万历皇帝亲政后骄奢淫逸，长期怠政，却勤于搜刮。在他的统治下，明朝的政治环境日趋恶劣：农民起义、市民暴动、军兵哗变、民族矛盾尖锐，这个时候已经埋下了伏笔。
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首先崇祯亲政的时候在东林党的教唆下安置魏忠贤于凤阳，之后魏忠贤缢死。清除了魏忠贤和客氏的势力，巩固了自己的政权地位，阉党之祸逐渐澄清。但是在诛灭魏忠贤势力的同时，也促使明末庞大的文官势力更加膨胀。
首先刚即位袁崇焕提出五年平辽。但是15世纪，世界进入了小冰河时期，全世界的气候都在变冷，寒冷的气候引发了严重的旱灾，中国是这场灾难中受灾严重的国家。1580-1644年小冰河进入集中爆发期，大明朝遭遇了千年以来最冷的极端天气，气候寒冷干燥，降水减少，旱灾竟然长达七十年之久。持续的干旱造成了北方农业的绝收，导致陕西、河南等地灾民遍地，所以激发了严重的民变，大明朝内忧外患，无力赈灾，引发了席卷北方的农民叛乱。
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之后爆发了瘟疫据史料记载，“山西多地瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者”，“北直隶患大头瘟症死者枕藉，苦传染，虽至亲不敢问吊”，连当时的皇宫里都瘟疫横行，北京城的守备部队也因为瘟疫而覆灭，以致北京坚城轻易的就让李自成贼兵入内，鼠疫给了这个强大的帝国穿心一剑。
之后明军平灭叛乱，张献忠部接受明军招降，李自成部遭明军围剿，损失惨重，仅余十八人。农民军势力一时低沉。这个时候好不容易打下国内的暴乱，却偏偏关外清军开始犯境。
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崇祯又开始了对清的对战，但此时因放过了李自成导致了日后的卷土重来。阎鸣泰、孙传庭等有识之士得到朝廷排挤。对于朝廷举足轻重的武将，则是由文官掣肘，武将在外拼杀之时，大量文官在朝中散布谣言，崇祯皇帝偏听偏信，斩杀袁崇焕等主要将领，导致北方再无抗清将领可用，之后的抗清之战一败再败。
之后对外没有统兵将领，对内又无力镇压，导致了自缢煤山。
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