顺治的生母，就是有名的庄妃，也就是后来的孝庄太后。她13岁嫁给皇太极，后来住在永福宫，被封为庄妃，所以称她为永福宫庄妃，孝庄是中国历史上有名的贤后，一生培养、辅佐顺治、康熙两代君主，是清初杰出的女政治家。
皇太极登极为天聪汗时，她才14岁。夫君死得太早，刚满30周岁就守寡，是她的不幸;但她的大幸却是儿子做了皇帝，自己则做了皇太后。庄妃本身不是皇后，儿子也不是皇长子，却一口吞下两枚幸福之果——儿子做皇帝和自己当太后。
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在当时，一个30岁的寡妇带一个6岁的儿皇帝实在是不容易，孝庄深知，同摄政王多尔衮搞好关系才是自己最为稳固的靠山。关于孝庄后和多尔衮的关系，历来有种种传闻和猜测，最有名的是“太后下嫁”的公案。
民国初年出版的《清朝野史大观》卷一，有三条专记太后下嫁一事。民国八年署名“古稀老人”编写的《多尔衮轶事》则更记得如同亲闻目睹，说“当时朝廷情势，危于累卵”，“太后时尚年少，美冠后宫，性尤机警，……故宁牺牲一身，以成大业”。而多尔衮本来就好色成性，此时更以陈奏机密为由，出入宫禁。至今仍有人认为所谓“太后下嫁”确有其事，并提出种种理由，但是还没有一条铁证。
顺治为何会与生母屡屡生出嫌隙
认为太后下嫁确有其事提出的理由大致有以下几条：
第一，庄妃下嫁为保全儿子的皇位。这点前面已经讲过，顺治继位是多种政治势力复杂斗争和相互妥协的结果。
第二，兄死弟可娶其嫂是满洲习俗。满洲确实有这样的习俗，但有这样的习俗并不能证明多尔衮就一定娶了他的嫂子。
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第三，称多尔衮为“皇父摄政王”。这是尊称，如同光绪称慈禧为“皇阿玛”一样。如果说，称多尔衮“皇父摄政王”就说明太后下嫁的话，那么叫慈禧“皇阿玛”，恐怕要得出慈禧变性的结论来了。
第四，蒋良骐所辑《东华录》里记载多尔衮“亲到皇宫内院”云云，极有可能是指孝庄与多尔衮相恋的事实。相恋的事可能有，也可能无，但相恋不同于下嫁。
第五，孝庄死后埋在清东陵的昭西陵(在皇太极昭陵西面)。孝庄和康熙都做了解释：太皇太后不愿意惊动太宗的亡灵，而愿意同儿孙在一起。
第六，有人说见过《太后下嫁诏》。历史不能凭某人一说，这根本没有任何证据。
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第七，惟一比较直接的证据是明末张煌言(苍水)的一首七言绝句《建夷宫词》：“上寿觞为合卺尊，慈宁宫里烂盈门。春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”我们做一个分析吧。它的标题叫《建夷宫词》，“建”是建州，“夷”就是夷狄，明显地带有民族偏见。这个时候，张苍水在江南，南明势力和清朝是对立的，所以出在敌人之口，记在异国之文，不能成为历史的证据。而且诗词也不能直接作为历史的证据，因为诗可以夸张，可以比附。
可以说，至今还没有见到一条关于“太后下嫁”的史证。特别是当时作为清朝属国朝鲜的《李朝实录》没有“太后下嫁”颁诏告谕的记载，而像这样的大事，如果有，照例是应当诏谕属国的。
不管下嫁与否，孝庄太后出于母子命运和大清江山的考虑，尽量笼络多尔衮，倒是不用怀疑的。
这样一对相依为命的母子，按理说应当母慈子孝、关系融洽。但事实似乎并非如此。
关于顺治皇帝和母后的关系，《清史稿·后妃传》仅有四句话的记载第一句是“世祖即位，尊为皇太后”，这是例行公事;第二句是“赠太后父寨桑和硕忠亲王，母贤妃”，这也是例行公事;第三句记载：“太后万寿，上制诗三十首以献”，这仍是例行公事;第四句记载：“上承太后训，撰《内则衍义》，并为序以进。”
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仅仅以上四句话、60个字而已。而同一篇传记，记载康熙同他祖母关系的则有715个字。从中透露出顺治同母后的关系并不太协调。可能有的冲突是：
第一，顺治小时候贪玩，母后管教过严，这是家庭中的常理。
第二，顺治的皇后是母后和叔父多尔衮给指定的。小皇后出身蒙古科尔沁贵族，从小娇生惯养，顺治不喜欢。虽然勉强成了亲，但婚后经常发生口角。顺治不顾母后和大臣的反对，强行废掉了皇后。直到顺治病危的时候，被废的小皇后想要见他一面都不行。后来再立一个皇后，顺治还是不喜欢。在皇后问题上母子有矛盾。
第三，顺治喜欢董鄂妃，爱得死去活来。太后干涉，母子又发生矛盾。矛盾最激烈的就是第四个，顺治放着皇帝不做，要出宫做和尚，母后当然坚决反对。第五，母后同多尔衮有着说不清道不明的关系，也让小皇帝心里不愉快。总之，母子之间的关系并不是太好。
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