隋朝杀功臣虽不比西汉杀异姓王规模浩大，也不比明朝杀功臣肆意残忍，但不论诛杀数量还是冤屈程度，在历朝历代中也排得上号。
开皇五年(585年)和开皇六年接连发生两起谋反大案，所涉官员都曾是北周的名臣大将，也是隋朝的开国功臣，但在杨坚坐稳皇位后却不受重用，因此怨气满腹。杨坚的解决办法呢?一旦发现谋反的苗头，一律处死。
开皇十七年，桂州发生叛乱，名将虞庆则不愿挂帅出征，杨坚大怒，虞庆则不得不从。班师途中，虞庆则在潭州看到山川形胜，不觉以武将的本能指点何处可以用兵。杨坚本就看虞庆则不顺眼，借此说他谋反，不由分说将他诛杀。
开皇二十年，名将史万岁北征突厥归来，因分功不均而负气求见杨坚，为部下请赏。杨坚正因废立太子之事而不爽，见他大呼小叫，杨素还在一旁添油加醋地说他与太子杨勇交好，遂下令杖打他，一代名将就此殒命。
大将王世积见杨坚猜忌功臣，便纵酒享乐，绝口不言政事，但还是被人诬告谋反，也被处死。
因废立太子之事，朝中连兴大狱，政治一片黑暗。名望颇高的高颎也被迫卷入其中，他本着立储以长的传统原则，坚决反对废杨勇立杨广。杨坚本就觉得高颎功高盖主，见此更生疏远之意，后来借王世积案给他栽上谋反的罪名，将他免官。
高颎免官案是杨坚在位期间搞政治迫害的高潮，朝中格局由此大变—他本欲打造一个绝对顺从的朝臣班子，不料伤根动本，给核心决策圈造成严重打击。自此直至隋亡，决策群体在内政、外交、军事等领域接连翻车，眼睁睁地看着隋朝走向失控，毫无回天之力。
杨广比其父更骄狂。杨素为他上位立下首功，他即位后虽将杨素升为尚书令，但对杨素十分猜忌。杨素也明白他的心思，始终担心哪天大祸临头，一直谨小慎微。后来杨素生病了，杨广遣名医给他诊治，却每天催问医官他会不会病死。杨素心知肚明，不吃药而死。
北方文坛宗师薛道衡早年自恃才高，不接受杨广的招纳。杨广即位后，他又不识时务地写了篇《高祖文皇帝颂》，大肆赞美杨坚。杨广认为他是借夸杨坚来贬低自己，对他怀恨在心。后来薛道衡无意中说：现在朝臣办事不力，如果高颎不死，必不至此。杨广大怒，将薛道衡赐死。
为杨广上位立下大功的御史大夫张衡，也因反对大建宫室而被赐死，更不用说当初坚决反对立他为太子的高颎了。
杨坚与杨广的高压政策使朝野一片恐慌，朝臣对他们只是表面服从，实际早生离心，杨玄感叛乱时，留守洛阳的官宦子弟见势不妙，竟有四十多人投降，就是明证。
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