三好长庆死后，十六岁的三好义继成为三好家家督，同时继承了从四位下左京大夫的官位及官职、室町幕府管领代兼相伴众等职务。他比长庆接任家督时还年长近四岁，但长庆年幼时有细川持隆担任监护人。义继虽然也有三好三人众和松永久秀，他们却是把他当成夺权工具，其抢手程度就连将军都足利义辉都比不上。
而室町幕府未代管领细川氏纲一五六三年十二月二十日病逝山城淀城。十几年来，管领一职已被早他六个多月过世的长庆彻底矮化，除头衔好听外再也无法吸引竞争者，这也和细川京兆家的凋零有绝对关系。
义兴离奇死亡那年年底，久秀把家督之位让给儿子久通，并受官位从五位下右卫门佐。久通的生年不详，但总该有二十岁左右，所以久通的母亲很可能不是长庆的女儿，若是如此，他就没有三好家的血缘了。
久秀虽让出家督，但仍然牢牢握住权力。共同辅佐义继的三好三人众和久秀皆是恶名昭彰之徒，也是竞争者，却维持了大约一年四个月的合作关系，因为双方有共同的的敌人：剑豪将军足利义辉。
为什么呢?个性强悍的义辉积极亲政、借调停地方大名的冲突提升威望，从景虎、信长等人的上洛证实已发挥明显效果。义辉不像三好义继或细川晴元、氏纲那么容易或甘心受摆布，已多次与久秀和三好三人众意见冲突。面对这么不听话的将军，三人众和久秀都有意让他下台，但在此之前一定得先有人选，三人众和久秀中意的平岛公方足利义维之子义荣。
然而要扶植旁系的义荣，前提是要除掉现任将军义辉和他两个已出家的弟弟，奈良一乘院的觉庆、金阁寺的座主周嵩，以及他们的后嗣。依照足利将军家的惯例，没有机会继位将军的儿子都会送入佛门，成为有势力佛寺的住持，一来避免继承人纷争，再者可引入佛教势力作为将军家的后盾。如果将军本人不幸早逝或没有子嗣，再从这些出家的弟弟当中择一作为养子。
三人众和久秀想必对这个下克上的计划演练过许多次，而且也做足了关系，对朝廷进贡不少奇珍异宝，目的是希望事成之后可以杜绝来自朝廷的责难。万事俱备，一五六五年五月十九日正午时分，三人众和久秀父子总共约两万七千兵力进攻今日中京区二条通堀川的义辉居城二条御所。
义辉身边三百多名卫士很快就被来袭大军吞噬，义辉觉悟今日将死于这批贼人手中，便把所藏刀至于身边杀敌，砍钝了再拿一把，直到所有刀都钝了。尽管义辉是新阴流高手，尽得剑圣上泉伊势守信纲真传，然而面对战场上的残酷杀戮和两万多名敌军，也有油尽灯枯的时候。这位从三位参议左近卫权中将兼征夷大将军切腹而死，年仅三十岁。生母庆寿院殉死。
眼见将军已死，三人众和久秀并不满足，继承斩早除根，来到金阁寺追杀义辉的幼弟周嵩。生年不详、推测年纪当在十五到二十八岁之间的周嵩和身边的小姓逃离金阁寺时，为小姓所杀。尽管觉庆人在奈良兴福寺，久秀依旧率军杀到。
松永久秀当然想一劳永逸，但一乘院是兴福寺的别当，杀害觉庆即代表与兴福寺的僧兵集团为敌。即使一时间可将之击败，但兴福寺就在久秀的领地大和境内，逞一时之快却造成芒刺在背，实在不妥，因此久秀决定暂时将觉庆囚禁于兴福寺。然而久秀再也没有机会杀害觉庆，他和三好三人众很快就因利益起冲突，顾不上觉庆的死活，觉庆因此而幸存。然而比起此刻死去的义辉和周嵩，觉庆日后遭受的苦难多上许多!
义辉不是第一个遭受逆臣下毒手的足利将军。六代将军义教一四四一年就被四职之一的赤松满佑所弑，然而此事件与义教本身强悍刻薄的个性有关。但永禄之变却出于三人众和松永久秀的私欲，这四名完全无视君臣伦理的恶人从此摆脱不掉阴险狡诈、毫无信用等评价。
当时的日本社会，虽然下克上事件频出，但整体而言并不允许以下犯上，加上义辉调停地方大名纷争，长年来多有作为，颇受好评，因此消息一传出，各地方守护无不愤慨，三好三人众和久秀声望大跌，地方出现不稳的迹象。
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