马里本是尼日尔河支流桑卡拉尼河地区的一个小酋长国，由说曼丁戈语的凯塔氏族所组成，一向臣属于加纳王国，以黄金贸易著称，到11世纪中叶逐渐强大。
据传说：约1235年松迪亚塔在反抗苏苏人入侵过程中，团结曼丁戈人，打败了苏苏国王苏曼古鲁的军队，继加纳王国之后成为西苏丹大帝国。松迪亚塔的统治奠定了马里帝国的基础，其子继位后继续征战，扩大了王国的版图。第 9位国王曼萨·穆萨在位时其版图空前辽阔，进入帝国的黄金时代。
曼萨·穆萨1324～1325年去麦加朝圣，途中大肆挥霍黄金，在伊斯兰世界中留下深刻印象，马里的声名自此远扬西欧。
14世纪30年代后，一些西方世界绘制的地图上出现了马里和曼萨·穆萨的图像。摩洛哥旅行家伊本·巴图塔大约在1352～1353年曾到过马里。据他的记述，当时马里境内秩序井然，商队安全得到充分保证，但内部已开始出现权力之争的迹象。
马里帝国采取神化国王的措施，巩固国王权力，如国王不在人前进食，不同人直接交谈等，但对王位继承没有明确规定，因此常因争夺王位而影响帝国稳定。
1360年后马里发生内乱，此后王位之争层出不穷，国势日趋衰落。
14世纪后，马里帝国先后遭到莫西人和图阿雷格人的袭击和骚扰。其中1433年，廷巴克图被图阿雷格人攻陷。
15世纪上半叶一些原来被马里兼并的地区纷纷独立。
15世纪中叶，马里属国加奥发展成为强大的桑海帝国。
16世纪上半叶，在桑海的袭击和摩洛哥的侵略下，马里的东部疆域不断缩小。此时西方殖民主义者已逐渐由沿海顺塞内加尔河、冈比亚河入侵。西方的贸易，特别是非洲奴隶贸易，引起了马里社会内部矛盾，最终使马里土崩瓦解。
1599年，皇帝曼萨·穆罕默德三世试图收复被摩洛哥占据的迭内，胜利在望之际被部将出卖而失败。
1660年，马里末代皇帝马马杜三世在尼日尔河和巴尼河之间被班巴拉人打败，出走到康加巴，帝国告终(据[前西德]博伊歇尔特《马里》)。
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