少帝昭宁元年，董卓占据洛阳以后，将何进、何苗等人的部队并入帐下，同时买通丁原部将吕布，杀死丁原，兼并了丁原的部众，于是兵势转盛(董卓进京之初只有步骑三千多人)。秋九月，董卓两次大会群臣，讨论废立之事，大儒卢植就公开反对，在蔡鬯等人的劝阻下，董卓才没有杀掉他，但卢植也因此遭到罢免。
于是董卓最终废掉了少帝刘辨，改立陈留王刘协为帝，是为汉献帝，改昭宁年号为永汉。后来董卓毒杀了何太后以及废帝刘辨。由于董卓进京，洛阳周围大军驻扎，为了解决财政问题，董卓还废掉了五铢钱，铸小钱，取洛阳和长安的铜人、飞廉、铜马等，鼓炉化铸，造成通货膨胀。
董卓生性残暴专横，朝野上下对其不满的声浪越发高涨，许多人也从洛阳逃了出去，其中包括：曹操，袁绍，袁术等是当世英杰。东郡太守桥瑁假托京师三公写了一封伪造信，移书各州郡，内称：见逼迫，无以自救，企望义兵，解国患难。
桥瑁这封伪造的信，成了关东众诸侯起兵讨伐董卓的导火线。原本畏惧董卓，同时监视袁绍的冀州牧韩馥采纳了治中从事刘子慧的意见，写信给袁绍，谴责董卓的残暴，支持袁绍发兵。在桥瑁的檄文发出之后，山东各州郡纷纷起兵响应，至初平元年正月，正式起兵的有兖州、冀州、豫州、青州以及司州的河内郡等地。这个时候，黄河以北包括冀州和河内郡，讨伐董卓的核心人物是袁绍，兖州方面则是曹操。
义军向西集结兵力，袁绍和河内太守王匡屯兵黄河北岸的河内郡，冀州刺史韩馥负责供应其军粮;兖州刺史刘岱、陈留太守张邈、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信、骁骑校尉曹操屯兵黄河南岸的酸枣;豫州刺史孔伷集结在颍川;青州刺史焦和本来已经率军过河，打算到河内与袁少军汇合，但是却因为黄巾军入境而被拖住。
徐州的广陵太守张超，荆州的长沙太守孙坚等人，因为路途比较远，在之后也加入了讨伐董卓的行列。张超随后进驻酸枣。孙坚率军进入中原以后，杀死南阳太守张咨，后将军袁术于是占据南阳参加讨董。
幽州牧刘虞之子刘和逃出洛阳，到袁术处汇合，刘虞派出数钱骑兵远赴南阳归刘和指挥。奋武将军公孙瓒当时在镇守右北平，派遣其弟公孙越率骑兵一千支援袁术，听其调遣。之前有人认为公孙瓒没有起兵反董卓，是错误的，从刘虞、公孙瓒等人的行为来看，虽然他们本人没有奔赴讨董战场，但是也是支持讨伐董卓的。
山东诸郡突然反叛，董卓大为惊恐，他一面调集军队进行战争总动员，一面打算给自己安排后路，也就是迁都长安。春三月初五，董卓车驾进入长安。迁都完成之后，董卓因为袁绍起兵的缘故，十八日杀太傅袁槐、太仆袁基，袁家一门老幼五十余口，尽遭屠戮。然而，举兵讨伐董卓的山东州郡，大多数部队战斗力并不强，义军只能深沟高垒抵御凉州兵。董卓派中郎将徐荣四下出击，掌握了战争的主动权。
集结在颍川的豫州刺史孔伷的部队很快被徐荣歼灭，支持义军的颍川太守李旻被生擒。董卓下令让徐荣将俘虏的义军士兵全部杀死，手法极其残忍：以布缠裹，倒立于地，施以热膏灌杀之(也就是用布缠裹着俘虏，将他们用滚烫的热油烫死)
中郎将徐荣在颍川获胜以后，挥军北进，进攻河内郡。河内太守王匡率领泰山兵屯于河阳津，徐荣以疑兵正面迷惑王匡，然后派遣主力暗渡小平津，与王匡部战于津北，大破王匡，王匡所部死者略尽。
在北岸取胜以后，徐荣向南岸的兖州诸路义军集结的酸枣大营进发。曹操认为酸枣未必能守住，于是率军向西深入两百多里，打算袭击徐荣的大后方敖仓，随曹操一起出征的是济北相鲍信，张邈部将卫兹等部众。
鲍信当初就劝袁绍乘董卓军初到长安，将士疲敝之际袭击，但是袁绍不敢。之后鲍信回到泰山，扩招军队，此时已有步骑两万七千余人，卫兹曾散尽家财资助曹操征兵，又向张邈请兵三千助阵，加上曹操本部五千余人，参与这次会战的兖州军合计三万五千多人。徐荣发觉到曹操的目的以后立刻掉转马头，双方在荥阳汴渠交战。
