跟随秀吉
1568年，于播磨国姬路城出生。1577年：成为了织田信长的人质。1578年，发生荒木村重叛乱，其亲黑田官兵卫被捕，织田信长误以为是官兵卫投靠荒村，本来打算处死黑田长政，后来因为竹中半兵卫游说才解困。之后成为丰臣秀吉征伐中国地方的一员，更以信长的“长”字改名为长政。1582年6月，织田信长在本能寺之变中被明智光秀叛乱杀害，于是与父亲黑田孝高一同仕于羽柴秀吉。跟随秀吉进攻备中高松城，在中国地方与毛利氏战斗(备中高松城之战)。
1583年，参加贱岳之战，胜后获得了河内450石。1584年，小牧山长久手之战期战，于大阪城担当留守职务。其后领地增加2000石。1587年，丰臣秀吉完成九州征伐后，父子其获丰前国中津12万石。
继任家督
1589年，正式继任家督，并担任甲斐守官职。1592年，因为秀吉向朝鲜出兵而渡海(文禄庆长之役)。长政召集5千人军役，以主将的身份率领三番队并与一番队的小西行长和二番队的加藤清正等从另一进路进攻并成为先锋。在釜山登陆后进攻金海、昌原、灵山、昌宁、严风、茂溪津、星州、金山、秋风岭、永同、文义、清州、竹山并于5月7日到达汉城。在5月初旬于汉城的会议中，决定负责黄海道的三番队与负责平安道的一番队一同前往攻略开城追击朝鲜宣祖。在6月15日的大同江之战中救援受到朝鲜军夜袭而陷入苦战的宗义智军势，长政在负伤的情况下仍然奋战并击破朝鲜军。翌日占领败退的朝鲜军放弃的平壤城。在6月下旬从黄海道的制压中撤退，在7月7日攻略海州。在8月初旬于汉城的会议后，为了警戒明朝的援军而把战线缩小并加强固守主要街道，攻击李廷馣守备的延安城，不过失败，以后的战略就从大范围制压黄海道转换成为了对应北方的攻势而守备沿着主要街道的白川城和江阴城。同样是三番队的大友吉统以凤山城和黄州城为据点。文禄2年(1593年)正月，李如松率领的明大军急袭小西行长等守备的平壤城，行长在城池几乎被攻陷的状态下撤退，于是长政把小西军收容在白川城。集中在汉城的日本军在碧蹄馆之战中击破南下的明军，在失去战意的明军和因为兵粮不足而苦恼的日本军之间的战斗开始停滞，但是长政仍然在幸州山城之战中出阵。
在和平交渉进行期间，日本军在4月放弃汉城并前往朝鲜半岛南部布阵。在6月攻略朝鲜南部的据点晋州城(第二次晋州城攻防战)，长政配下的后藤基次争取先阵而大活跃。此后在南部布阵期间的长政则守备机张城。
1596年9月，日明和平交渉结束，由于秀吉在明使谒见时发现双方的外交担当者欺瞒自己，于是停止和议并命令诸将再次出兵。庆长2年(1597年)7月，长政被元均率领的朝鲜水军攻击，之后成功反击并剿灭朝鲜水军(漆川梁海战)，日本军从8月开始主要从全罗道进攻忠清道。长政再度召集5千人军役，属于右军亦攻略黄石山城(黄石山城之战)，在8月于全州与左军合流，跟从在全州的会议各军的进路安排。长政与加藤清正和毛利秀元等形成右军并向忠清道的天安进攻。受到日本军激烈的侵攻，在汉城的明军决定放弃首都，但是杨镐决意抗战到底，被派出的明将解生的军队与长政军在忠清道的稷山爆发遭遇战(稷山之战)，“应炮突起，铁鞭之下，贼不措手，合战未己，贼兵败遁”。——取自《乱中杂记》"“李益乔、刘遇节引兵骤至，并力协攻良久，贼始大败退去”黑田长政 虽然亲自督战，亦败，无奈之下，只得随着败兵一道向木川、清州方向退去。之后毛利秀元率援军来到，明军见倭军势大，遂向水原撤退。长政军重占无人防守的稷山，在汉城中恐战的多数人都从首都逃亡(‘惩毖录’)。在稷山战死的日军有六百多人。关于明军的损失在《万历三大征考》中记录的也很明确：损失二百人。此后，长政与秀元和清正在镇州举行会议，决定经由竹山、尚州、庆山、密阳在梁山筑起倭城以作守备。
对着占领地广阔并准备过冬而布阵的日本军，12月末开始杨镐和麻贵率领的明军进攻已经接近完成的蔚山倭城(第一次蔚山城之战)，在加藤清正苦战的同时，在西部布阵的日本军编成蔚山救援军并击破明军。长政向这支救援军派遣了600人，后来因为如此不积极而遭到秀吉叱责。受到明军攻击的诸将为了整理今后的防卫体制而向秀吉请求放弃蔚山倭城(最东方)、顺天倭城(最西方)、梁山倭城(内陆)三城以缩小战线，但是提案被拒绝。结果，长政被允许放弃梁山倭城，之后到撤退命令发出为止，长政都移阵到龟浦倭城。
1598年8月，在秀吉死去后，开始接近与三成等文治派对立的五大老之一的德川家康，并且迎家康的养女(保科正直的女儿)为正室。
1599年闰3月，前田利家死去后，与福岛正则和加藤清正等武断派一同袭击石田三成。
加封筑前
1600年，关原之战期间，加入了东军，负责对小早川秀秋的内应。对与敌方主要人物石田三成交战，战后被加封于筑前国52万8千石。1601年，福冈城筑城完毕。1603年，担任从四位下筑前守。
1614年，大阪冬之阵，于江户城担任留守职务。1615年，大阪夏之阵出阵，徙属于德川秀忠。
1622年8月4日，先于德川秀忠上洛而进入京都，但是在不久后发病，在京都知恩寺死去。享年56岁。家督由长男忠之继承。
法名是兴云院殿古心道卜大居士。墓所在福冈市博多区千代横岳山崇福寺、京都市北区龙宝山大德寺搭头寺院龙光院、东京都涉谷区广尾瑞泉山祥云寺。
法名：兴云院殿古心道卜大居士。墓所：福冈市博多区千代の横岳山崇福寺。京都市北区龙宝山大徳寺搭头寺院龙光院。东京都涉谷区广尾瑞泉山祥云寺。
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