爱奥尼亚起义，以及在伊朗、多丽丝、塞浦路斯和加勒比的相关起义，是小亚细亚几个希腊地区反对波斯统治的军事叛乱，持续时间从公元前499年到公元前493年。叛乱的核心是小亚细亚希腊城市对波斯指定统治他们的暴君的不满，以及两个米利西安暴君，组氨酸和阿里斯蒂格勒的个人行为。爱奥尼亚的城市在公元前540年左右被波斯征服，之后被土豪统治，土豪由波斯总督在萨尔迪斯提名。公元前499年，米利都的暴君阿里斯塔戈拉斯与波斯太守阿尔塔费伦联合远征，试图征服纳索斯，以巩固他的地位。这次任务失败了，阿里斯达戈拉斯意识到他即将被推翻为暴君，他选择煽动整个爱奥尼亚反叛波斯国王大流士大帝。
公元前498年，在雅典和埃雷特里亚军队的支持下，爱奥尼亚人继续前进，占领并烧毁了萨尔迪斯。然而，在他们返回爱奥尼亚的途中，波斯军队跟随他们，在以弗所战役中被决定性地击败。这次战役是爱奥尼亚人唯一的进攻行动，他们随后采取了守势。波斯人在公元前497年采取了三管齐下的进攻，目的是收复叛乱的外围地区，但叛乱蔓延到卡里亚意味着达乌苏人统治下的最大军队重新部署到那里。这支军队最初在卡里亚成功作战，但在Pedasus战役中遭到伏击而被歼灭。这导致公元前496年和公元前495年的其余时间陷入僵局。
公元前494年，波斯陆军和海军重新集结，直取米利都叛乱的中心。爱奥尼亚舰队试图从海上保卫米利都，但在萨米安人叛逃后，在莱德战役中被决定性地击败。米利都被围困，被俘，人口被波斯人统治。这一双重失败有效地结束了起义，结果加勒比人向波斯人投降。波斯人在公元前493年减少了西海岸仍然反对他们的城市，最后在爱奥尼亚强加了一个和平解决方案，这被普遍认为是公正和公平的。 爱奥尼亚起义是希腊和波斯帝国之间的第一次重大冲突，也是希腊和波斯战争的第一阶段。尽管小亚细亚已经回到波斯阵营，大流士发誓要惩罚雅典和埃雷特里亚支持起义。此外，希罗多德认为，希腊无数城邦对其帝国的稳定构成持续威胁，因此大流士决定征服整个希腊。公元前492年，希腊的第一次波斯入侵，希腊-波斯战争的下一阶段，作为爱奥尼亚起义的直接结果而开始。
资料来源主要文章:希罗多德实际上，爱奥尼亚起义的唯一主要来源是希腊历史学家希罗多德。希罗多德，被称为“历史之父”，生于公元前484年，小亚细亚的哈利卡纳苏斯(当时波斯人统治)。他写了他的“调查”(希腊文——历史;英国—(历史)大约公元前440 - 430年，试图追溯希腊-波斯战争的起源，这仍然是相对较新的历史(战争最终结束于公元前450年)。希罗多德的方法是完全新颖的，至少从西方社会的角度来看，他似乎发明了我们所知的“历史”。正如荷兰所说:“第一次，一个编年史家把自己定位于追踪冲突的根源，而不是追溯到遥远得难以置信的过去，也不是追溯到某个上帝的异想天开和愿望，也不是追溯到一个民族声称自己掌握了命运，而是追溯到他可以亲自核实的解释。“
后来的一些古代历史学家，尽管追随希罗多德的脚步，批评希罗多德，首先是修昔底德。然而，修昔底德选择希罗多德留下的地方开始他的历史(在塞托斯被围困时)，因此大概认为希罗多德的历史足够准确，不需要重写或更正。普鲁塔克在他的文章《论希罗多德的恶毒》中批评希罗多德，认为希罗多德是“野蛮人”这表明希罗多德实际上可能做了一件不偏不倚的合理工作。希罗多德的负面观点传到文艺复兴时期的欧洲，尽管他仍然被广泛阅读。然而，自19世纪以来，随着民主时代的到来，他的声誉得到了戏剧性的恢复，一些考古发现一再证实了他对事件的看法。现代流行的观点是希罗多德在他的历史上做得很出色，但他的一些具体细节(特别是部队人数和日期)应该受到怀疑。然而，仍有许多历史学家相信希罗多德的叙述有反波斯的偏见，他的许多故事都是为了戏剧性的效果而加以修饰的。