徐荣大破兖州兵，卫兹阵亡，鲍信受伤，其弟裨将军鲍韬也阵亡，曹操被流箭射中受伤，坐骑也被射倒，在危难关头，曹洪将自己的战马让给了曹操，曹操不许，曹洪于是说下了“天下可无洪，不可无君!”这句名言。随后曹洪亲自护卫曹操撤离战场。
徐荣大获全胜，但是他发现曹操虽然溃败，但其本部兵马非常善战，于是没有下令穷追。
题外话：这场惨败是曹操起兵以来第一次遭遇的大败，曹洪对曹操的救命之恩，就连后来曹丕继位以后想杀曹洪(因为曹洪吝啬，之前不肯借钱给曹丕)，太后卞夫人都不许。卫兹慷慨资助曹操，在这场仗中阵亡，也令曹操铭记终生，后来卫兹的儿子卫臻受朱越谋反案牵连，曹操只是责怪了他几句，并没有追究他。卫臻后来赐爵关内侯，曹丕代汉以后，卫臻升司空、司徒、封长恒侯，卫臻死后追赠太尉，谥敬侯。
徐荣在汴渠大破兖州军以后，兖州军大营酸枣面临军事压力，好在这个时候，孙坚的军队已经控制了豫州战场，并且开始向司隶发展，董卓急忙将凉州军的主力部队投入南线战场来抵御孙坚，东线的徐荣于是转入守势。
由于之前豫州刺史孔伷已经被徐荣打败，于是此时孙坚也领豫州刺史，任破虏将军。
孙坚在梁东为徐荣所败，之后收合散卒吞阳人，董卓部将东郡太守胡轸督吕布率军进击孙坚，由于胡轸和吕布不合，孙坚出击，大破凉州军，斩杀都督华雄。
阳人大捷之后，有人对袁术说：“坚若得洛，不可复制，此为除狼而得虎也。”袁术生疑，不运军粮，孙坚连夜跑到鲁阳找袁术，画地道：“所以出身不顾，上为国家讨贼，下慰将军家门之私仇。坚与卓非有骨肉之怨也，而将军受僭润之言，还相嫌疑!”袁术理亏，于是立即调发军粮。
孙坚军势强盛，董卓打算拉拢孙坚，遣李傕来和亲，但遭到孙坚拒绝。
在洛阳一带，董卓亲自督战，调动西凉兵集团(包括之前在阳人大败的胡轸、吕布的残兵，从荥阳后撤回来的徐荣军，以及董卓身边宿卫的预备队等)，与孙坚在洛阳城外激战，董卓军战败，退守淹池，孙坚于是乘胜进入洛阳城(由于董卓迁都，所以洛阳此时已经是废墟和残骸满地的空城)
之后孙坚进军函谷关，击退吕布军，进驻新安，逼近淹池。
然而在这个时候，袁绍和袁术由于内斗，袁绍以义军主导行车骑将军的身份，派遣周隅为豫州刺史，乘孙坚收拢兵力西进的机会，攻入孙坚军占领的豫州，占领了大部分郡县，孙坚叹道“同举义兵，将就社稷。今逆贼垂破，而各如此，吾当谁与戮力乎?”
孙坚派一部分兵力(主力还要与董卓军对峙)回击周隅，袁术派公孙越带领本部骑兵支援孙坚;同时为了策应孙坚，袁术率自己的部众攻入扬州九江郡，驱逐九江太守，周隅的兄长九江太守周昂。
虽然孙坚、袁术击败了周隅和周昂等人，但在激战中，公孙越被留箭射中阵亡，公孙瓒悲愤道：“余弟死祸起于绍!”袁绍于是结下了公孙瓒这样一个强敌，公孙瓒后来大起燕代兵，进屯磐河，讨伐袁绍。
初平三年春，孙坚回师进攻趁他北上的时候占据了荆襄一带的刘表，刘表死守襄阳，黄祖从江夏、江陵等地调兵前来援助刘表。孙坚率兵攻打，黄祖败退。但是孙坚在夜间带领少数随从侦察敌营的时候被黄祖的巡哨吕公射杀，寿止三十七岁。而早在孙坚攻击刘表之前，山东诸军已经散去，自相攻伐。声势浩荡的讨董之战虽然在孙坚的活跃下占领了洛阳，进逼淹池，但由于众路诸侯各怀鬼胎，以至于互相攻伐，就此草草了结。后来董卓被王允联合吕布等人刺杀、公孙瓒在界桥之战被袁绍军统帅麹义击败，李傕等人攻陷长安等事，俱是后话!
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