汉和帝在位时期，科技、文化都有了很大发展，蔡伦改进了造纸术;班固、班昭写了《汉书》;甘英出使大秦。另外，汉和帝初年窦宪灭亡了北匈奴，在世界历史上也是一件大事。故而时人称之“永元之隆”。
汉和帝刘肇于章和二年(公元88年)壬辰即皇帝位，斯时方十岁，尊窦皇后为皇太后，改明年为“永元元年”。
汉和帝年幼，窦太后临朝听政。她把哥哥窦宪由虎贲中郎将提升为侍中，掌管朝廷机密，负责发布诰命;让弟弟窦笃任虎贲中郎将，统领皇帝的侍卫;弟弟窦景、窦环均任中常将，负责传达诏令和统理文书。这样，窦氏兄弟便都在皇帝周围的显要地位，从而掌握了国家政治的中枢。
窦太后将政权统于自己一人之手，独断专横，强予决策。对于伐北匈奴一事，尚书、侍御史、骑都尉、议郎等都极力上谏，甚至指责太后“奈何以一人之计，弃万人之命”，也没有挡住窦太后为袒护窦宪而出兵。重创北匈奴后，是否继续设立北单于，朝臣坚决反对，但由于窦宪奏请设立，窦太后不顾大多数人反对，而“竟从宪策”。
窦太后还把大批窦氏家族子弟和亲朋故友，任为朝官或地方官，从而上下勾结，专权放纵，报复打击，为所欲为。其弟弟窦景放纵奴仆胡作非为，甚至白天公然拦路抢劫，侮辱妇女，而“有司莫敢举奏”。 窦氏为维护专权，安插了大量党羽，因此，朝廷上下多有谀附之臣与亲信。当初，和帝在长安召见窦宪，朝臣甚至议论称之“万岁”，尚书韩棱愤怒指责“礼无人臣称万岁之制”，才算止住了这场闹剧。
这一方面说明窦氏权势的贵盛，另一方面也说明时臣趋炎附势的风气。因而，在汉和帝执掌政权后，立即清理窦氏残党余孽，太尉宋由因为窦氏党而被罢免，后自杀。其他亲朋故旧，凡是依仗窦家的关系而做官的，统统被罢免回家。
窦宪还养了许多刺客，实行暗杀政策，谋害那些有宿怨私仇、持有不同政见、可能危害窦氏的人。在汉明帝永平年间，窦宪的父亲窦勋犯罪，韩纡审理此案，考实窦勋坐狱被诛。
窦太后当政时，韩纡已死，窦宪即派刺客刺杀了韩纡的儿子，并带回他的首级，拿到窦勋坟上祭奠。周荣为尚书袁安府吏，袁安上书言窦宪骄纵、窦景腐败、不宜立北匈奴单于等奏议，均出自周荣之手笔。窦宪门客徐齮非常嫉恨他，于是，当面威胁他。连尚书府中尚且遭到这样的恐吓，可见一般的官吏该承受着怎样的政治压力。
窦太后刚愎放纵，早已引起了一些正直朝臣的不满。他们不断上书进谏，有时，甚至以死抗争，希望把黑暗的政治挽回到清明的政治之中。
当朝群臣的谏诤从“太后临朝”的时候起，就已经开始了。仅据《资治通鉴》统计，短短的近五年时间，大臣就针对各种问题上书十五六次。
窦氏兄弟骄横肆虐，侵暴百姓，甚至擅自征调边防部队。群臣们为窦氏的贪婪与霸权而愤怒不已，为朝廷的纷乱黑暗而痛心疾首，为皇帝的幼弱无奈而呼号流涕。他们呼唤着皇帝的坚强。正如司徒丁鸿上疏所言：“夫天不可以不刚，不刚则三光不明;王不可以不强，不强则宰牧纵横。宜因大变，改政匡失，以塞天意。”
永元四年(公元92年)丙辰，十三个郡国地裂，大旱、蝗灾发生。上天似乎也在昭示着一场大变革的发生。
汉和帝刘肇逐渐长大，也越来越懂事。这对日益膨胀的窦家权势不能不形成威胁。于是，窦宪便与女婿郭举及其父郭璜、部下邓叠及其弟邓磊等，共同谋划企图杀害刘肇，篡汉而代之。
这时，十四岁的汉和帝暗中得到消息，知道了窦宪的阴谋，他感到必须尽快制定对策，否则后果不堪设想。可是，满朝廷都是窦家的人。虽然也有如司徒丁鸿、司空任隗、尚书韩棱等可以信赖，但窦氏兄弟已经限制了皇帝不能与内外大臣直接单独接触，只有宦官在身边伺候，并内外传递信息。
汉和帝经过观察，觉得只有中常侍钩盾令(负责宫内河池苑囿的宦官)郑众可与商量，一则郑众服侍多年，对皇室一直忠心耿耿，比较可靠;二则此人谨慎机敏，很有心计，可以出谋划策。于是，汉和帝趁别人不在，与郑众说了自己的想法。郑众早已看不惯外戚势力的横行霸道，也劝和帝早下手为强。
此时，窦宪正镇守凉州，如果京城有变，他必然领兵叛乱。为减少损失，保证成功，汉和帝下诏令窦宪来京辅政，先行调回窦宪。同时，要参照前朝《外戚传》，试图从文帝诛薄昭、武帝诛窦婴、昭帝诛上官桀、宣帝诛霍禹等事中学习经验。
于是，密令清河王刘庆从千乘王刘伉处借取《外戚传》，令郑众从中整理勾稽。一切准备停当，窦宪、邓叠等也回到京师。
抓捕窦宪的前一天晚上，汉和帝亲自御临北宫，命令司徒兼卫尉官丁鸿，严兵守卫，紧闭城门;命令执金吾、五校尉等，分头捉拿郭璜、郭举父子和邓叠、邓磊兄弟，清除了外围。
