他叛离前燕后的第二年，前燕国灭，当苻坚“徙暐(慕容暐)及其王公已下并鲜卑四万余户于长安”后，慕容垂“收集诸子，对之悲恸”(《晋书》)，慕容垂内心更为强烈的冲突，看到家族落魄、处境凄惨，慕容垂悲从中来。然而令他最为伤心的，应该还是慕容家族建立的帝国的垮塌，那里凝聚着整个家族的心血，是他依依不舍的情结所在。于是，慕容垂开始思考复国的事情。
慕容垂一向得到苻坚的信任，又多次机会慕容垂能够杀掉苻坚，但是慕容垂并没有下手，又尽心侍奉，给苻坚造成一个错觉。慕容垂是个可信之人，慕容垂靠着自己的威望悄悄发展势力，而慕容垂的壮大又引起了苻坚的怀疑。淝水之战，苻坚的大败，已经突显出前秦帝国正在走向灭亡的地步，趁此机会，慕容垂站到了与苻坚对立的方位。
并于386年取得了这场博弈的胜利。太元十一年(386年)正月，慕容垂自立为帝，改元建兴，史称后燕。建立了后燕的慕容垂却未能取得天下，这又是为何?究其原因，主要有这几点。
慕容垂这个人是个民族主义者，和符坚不同，决定了他最终成就远逊于大秦天王，苻坚想要一统天下，对于各个民族采取兼容并包的态度，这是跟慕容垂有很大的区别的，慕容垂崇尚民族主义，甚至都不把同是鲜卑的拓跋放在眼里，在维持家族的荣誉和民族血液的纯正上，他的态度是比较强硬的，因而他始终比苻坚缺少谋取天下的包容之心。
也是因为第一个原因，导致慕容垂注定不能完全接纳汉族幕僚帮自己治国。这就导致了虽然他是个雄才大略的将军打的了天下，但是确没法做好一个制度治好一个国家。后燕的势力和威望全来自于他个人的人格魅力，一旦他死了，这个燕国就基本没戏了，事实上也的确如此。
慕容垂成不了周公，因为他没办法让天下归心，也就没办法完成他的帝业。
后燕建国后，与北魏连年征战，参合陂一役，后燕大军几乎全军覆没，由此也元气大伤。慕容垂再次征魏，走到参合陂时，见到古战场积骸如山，“惭愤欧血，因而寝疾”(《晋书》)，在退兵途中死去。一代燕王怆然死去，其后整个燕国也随着他的逝去而逐渐淡出人们的视线。
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