清原氏是日本平安时代东北地方一个有力氏族，他们是虾夷人但自称是天武天皇皇子舍人亲王后裔。他们曾在前九年之役协助源赖义平定安倍氏，但后因家族内哄在后三年之役被源义家所灭，领地被奥州藤原氏控制。
日本平安朝大姓 清原，清原氏是皇族下赐之姓，所以从血统来说，他们与源氏、平氏、橘氏、在原氏相同。不过与其他三个家族相比，他们远离皇族的血统比较远，源氏大多是初代皇子，平氏和橘氏还有在原氏都是二代王子的，而清原氏则大约有四代才出离皇室。
清原氏继承的是天武天皇的血脉。天武天皇子嗣众多，其中六皇子就是清原氏的老祖宗，即舍人亲王。舍人亲王长寿，所以成为皇室重臣，在藤原不比等死后，他成为右大臣与担任左大臣的长屋王一起成立皇族的朝廷，在这段时间里，太政官是由皇族把持的。不过随着天平元年(729)的长屋王之变，舍人亲王虽然没有受到波及，但是势力已经败给了得到光明皇后支持的藤原氏。舍人亲王生有八子，其中七子大炊王最后即位成为了淳仁天皇，而他的哥哥，也就是舍人亲王的长子三原王，就是后来清原氏的直系先人。清原氏是由两支构成的，即为三原王之子小仓王和石浦王两支。延历23年(804)，小仓王和石浦王上奏朝廷，希望下降臣籍，更好的拱卫皇室，于是桓武天皇下诏，赐姓小仓王和石浦王的后人“清原真人”，于是清原氏就诞生了。不过与其他皇族赐姓之后不同的是，清原氏一开始受赐“清原真人”姓氏的两人，即贞代王和繁野王，繁野升上了高位，但是繁野王流并没有繁荣，反之，贞代王流虽然后世出了几乎清原氏所有的名人，但是贞代王本人只是大监物的官位，并且子孙的官位一直在殿下人和殿上人交接的从五位徘徊。
舍人亲王：(676~735)天武天皇皇子。是《日本书纪》的编纂总裁。在藤原不比等死后，以一品亲王的身份出任右大臣，和侄子左大臣长屋王共同执政。后来失势。由于儿子大炊王后来成为淳仁天皇，所以加封舍人亲王谥号为：崇道尽敬皇帝。三原王：(?~752)舍人亲王之子，也被称作御原王。以王的身份出任弹正尹，后来藤原广嗣之乱时，出任治部卿，之后历任大藏卿、中务卿，最后达到正三位。清原 夏野：(782~837)三原王之孙，小仓王第五王子。赐姓“清原真人”，官位从二位右大臣。平安时代著名皇族学者，政治家，经济家，甚至还有说法他参与了《令义解》。
清原氏初期，并没有出名的人物，以贞代王流来说，大概是这样的情况：贞代王 官位正五位下大监物----清原有雄 官位越前守----清原道雄 官位大学头----清原海雄 官位未知 ----清原房则 官位丰前介可见清原氏在平安初期一直是国司阶级。不过自清原氏从皇族分离出来之后，一直注意文学等修养，所以一向是文学、礼法之大家，但是其官位并不高。可以说是学问大家，但是对政治是无力的。而在平安中期，清原氏出了清少纳言，流传下来了《枕草子》这样的举世名作，由于这样的雅名，导致清原氏在后世的青云。
清原 深养父：(?~?)房则之子，历任内匠允、内藏大允从五位下。平安中期著名歌人、古琴名人。中古三十六歌仙之一。《古今和歌集》存有17首。清原 元辅：(908~990)深养父之孙。历任河内守、肥后守，从五位上。天历五年(951)参加《后撰和歌集》的编纂，被认为是三十六歌仙之一。清 少纳言：(966~1025)元辅之女。据称原名清原诺子。精通汉学、和歌，天元四年(974)嫁给橘则光，后来离婚，再嫁给藤原栋世。后来成为一条天皇中宫藤原定子的女官，在朝中颇有人缘，留下了名作《枕草子》，与紫式部的《源氏物语》并称“日本文学双壁”。
严格的说，清原氏的谱系到这里就完结了，因为在这里谱系发生了混乱。一方面，京都的清原氏成为了没落的贵族，下行到下野、纪伊、丰后诸国，并且分出了出羽清原氏。但是总体来说，京城的清原氏渐渐绝迹。另一方面，日本还有一支氏族获赐了“清原”的氏名，不过他们的姓是“朝臣”，这就是神别家由来的海氏清原氏。所谓神别，就是日本氏族的四大由来。“皇别”、“神别”、“豪族”、“渡来”。皇别就是皇族下赐之姓氏，神别则是在日本神话中，非天皇之祖天照大神一系的其他神明的子孙，豪族就是地方的土豪，渡来则是从朝鲜、中国来的氏族。简单说，在原先的清原氏没落之后，神别的清原氏，便继承了原先清原氏的地位，并且大肆的修改了原先清原氏的谱系，将自己融入了以前的清原氏当中，所以清原氏的血脉很乱，谱系也经过很大的修改，所以很难去研究。
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