雕经
明神宗万历初年，紫柏至大云寺参访云谷禅师，在场的法本法师谈起袁了凡居士慨叹梵夹本大藏经，卷帙重多，不易流传，希望改为方册，俾使藏经得以广为流通，紫柏当下赞同，发愿作刻藏的旗鼓，同时撰“刻藏缘起”，陈说刻藏的利益，鼓励募刻全藏，得到陆光祖、冯梦祯、曾同亨及瞿汝稷等人的热心赞助。
紫柏命道开负责开雕方册藏经事宜，法本协助参与刻藏工作，并于万历十四年，与道开东访僻居东海牢山海印寺的德清大师，德清特由京城回访，二人相见恨晚，畅谈达旦。为刻藏之事，两人曾多次出入京城竭力奔走，当慈圣皇太后得知刻藏之举，本欲发内帑下令诏刻，紫柏却不愿接受，表示“宜令率土沾恩”，言明此事应让全国民众共同出资营办，普沾法益。
方册藏经的开雕，历经多年辛苦筹备，终于在万历十七年创刻于山西五台山妙德庵，以明代北藏为基本，对校明代南藏，由紫柏门人如奇法师等主持。后因山中苦寒，不便刻经工作，再加以地处偏僻，材料运送十分费事，四年后即南移至浙江杭州径山寂照庵续刻，故以“径山藏”(明藏万历版)称之。其后又在嘉兴、金坛等处开刊。门人吴用先修复径山下院化城寺，作为贮存经版之处，并施资刻经数百卷。后因各版皆在嘉兴楞严寺印行，故又名为“嘉兴藏”。
德清
万历二十年，紫柏五十岁，北游房山云居寺，朝礼隋代高僧静琬和尚所刻石经，于石经山雷音洞佛座下得和尚所藏佛舍利三枚。慈圣皇太后得知紫柏已至京城，命近侍陈儒备办斋供，供养僧伽黎。紫柏辞谢道：“自惭贫骨难披紫，施与高人福更增。”太后遂恭请佛陀舍利入宫供养三日，并赐内帑造大石函，将舍利重藏于石窟。
静琬和尚刻石藏经处，像设拥蔽，石经薄蚀，而琬公塔院也早已被寺僧所卖，紫柏于是以太后所施斋银将塔赎回。适巧德清来访，二人便共往石经山礼赞，紫柏请德清为舍利的发现及琬公塔院的复兴，撰写<复涿州石经山琬公塔院记>及<涿州石经山雷音堀舍利记>，紫柏则撰写<房山县天开骨香庵记>。
其后，紫柏与德清两人在都门西郊相对畅谈四十昼夜，共议复修明朝《传灯录》，并相约前往曹溪，复兴法脉。万历二十三年，紫柏在庐山等候德清一同前往曹溪时，却获知德清弘法致难的消息，于是独自先行。紫柏行至京师，才知德清被谪戍雷州，便在江浒之地等待。时值严冬，两人相见于下关旅泊庵，紫柏握着德清的手说：“公不生还，吾不有生日!”并发愿为德清诵《法华经》百遍，祈求佛力加被。
蒙冤
明太祖的佛教政策，对于明朝的佛教发展起了决定性的影响。明太祖规定所有的僧侣分为禅、教、讲三类，除了从事瑜珈事业的教僧之外，禅、讲诸僧只能在丛林中专事于禅修与经教的研习，使得僧侣多被限制于山林之内，断绝了与世俗之间的来往。这应该也是明中叶以前，历史上极少有高僧住世之相关记载的主要原因。
这种严格的僧俗隔绝规定，也是在妖书事件发生时，真可被询以“如何不在山中修行”的主要原因。这种“离群索居”、“经忏佛教”的佛教型态，与明太祖的佛教政策有着极大的关系。明成祖永乐因受僧人的帮助篡夺帝位，一改太祖对佛教严统的态度。成祖对佛教的尊崇，带动了以后各朝的佛教发展。各朝的帝王，几乎都好佛。由于帝王对于佛教的崇信，无论是在藏经的刻印，寺院的兴建，都有很大的帮助。王室支持的态度，对于明末僧人佛教事业的推动有极正面的影响。如紫柏真可与憨山德清在复寺与刻经的事业上，就都得到曾慈圣皇太后的赞助。然而帝王的崇信佛教，对于教团的发展也绝非只是正面的影响。朝廷错误的宗教政策，使得僧团过度的发展，导致僧侣素质的低落，这也是造成明末佛门衰败的最主要原因之一。
万历二十八年，朝廷征收矿税，宦官乘机扰民，南康知府吴宝秀拒不执行征税命令而被逮捕，夫人愤死。紫柏多方调护，授以毘舍浮佛偈予吴宝秀：“假借四大以为身，心本无生因境有;前境若无心亦无，罪福如幻起亦灭。”谆嘱其诵十万颂，当可出狱。紫柏忧心忡忡地感叹道：“老憨不归，则我出世一大负;矿税不止，则我救世一大负;《传灯》未续，则我慧命一大负。”
紫柏慷慨激昂的言论，终于引起朝廷的侧目，门下弟子与德清等人皆力劝他尽速离京。不久，谤言四起，忌者乘机诬陷他滥用公帑，乃朝廷内部倾轧，匿名“妖书”的造作人，紫柏遂蒙冤被捕下狱。
万历三十一年十二月，执政法司定罪论死，紫柏以世法如此，久住何为?即说偈云：“一笑由来别有因，那知大块不容尘。从兹收拾娘生足，铁橛花开不待春。”言毕，端坐安然而逝，世寿六十一，法腊四十一。遗骸浮葬于西郊慈慧寺外，后移龛至浙江余杭径山寂照庵，万历四十四年于开山前文殊台荼毘立塔。
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