桓温死后，他的弟弟桓冲掌握了荆州的大权，桓冲对东晋朝廷效忠，而掌握朝政大权的谢安也能够使得内外安定，东晋内部终于出现了难得的安定局面。谢安推荐他的侄子谢玄担任兖州刺史，领广陵相，监江北军事。谢玄北方来的流民中招募了一批骁勇之士，加以严格的训练，创建了一支劲旅，号称“北府兵”。刘牢之是其中的佼佼者，他担任参军，经常率领精锐为前锋，战无不摧，令敌人畏惧。北府兵的形成，也使得东晋中央了有一支可以凭借的武装力量，能够制约地方政权。东晋内部稳定了，但是外部形势是非常严峻的，前秦在灭亡了前燕以后，又逐渐统一了北方，国力逐渐强大，向东晋发起了数次攻势。东晋宁康元年，前秦夺取了益州和梁州地区，东晋在宁康二年曾经组织反击，但是失利了。东晋太元元年，前秦攻取了名义上称臣于东晋的凉州。太元三年，前秦又在江汉地区发动进攻，夺取了南阳，围攻襄阳和彭城。太元四年，襄阳和彭城相继陷落，前秦一度深入淮南，逼近长江，多亏谢玄率领北府兵连续反击，将秦军击退到了淮北，才度过了这次危机。
但是前秦已经夺取了长江中上游的有利地形，又有着超过东晋的强大国力，历史似乎要重演西晋伐吴统一天下的一幕。太元八年，秦王苻坚亲自率领三十万大军到达寿阳，与谢安的弟弟谢石率领的八万晋军展开了历史上著名的淝水之战，战争的胜负成败有必然因素也有偶然因素，虽然前秦在淝水的溃败并不是非常惨重，但是却成为国家崩溃的开始，各种势力纷纷起兵，北方再次出现了大混战的局面。这样的局面，对于东晋的北伐是千载难逢的好机会。
东晋太元八年，前秦军在淝水溃败，谢玄率领人马收复寿阳，生擒前秦淮南太守郭褒。太元九年，鹰扬将军刘牢之收复谯城。桓冲派遣上庸太守郭宝先后收复了魏兴、上庸、新城三郡。将军杨全(左边一个人，右边一个全)期进占成固，击败了前秦梁州刺史潘猛。竟陵太守赵统进攻襄阳，前秦荆州刺史都贵弃城奔鲁阳。前秦洛州刺史张五虎以丰阳向东晋投降。梁州刺史杨亮率领五万大军进攻益州，派遣巴西太守费统率领水陆军三万为前锋，前秦益州刺史王广派遣巴西太守康回等人迎击。此时的前秦一片混乱，各地的守将都人心惶惶，忠于前秦的将领还要率领自己的人马支援长安，根本无力坚守自己防区，东晋的进攻遇到的抵抗很少，进展非常顺利。将军刘春进攻鲁阳，逃到鲁阳的都贵直接逃回了长安。而益州刺史王广面临东晋的进攻，还派遣将军王虬师率领三万人马支援长安，益州的兵力更加空虚，康回抵挡不住晋军的进攻，退回了成都，梓潼太守垒袭以涪城投降。东晋荆州刺史桓石民进占鲁阳，派遣河南太守高茂防守已经被前秦放弃的洛阳。担任太保的谢安请求趁前秦混乱，开拓中原，进行北伐。
东晋派遣谢玄为前锋都督，率领豫州刺史桓石虔等北伐。谢玄进军到下邳，前秦徐州太守赵迁放弃彭城逃走，谢玄又进占彭城。谢玄派遣刘牢之进攻前秦兖州刺史张崇，张崇放弃鄄城奔燕，刘牢之占据鄄城，河南坞堡纷纷向刘牢之请降。谢玄派遣阴陵太守高素进攻前秦青州刺史苻朗，晋军前进到琅邪，苻朗投降。前秦长乐公苻丕坚守邺城，既要对付慕容垂的燕军，又得防备日益逼近的东晋北伐军。谢玄派遣龙骧将军刘牢之进据确(左边一个石，右边一个高)敖(左边一个石，右边一个敖)，济阳太守郭满进据滑台，将军颜肱、刘袭进军河北，这是东晋自祖逖北伐以来，首次进军河北。苻丕派遣将军桑据防守黎阳，企图阻止晋军的推进，刘袭进行了夜间突袭，攻克了黎阳。苻丕大为恐慌，不得不向东晋求救，请东晋放他们一条生路去长安，他愿意让出邺城。谢玄派晋陵太守滕恬之防守黎阳。东晋北伐进展顺利，先后平定了兖、青、司、豫四州，东晋朝廷加封谢玄都督徐、兖、青、司、冀、幽、并七州军事。
苻丕的部下打算以邺城归顺东晋，谢玄派滕恬之、刘牢之率领二万人马向邺城前进。东晋太元十年，前秦的梁州刺史潘猛放弃汉中奔长安，益州刺史王广也放弃益州，率领部众奔还陇西。刘牢之前进到枋头，准备接应晋军的人被苻丕杀了，晋军不能不暂时停止前进。刘牢之与慕容垂交战不利，退回了黎阳。刘牢之在休整以后，再次向邺城进军，击败了慕容垂，燕军撤围向北撤退，刘牢之也不通知苻丕，乘胜穷追二百里，士卒争抢燕军的辎重，结果在五泽桥遭到慕容垂的伏击，精锐的北府兵遭到大败，损失了数千人，刘牢之脱身独逃，幸亏前秦军赶到，才捡了一条小命。苻丕让出了邺城，率领部下到枋头接受东晋援助的粮食，刘牢之在邺城收集散兵，重整旗鼓。而在此时，东晋蜀郡太守任权攻克成都，斩杀了前秦益州刺史李丕，收复了益州。北方一片混乱，东晋深入河北，占据了邺城这样的重镇，如果努力经营，平定河北也是可能的。刘牢之虽然遭到了挫折，但是损失并不惨重。但是东晋朝廷以军败，召回了刘牢之，苻丕吃饱了饭又杀了回来，龙骧将军檀玄进行截击，打了败仗，苻丕又占据了邺城。而此时，主持北伐的谢安病死了，北伐的大计无人主持。
司马道子掌权,以北伐进行了这么长的时间，命令谢玄部署了各地方的守将以后，停止了北伐行动。以后东晋守将就是在边境进行防守，很长一段时间没有再做进取，而谢安死后，本来稳定的东晋朝廷又开始了内部动荡，更是无力北顾了，淮北，河南的土地又渐渐失陷。
谢安的北伐，充分利用了前秦在淝水之战以后崩溃混乱的机会，取得了极大的进展，不但收复了黄河以南的广大地区，而且深入河北，是祖逖以来的第一次，远远超过了桓温的成就，说明如果东晋朝廷能够下决心支持，再有适当的人选主持，抓住有利时机，北伐是大有可为的。但是这样迅猛的进展，东晋并没有充分的经营新收复的地区，招抚民众，及时恢复生产，再做进取。谢安死后，东晋朝廷再次陷了内乱之中。
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