第二天，派谒者仆射直入窦家，宣读诏书，收回窦宪的大将军印绶，改封为冠军侯，并限令与其弟窦固、窦景等各回封地。
郭璜等人下狱处死，汉和帝感念窦太后的养育之恩，没有公开处死窦氏兄弟，回到封地后，皆迫令自杀。四兄弟中只有窦环没有参与策划谋反，被免了死罪。
在一举扫平了外戚窦氏集团的势力之后，汉和帝开始亲理政事。他每天早起临朝，深夜批阅奏章，从不荒怠政事，从他亲政的所作所为，不失为一个有为的君主。
西北有西域都护班超大破焉耆，西域降附者五十余国;东北有乌桓校尉任尚大破南单于，将辽东收归，改为渤海郡。汉和帝一朝，曾多次平定过少数民族的叛乱。
汉和帝当政时期，曾多次下诏赈灾救难、减免赋税、安置流民、勿违农时。在法制上也主张宽刑。他任用的掌管刑狱的廷尉陈宠，便是一个富于同情心的仁爱之人，每次断案，都依据经典，而“务从宽恕”。
汉和帝对有过失之人，也能根据情况，从宽处理。永元九年(公元97年)，窦太后死。之前，由于宫廷紧守秘密，汉和帝为梁贵人所生的事实始终未公开。窦太后死后，梁家才敢奏明朝廷，为梁贵人讨一个说法。这时，汉和帝也才知道了自己的身世之谜。但在如何安置窦太后的问题上，三公上奏：“请依光武黜吕太后故事，贬窦太后尊号，不宜合葬先帝。”而汉和帝却念及窦太后对自己的养育之恩，认为“恩不忍离，义不忍亏”，不应有所降黜。于是，不降尊号，谥为章德皇后。而对梁贵人、宋贵人的问题也都妥善安置。梁贵人被追封皇太后。
汉章帝时，居巢侯刘般逝世，按规定应由长子刘恺袭爵，但为满足父亲的遗愿，刘恺坚持让弟弟刘宪袭封，自己则逃往外地。执政官上奏请示收回刘恺封国，汉章帝嘉其义，特许等待他。
而刘恺始终没有回来，十多年后，执政官又提起此事。对此，侍中贾逵上书说：“孔子曾说‘能以礼让，治理国家有什么难的呢?’有司没有推究刘恺此举的乐善之心，而是以平常之法加以处理，这样做，恐怕不能助长礼让的风气，成就宽弘的教化啊!”汉和帝深以为然，下诏说：“王法崇善，成人之美。”于是，不仅同意刘宪袭爵，而且征刘恺为郎。
汉和帝十分体恤民众疾苦，多次诏令理冤狱，恤鳏寡，矜孤弱，薄赋敛，告诫上下官吏认真思考造成天灾人祸的自身原因。而他也常常以此自责，如永元八年(公元96年)京城洛阳地区发生蝗灾，他下诏首先说：“蝗虫之异，殆不虚生，万方有罪，在予一人。”忧民之心，殷殷可见。
岭南出产龙眼、荔枝，为了满足朝廷需要，往往“十里一置，五里一候，昼夜传送”，劳民伤财。唐羌上书，请求停止，汉和帝批示：“远国珍羞，本以荐奉宗庙，苟有伤害，岂爱民之本?其敕太官勿复受献!”爱民之意，发自肺腑。
汉和帝深感吏制建设对一个政权的重要性，因而，非常重视官吏的选拔任用。据统计，他当政时期，曾四次专门下诏纳贤。这既反映出东汉吏制的空虚与堕落，也表现出汉和帝为改变这种现状而做出的积极努力。
从夺回政权到亲理朝政，可以看出汉和帝是一个宽和仁爱的君主，这与他的谥号“和”是吻合的。但作为一个君主，明辨是非，当机立断，更是一个重要的素质，在清除窦氏集团的斗争中，汉和帝做到了这一点;在废立后妃的过程中，这一点也表现得相当充分。
东汉时期，为了加强中央集权，在宫廷内设置了中常侍、黄门侍郎、大黄门、小黄门等宦官职务。他们负责掌管传达皇帝的号令和诏书，阅览尚书进呈的文书。
在汉和帝夺回政权的过程中，中常侍钩盾令郑众直接参与了策划和实施，在论功行赏时，郑众自然是首功。于是，郑众被升迁为大长秋。“长秋”是汉代皇后的宫名，用以名官，称其官署为“长秋寺”。这是皇后近侍官首领，一般由皇帝亲信充任，负责宣达旨意，管理宫中事务。而在进行策勋班赏的过程中，和帝注意到，郑众总是推辞的多，接受的少，这种谦逊仁爱之心，很得和帝的赞赏。因此，汉和帝以后便经常同他讨论国家大事，国家一些大政方针的决策便较多地掺杂着宦官的力量。
所以史书上说“宦官用权自此始矣”，从此，东汉进入了外戚与宦官交替执掌朝政的时代。
当然，汉和帝重用宦官，还有一些客观因素。这就是这时期他所信任和倚重的一些朝臣和宗王或年老体弱，或寿短命微，陆续退出了历史舞台。
总之，汉和帝是一个励精图治的好皇帝，只可惜，天不假年，二十七岁就去世了。
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