谢方明随同伯父吴兴太守谢邈在家乡会稽郡上，孙恩侵犯会稽，东边各郡都响应，吴兴百姓胡粲、郜骠攻破东迁县，谢方明劝谢邈躲避一下，谢邈不听从。孙恩部队一到，谢邈便被杀了。谢方明逃脱免除祸害。当初谢邈的舅表兄长乐人冯嗣之和北方学士冯翊、仇玄达，都到吴兴投奔谢邈。谢邈把他们安置在本郡学舍，招待很简略。二人都很怨愤，于是和孙恩私通。孙恩曾经冒充冯嗣之的随从人员，半夜到郡城中，看到谢邈手下人员不少，逃跑了，但并没有改变计划。孙恩本来打算在吴兴起事，这里没有成功，于是转到会稽。到郜骠等人进攻吴兴时，冯嗣之、仇玄达都参与其事。刘牢之、谢琰等讨伐孙恩，孙恩逃到海上，冯嗣之等不能一起逃走，于是便聚集一起。谢方明结聚谢邈的门生故吏一百多人，掩袭冯嗣之等，都抓住了，并将他们全部亲手杀死。当时正当饥荒祸乱之后，喜礼和丧礼的仪式都被废弃不用。谢方明全家遇到祸乱，资产全部丧失，但经营安葬事务，竭尽全力，几月之间，安葬事情结束。而这些礼仪在平时候也不会多到哪去。不久以后，孙恩再次攻下会稽郡，谢琰被杀。孙恩通缉谢方明，很急迫。谢方明在上虞用车载着母亲和妹妹逃奔东阳，从黄峤奔鄱阳，送母亲和妹妹回到首都，寄居在国子学校。其中的流落险阻，艰难万分。但谢方明的坚韧独立精神，丝毫不改。
谦虚谨慎元兴元年(402)，桓玄攻克京城，丹阳尹卞范之权倾当时，想把女儿嫁给谢方明，叫尚书吏部郎王腾说服开导他，谢方明最终没有顺从。桓玄听说此事，非常称赞他，马上任命他为著作佐郎，补任司徒王谧的主簿。谢方明的堂兄谢景仁推荐谢方明为高祖刘裕的中兵主簿。谢方明碰到任何事都非常忠心卖力，无所不至。高祖对他说：“很惭愧，我没有给你什么财物赏赐，姑且和你共享豫章国的俸禄。”多次赏赐他，谢方明严肃而恭敬，善于自处，即使在暗室中，也未曾表现出懈惰的仪表。他没有什么特别技能，却天然表现出一副高雅的风度。他的堂兄谢混名重天下，谢方明也不过是在逢年过节的时候过去拜谒一下而已。丹阳尹刘穆之权盖当时，朝廷民间人物都惟恐趋奉不及。而未和刘穆之相结交的只有谢混、谢方明、郗僧施、蔡廓四个人而已。刘穆之相当怨恨他们。谢方明、蔡廓后来拜访他，刘穆之高兴万分，对高祖说：“谢方明可说是名家的千里马，一任职便可当三公宰相，更不用说他还有其他本领。”
管理地方不久，谢方明转任从事中郎，同时当左将军刘道怜的长史。高祖叫道怜把府中杂事都交谢方明决定。随同本府转任中军长史、不久又兼任晋陵太守，再当骠骑长史，南郡国相，对他的委任和当初一样。当年年终，江陵县的狱中犯人，无论罪行大小，谢方明都把他们放回家，叫他们过了正月初三再来。其中重罪的人有二十多名，谢方明的部下各吏无不怀疑而担心。当时晋陵郡送行前主簿弘季盛、徐寿之都随同到西方，复进谏说：“古人虽然也有这种事，也许是书中的夸大之辞。况且当今民心虚伪而刻薄，不能用古人大义来期待他们。”谢方明没有采纳这个建议，一下子便把犯人给放了。犯人及其父兄都惊喜流泪，认为就是死了也没有遗憾。期限一到，犯有重罪的有两人没有返回，方明不允许讨捕。原来其中一人喝醉了未能回来，到了第二天才来。另一个犯人十天还不回来，五官朱千期请见谢方明说要逮捕那个人，谢方明知道朱千期为的是犯人事，叫身边的人谢绝五官朱千期，叫他不需进去，犯人自然会返回。那个犯人在村中踯躅不想回去，乡人们责怪他，一起把他送回郡中监狱，最后没有一个逃跑的。远近的人听说此事，又感叹又佩服。恰遇他的母亲去世，方明于是辞了官职，服丧期满后，又当宋国的台府的尚书吏部郎。宋高祖称帝，谢方明迁任侍中。永初三年(422)出外当丹阳尹，很有能干的名声。再转任会稽太守。江东地区人口繁盛，风俗刻薄，强欺弱，奸猾小吏到处都是。每次上面文书一下，下面便符令逼迫相继。又喜欢株连犯罪的人，一人犯罪，邻人也不放过，以至一村百姓放弃了生活生产，村庄惊动不安，狗叫声日夜不断。谢方明深知政治方法，不按文法办事，无论大事小事，只提纲挈领，大处着眼，小处忽略。州中的文书一到，他马上公布下去，缓和人民交租的期限，让他们能完成任务。郡县中的官吏不能轻易外出，贵族豪绅没有人敢犯规。除去株连法律，判决长期关押的犯人。前前后后的征讨，每次后勤兵力不够他都征发士族，庶族人士，事情完成以后，都叫他们回去。他的部属做了对不起百姓的事，谢方明便叫那人当小吏。官员不贤明、处事昏乱、人事弄得不好的，必然被禁锢，不得升迁。谢方明削减冗员，留下精干官吏，各人明确自己的职责。东边人民到今天还称赞他。他性格非常宽容，记住别人的优点，从未对别人有任何否定，代理前人的事务，不改变其中的方法，有必须更改的，必定以渐近的办法改过来，使无迹可查。
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