贺娄子干祖籍代郡(今河北蔚县)，后来其先祖随北魏南迁，世代居住在关右(今甘肃潼关)。贺娄子干 的祖父贺娄道成、父亲贺娄景贤都在北魏任职，贺娄道成官至侍中、太子太傅;贺娄景贤官至右卫大将军。
贺娄子干年少时以骁勇出名。北周武帝宇文邕在位时，他才开始出来为官，担任司水上士，被称为强干有才。后来多次升迁至小司水。贺娄子干因其勤劳，获封思安县子的爵位。不久朝廷授任他为使持节、仪同大将军。大象元年(579年)，兼任军器监，继而授任秦州刺史，进封爵位为思安县伯。
大象二年(580年)五月，北周宣帝宇文贇病死。当时宇文贇之子北周静帝宇文衍年幼，左丞相杨坚专政。同年六月，相州总管尉迟迥(宇文邕表哥)害怕杨坚专权对北周不利，于是公开起兵反对杨坚。贺娄子干与宇文司录跟随上柱国韦孝宽前去讨伐尉迟迥。七月，韦孝宽率领大军从洛阳进驻河阳(今河南孟县南)。恰逢尉迟迥军围攻怀州(治野王，今河南沁阳)，贺娄子干和宇文述等人将其击败，于是率军东进至永桥镇东南。杨坚闻讯非常高兴，亲自写信说：“叛贼尉迟迥，胆敢派遣叛军，作乱于怀州。你受命诛讨，应运荡涤反贼，我听此喜讯，赞赏不已，欣喜之情，不可言喻。大丈夫富贵的日子，正在今天。望你善建功名，以不辜负朝廷的希望。”此后，贺娄子干每次作战，必先登城。攻打邺城(今河南安阳)时，贺娄子干与崔弘度等带领部属率先登城，破城而入，尉迟迥被迫自杀。平叛结束后，贺娄子干因功升任上开府，封为武川县公，食邑三千户，另以思安县伯的爵位，赐封给他的儿子贺娄皎。
开皇元年(581年)，杨坚受禅登基，建立隋朝，是为隋文帝。贺娄子干进封爵位为巨鹿郡公。同年八月，吐谷浑进犯凉州(治姑臧，今甘肃武威)，贺娄子干以行军总管的身份跟随上大将军元谐攻打吐谷浑。在此次战役中，贺娄子干功劳最大，因此隋文帝下诏书褒奖他。隋文帝担心边塞不安，就命贺娄子干镇守凉州。
开皇二年(581年)四月，突厥大军进犯隋边。五月，突厥沙钵略、达头、阿波等五可汗悉发40万骑兵，突入长城，分路攻隋，各地隋军分别进行抵抗。达头军分两路疾进，其右路军在鸡头山(今甘肃平凉西)被隋将韩僧寿部击败，左路军继向武威、兰川开进。六月，达头可汗部攻兰川，贺娄子干率部迎战。双方在可洛峐山(今甘肃武威东南)地区遭遇。达头军人多势盛，贺娄子干先采守势，阻川为营，断绝达头军的水源，待其人马因缺水而困弊时，乘机进击，达头军失利，暂时迟滞达头军的攻势。于是隋文帝任命贺娄子干为上大将军，并给予极高评价：“啊呀!你听我的命令。只有你才能贤明，意志坚毅果敢，你当武将，功绩我有所耳闻。往年那些凶丑不安宁，屡屡惊动疆场。你开拓疆土，平定乱军，功劳很大。因此根据奖赏典册，增加你的车服，提高你的官阶。去执行我的命令吧，你恭敬地接受这光荣的典册，能不谨慎谦虚吗?”不久，隋文帝调贺娄子干担任营建新都的副监。十月二十一日，隋文帝任命他为工部尚书。
同年，突厥再次侵犯边塞，贺娄子干以行军总管的身份跟随窦荣定迎击突厥。贺娄子于与窦荣定互相配合，前后呼应分路灭敌，重创突厥军，斩杀突厥军一千多名士兵。隋文帝重赏贺娄子干，并派通事舍人曹威犒劳三军。不久贺娄子干请求入朝，隋文帝让他沿驿道来见。
开皇四年(584年)，吐谷浑再次侵犯隋朝边界，隋朝西部边镇深受其害。隋文帝命贺娄子干出兵反击。四月，贺娄子干沿驿道到黄河以北，调发河西五州(即凉、甘、瓜、鄯、廓五州)兵众深入吐谷浑境内反击，杀其百姓一万多人，二十天后返回。
隋文帝见陇西屡受外族寇掠，很是担扰。西部边塞的居民没有依村而居的习惯，隋文帝命贺娄子干将居民集中到一起，建立村坞，作为防御的堡垒，开垦荒地种植农作物，以备不测。贺娄子干认为不妥，上书说：“这里凶寇侵扰，我荡灭他们的日子，不是早晨就是晚上，请圣上不要担扰。现在我在这里，需要见机行事，不能完全按诏书办事。而且陇右、河北，地广人少，边境未安宁，不可能广泛地种田。我看屯田的地方，收获少而花费多，白花人力，最后还是被入侵者糟塌。屯田诸事，请都废除。但陇右百姓以放牧为生，如再聚居，他们会更加不安。只能严密侦探，岂容他们聚集人马?请让我在重要路口，加强防备。只要镇守之所相连接，烽火能够相望，百姓虽然散居，也没什么可担心的。”隋文帝于是采纳他的建议。不久，胡人侵犯岷州、洮州二州，贺娄子干率军抵御，敌军闻讯仓惶逃遁。
隋文帝知道贺娄子干熟知边疆战事，于同年四月二十六日，任命他为榆关总管，掌管十镇诸军事。十一月初五日，隋文帝任命贺娄子干为云州总管。一年多后，隋文帝任命贺娄子干为方州刺史，当时边塞的胡人都很惧怕贺娄子干。 数年后，突厥都蓝可汗阿史那雍虞闾派遣使节前来请降，并献上大批的羊马以示诚心。隋文帝任命贺娄子干为行军总管，出西北道前去接应。回来后，隋文帝再度任命贺娄子干为云州总管，还将突厥所献的马百匹、羊千口赐给贺娄子干，于是下诏书说：“自从你把守北大门，那里风尘不惊。突厥所贡献的羊马，还是赐给你。”不久，贺娄子干的母亲去世，贺娄子干因守丧离职，但隋文帝以榆关(今河北秦皇岛市)是重镇，非贺娄子干镇守不可，不久便重新起用贺娄子干。
开皇十三年七月十四(593年8月16日，《隋书·贺娄子干传》作开皇十四年，而《隋书·高祖纪》作开皇十三年七月十四 ，而《北史》、《资治通鉴》均无记载，此以《高祖纪》为准)，贺娄子干因病在任上去世，时年六十岁。隋文帝为此伤心良久，赐他缣采千匹，米麦千斛，追赠他为怀州、魏州等四州刺史，谥号怀。其子贺娄善柱继承爵位，后官至黔安太守。
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