《儒林外史》版本，按回数分，一共有4种版本的说法：50回本;55回本;60回本;56回本。其中，何为真本，历来各有不同意见，但至20世纪末，专家学者大体厘清原貌，一般认为原著系56回。故2011年版《辞海》“儒林外史”条已直接标明是“五十六回”，并未录他说。各版本情况如下：
第一种，50回本的说法，始自程晋芳《勉行堂文集》卷六的《文木先生传》，谓“《儒林外史》有50卷”，该说流行于道光、咸丰年间，今人仍有人袭其说，但是从来未见50回本存世，该本可谓并不存在。第二种，55回本，最早来自清代金和在群玉斋本《儒林外史》的“跋”，该跋称，吴敬梓的表侄金兆燕作扬州府教授时有刊刻行世的55卷(55回)，且金和还认为第56回“幽榜”(编辑者注：即第五十六回“神宗帝下诏旌贤，刘尚书奉旨承祭”)无意义，是伪作，于是删去;然而金和所称金兆燕时的55回本，却一直不见，只有被他删去“幽榜”的55回本。第三种，60回本，该本只有一种，即增补齐省堂本，最早的是上海鸿宝斋的石印本，后面的4回是居世绅(笔名东武惜红生)所增。
原著56回本，一共有8个本子，现见最早是卧闲草堂刊本，1803(清嘉庆8年)刊印，人民文学出版社曾据此出影印本。另有：注礼阁刊本、艺古堂刊本、潘世恩抄本(编辑者注：学界一般称“潘氏抄本”，现上海图书馆有藏)、群玉斋活字本、申报馆排印本、申报馆巾箱本、齐省堂增订本(编辑者注：齐省堂有56回本与60回本，为区别，前者一般称“56回齐省堂本”)。
今本情况，解放后出版的排印本90%以上都是55回本，是不全的。而以祖本56回卧闲草堂本为底本的刊行出版的有：《儒林外史》张慧剑校注，人民文学出版社1958年版，1978年版，1995年版;《新批〈儒林外史〉》江苏古籍出版社1989年版，此评本以卧闲草堂本作底本，以潘氏抄本等多种刊本为校本和参校本，予以分段、标点，在此基础上重新批评;还有《儒林外史》，中华书局1972年版、2009年版;等。
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