背景在迈锡尼文明崩溃后的黑暗时代，大量希腊人移居小亚细亚并定居在那里。这些定居者来自三个部落群:伊朗人、多里安人和爱奥尼亚人。爱奥尼亚人在丽迪雅和卡里亚沿岸定居，建立了组成爱奥尼亚的十二座城市。这些城市是加利亚的米利都、米乌斯和普里恩;《吕底亚》中的以弗所、跋、列别多、特奥、克拉佐梅纳、弗卡亚和色雷斯;以及萨摩斯岛和希奥斯岛。虽然爱奥尼亚城市彼此独立，但他们承认他们有共同的遗产，有一个共同的庙宇和聚会场所，即Panionion。因此，他们组成了一个“文化联盟”，他们不会接纳其他城市，甚至其他部落爱奥尼亚人。爱奥尼亚的城市一直保持独立，直到公元前560年被著名的吕底亚国王克罗伊斯征服。爱奥尼亚城市当时仍在吕底亚统治之下，直到吕底亚被新生的塞勒斯大帝阿契美尼德帝国征服。
在与利比亚人作战时，赛勒斯曾向爱奥尼亚人发出信息，要求他们反抗利比亚统治，但爱奥尼亚人拒绝这样做。塞勒斯征服莉迪亚之后，爱奥尼亚城市现在提出以同样的条件成为他的臣民，就像他们曾经是克罗伊斯的臣民一样。赛勒斯拒绝了，理由是爱奥尼亚人以前不愿意帮助他。爱奥尼亚人因此做好了自卫的准备，赛勒斯派中位将军哈帕古去征服爱奥尼亚。他第一次进攻阿福卡亚;Phocaeans决定完全放弃他们的城市，流亡到西西里岛，而不是成为波斯臣民(尽管许多人后来返回)。哈帕格斯攻击特奥时，一些泰亚人也选择移居国外，但其余的爱奥尼亚人仍然留在那里，反过来又被征服了。 波斯人发现爱奥尼亚人难以统治。在帝国的其他地方，塞勒斯能够找到优秀的本土群体来帮助他统治他的新臣民——比如犹太祭司。当时希腊城市中没有这样的群体;虽然通常有贵族，但这不可避免地会分裂成相互争斗的派系。波斯人就这样决定在每个爱奥尼亚城市赞助一个暴君，尽管这使他们卷入了爱奥尼亚人的内部冲突。此外，暴君可能会形成一种独立的倾向，必须被取代。暴君自己面临着一项艰巨的任务;他们不得不转移同胞们最大的仇恨，同时支持波斯人。
波斯征服爱奥尼亚约40年后，在波斯第四任国王大流士在位期间，米利西安暴君阿里斯蒂格勒发现自己陷入了这种熟悉的困境。公元前513年，阿里斯蒂格勒的叔叔组氨酸曾陪同大流士参加战役，并在得到奖赏后，要求获得征服的色雷斯领土的一部分。尽管这一点得到了批准，但组态王的野心让大流士的顾问们感到震惊，因此组态王被迫留在苏萨，成为大流士的“皇家陪侍”。阿里斯塔戈拉斯接替了组氨酸，在米利都面临着沸腾的不满情绪。公元前500年，一些纳索斯流亡者接近阿里斯蒂格勒，要求他控制该岛。阿里斯塔戈拉斯看到有机会征服纳索斯，从而加强他在米利都的地位，于是向吕底亚太守阿尔塔费伦提出了一项建议。如果阿尔塔费伦提供军队，阿里斯蒂格勒将征服该岛，从而扩大大流士帝国的边界，然后他会给阿尔塔费伦一份战利品，以支付筹集军队的费用。阿尔塔费伦原则上同意，并请求大流士允许他发起远征。大流士同意了这一点，第二年集结了一支200人的三角部队来攻击纳索斯。
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