，所以至今得以无恙。听说公主在此，特前来相见。”说罢，与公主哭别而去。
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几天后又来，公主送他一件锦袍，告诫他：“(你)每次前来，皇亲上下都以礼相待，外面肯定会生疑，今日出去了，千万不要再来了。”十九日，太子又来周府，周奎暂留他住下。
二十二日，周奎与侄子周铎商量：太子不可久留，否则必将受牵连，不如让他逃走。于是要求太子自称姓刘，扮成书生，否则就将他送往官府。当晚，周奎便命家人把太子逐出门外。太子一出去，就被京城巡逻的清兵以“犯夜”罪逮捕，送交给刑部，草草审理后，断为假冒太子，押入狱中。
对于这个“烫手的山芋”，清廷确实很为难，无论是杀是留都很麻烦。若是留他，前明的忠臣义士就会打着他的旗号前赴后继反清;若是杀了他，清朝精心炮制出来的“为尔雪君父之仇”的幌子就会不攻自破。
清朝摄政王多尔衮不愧是精明的政治家，十二月初十，他出来表态了：我自有安排，你们又何必苦苦相争?太子真伪都无妨，如果真是太子，当以礼相待，封为王爵;如果是假冒的，则严惩不贷。然后宣布：太子继续押于监狱。
结果，凡是争言太子为真的官员，如刑部主事钱凤览、御史赵开心等都处以死刑。可见他所谓的“优以王爵”，只不过是冠冕堂皇的幌子罢了，清廷绝不愿意真太子的出现与继续存在。后来由于廷臣的一再请求，赵开心得以免于死刑，钱凤览斩首改为绞刑。第二年四月初十，清朝公开榜示天下，断定太子是假的，同时却秘密将太子杀害于狱中。
这件事情的始末，详细记载于明末遗老钱士馨编的《甲申传信录》，与《明史》中李自成封太子为宋王的情节有所出入。当然这也只是关于崇祯皇太子传闻的一种说法，太子究竟死了没有，依然是个谜。而且，稍后南京又出现了一个“太子”。
大敌当前：
南明朝廷因“太子”真伪的争议导致内讧
清朝入主北京后，马士英拥戴福王朱由崧在南京建了南明小朝廷。虽然福王政权自称是继承明朝的正统，但是对于崇祯太子，他们和清廷一样，也仍然认为是“一个烫手的山芋”。皇太子一出现，福王的地位势必会受到威胁，这当然是他们不愿见到的。因而福王即帝位后，为安抚人心，口口声声称要恭迎大行皇帝梓宫及皇太子，但也只是雷声大雨点小，根本没采取任何措施。
不久，福王政权就传出皇太子、定王、永王都遇害的消息，并且在大学士马士英的一手策划下，将大行皇帝追谥号为烈皇帝、庙号为思宗，接着赶紧追谥太子为献愍，永王为悼、定王为哀，弄得有模有样，似乎太子真的亡了。
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然而当时的遗民并不相信皇太子真的已死，人们仍在期待太子有朝一日突然复出。在这种背景下，关于皇太子的传说愈加变得扑朔迷离，较为流传的一种说法，大致如下。
吴三桂从李自成手中夺走太子后，曾经晓谕臣民，不久即将奉太子入京即位。但由于清朝不准吴三桂进京，他便在途中放了太子。太子被人引导进入皇姑寺，然后与太监高起潜一起逃往天津，浮海南下，前往扬州。
高起潜打听到南明并不欢迎太子，不知所措。为了避免祸事缠身，欲加害太子。他的侄子高梦箕(原任鸿胪寺少卿)认为不妥，于是便带着太子渡江，辗转来到苏州、杭州。一路颠簸劳累，在元宵节观灯时，看到四处欢庆的场面，想着自己身在异乡。不禁浩然长叹，不小心被路人发现。高梦箕害怕此事会连累自己，立即赶往南京向马士英告密。于是马士英派太监李继周前往迎接太子。
顺治二年(1645)三月初一，皇太子被接回了南京，福王先派人把太子安置到兴善寺暂住，并派两名太监去见太子，以辨认真伪。结果，两个太监一见太子，就抱头痛哭，见天寒地冻，太子衣裳单薄，便急忙脱下衣服给太子穿上。福王得知后，大怒，说：“真假未辨，如何能这样?即使太子是真，让位与否，还要看我愿不愿意，这厮竟敢如此!”接着，福王以迅雷不及掩耳之势，处死了两名太监，赐死李继周，企图杀人灭口，掩盖事实真相。
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然而南京城内的官员们听说太子已到，无不欢欣鼓舞，纷纷前来拜访，向太子递送名片的人络绎不绝。当时，南京市民都传闻弘光朝廷欲绝先帝血脉。他们对于马士英把持弘光朝廷非常不满，普遍加以抵制，马士英以为太子是假的，舆论越以为是真的。因此，到最后，弘光政权虽然不承认太子的真实性，却也不敢加害太子。
南明混乱的局势，使得对马士英早已不满的宁南侯左良玉，乘机大做文章，责问：“满朝文武大臣只知道逢迎君主，不顾大体，流贼李自成尚且能对太子礼遇，不敢加害，为何一家人反倒视为仇敌了呢?明明知道穷究下去无用，为什么非要辗转追问，加以株连，使得普天同怨呢?皇上听信少数人的言论，只与二三奸臣守天下，决无此道理。”于是左良玉在发布了一通声讨宣言后，便以此为借口，打着“清君侧”的旗号发兵东下，声称是奉了太子的密诏带领队伍来救援的。
大敌当前，南明小朝廷却因为太子真伪的争议导致内讧，事态愈发不可收拾。
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