朱元璋死后，给后人留下了两个谜团，其一是朱元璋准确的死亡时间，其二是死后到底葬在了何处，这两个问题至今仍没有定论。
有关朱元璋的死亡准确时间，有各种说法，一是洪武三十一年(1398年)闰五月初九，一说是闰五月初五，还有说是闰五月初七。就连《明史·惠帝本纪》也是这样记载：“三十一年闰五月太祖崩。”只是说朱元璋是闰五月死的，而哪一天没说。
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至于朱元璋是哪一天死的倒显得不是那么重要，即便不知哪一天，至少还能锁定在闰五月的那几天里面。而朱元璋的下葬地却也扑朔迷离，这让人大为不解。
在南京的民间，广为流传着这样的传说，朱元璋下葬那天出现了“迷魂阵”，就是南京的十三个城门同时出殡。此说法史书有记载，朱国桢的《皇明大政记》称，朱元璋下葬那天“而发引，各门下葬”。
在民间，有钱的大户人家，为了干扰视听，防止有人盗墓，有意隐藏先人埋葬地点，而一个皇帝如此这般，实在令人不解。在元朝，帝王无陵寝，搞搞迷魂阵倒也合乎情理，既然朱元璋生前都为自己找好了地方，选择紫金山阳的地块筑陵，谁不知道他葬在那里，有必要摆迷魂阵，大造假象吗?
原来，在朱元璋下葬后不久，便传出朱元璋不是葬在孝陵，而是独葬在朝天宫，就是今天南京王府大街向南千米右手旁边的朝天宫，具体地点是“世传三清殿下为明祖真葬处”。
在前人的文字中同样可以找出这方面的记载，清代浙东学派代表人物全祖望的《从朝天宫谒孝陵》称：“终阜衣冠是与非，朝天弓箭更传疑。难寻玉匣珠襦地，但见神功圣德碑。开国谅无惭汉祖，嗣孙底是学曹丕。当年可笑山陵使，乱命何人为弼违。”这里说的很清楚了，明孝陵仅是朱元璋的衣冠冢，而真正阴间“睡觉”的地方在“宫”(朝天宫)。
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民间还有一个说法，来验证这个观点。据说当年孝陵内每到夜里就传出一个妇人的哭声，原来这是马皇后的哭声，后来搞了法事才平静下来。马皇后为什么要哭?据说是一人空守一座孤坟，悲伤所致，“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独”，即是这个说法。
清代文人甘熙就不认可这个说法，其所著的《白下琐言》称，朱元璋花了几百万的银子，造了十几年，总不应该为马皇后一个人造的吧。而且朱允炆是很讲孝道的一个仁义皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。
后来又传出，朱元璋不是葬在孝陵，也非朝天宫，而是离开了南京城，选葬在北京的万岁山。后经考证，这是以讹传讹，不可信。
但朱元璋到底是否真的葬在孝陵内，现在并没有学者能说“一定”二字。在明孝陵“申遗”之前，中山陵园管理局曾专门请南京大学等相关的技术、史学家，经数年科学探测、考古，证明明孝陵未曾被盗，完好无损。
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1998年开始，江苏省地震局地震工程研究院的专家在宝城内，采用无损磁测法(GPM技术)，已经明确发现在宝顶地下深处有一个面积达数千平方米的建筑空间，而且还找到了进入这个空间长达百米的通道走向和入口，无疑宝顶下存在的这个巨大建筑空间只能是明孝陵的地宫，而地宫的入口就在明楼东侧十几米处的宝城城墙下面。
但这并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到开挖明孝陵的那一天才能最终揭开。也就是说，朱元璋到底葬在那里，在相当长一段时间内，仍将是一个谜。
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