讨论这个问题，必然离不开田余庆的《东晋门阀政治》一书。如果要简单总结一下田先生的观点，那关键还是要落在“门阀”二字上。自古朝代更替，军事力量都是非常重要的因素。所谓“枪杆子里出政权”，从来都是真理。然而东晋历史的特殊之处在于，军事力量是依附于政治力量存在的。而门阀政治的特点，就是皇权与门阀既合作又对立，而门阀之间也是既合作又对立。在这种多方博弈下，一直无法产生能够完全压倒其他势力的一方，所以改朝换代也就无从谈起。王导晚年曾感叹：“人言我愦愦，后人当思此愦愦”。意思就是在当时的政治格局下，“糊涂”是必要的。糊涂的目的无非就是妥协，妥协的目的则是为了维持皇室与门阀以及门阀与门阀之间的政治平衡。
王导之后的桓温依靠在长江上游的长期经营和几次北伐，成功聚集了足以颠覆政权的军事力量。桓温行废立之事，在政治上将晋简文帝置于周赧王、汉献帝的地位，甚至主动求赐九锡。从种种迹象上看，他已经非常接近夺取司马家天下了，然而他最终还是没能迈出这决定性的一步。田余庆认为这是因为桓温第三次北伐败于枋头“望实俱损”，导致位于东晋中枢的琅琊王氏和陈郡谢氏两族可以仅凭政治力量压制桓温的军事优势。从深层次看，这正是由于桓温的军事优势必须建立在一定的政治优势之上，否则在谋求禅代这种关键问题上，其麾下的军事势力未必会绝对支持他。
东晋的军事势力独立于政治势力，或者说独立于门阀政治，始于北府的创立和兴起。然而这是一个极其漫长的过程。北府及其前身在初期依附于郗鉴、谢玄等门阀政治势力，虽然战斗力强大，但本身不能左右江左政局。到谢玄死后门阀士族的军事人才逐渐凋零，北府开始作为一支独立的政治力量崭露头角，但作为其领导的刘牢之等次等士族并没能适应这种变化。刘牢之在东晋末期的政治斗争中因缺少明确的目标而反复不定，最终失去一切政治筹码而自杀，标志着北府中最后一股与门阀政治有牵连的势力的覆灭。了结百年来虚弱不堪的司马朝廷并重塑皇权的历史任务，最终落在了以刘裕为代表的出身寒族的北府将领身上。
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