嘉庆本人碌碌无为，国内农民起义不断。嘉庆元年，川楚陕边境地区爆发了白莲教起义，后波及川、楚、陕、豫、甘等省，历时九载。白莲教起义军在历时九年多的战斗中，占据或攻破州县达二百零四个，抗击了满清政府从十六个省征调来的大批军队，歼灭了大量清军，击毙副将以下将弁四百余名，提镇等一、二品大员二十余名，满清政府耗费军费二亿两，相当于四年的财政收入。这次起义使满清元气大伤，此后满清的统治逐渐走向衰落。
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爱新觉罗·颙琰乾隆五十九年至嘉庆十五年(1794～1810)，东南沿海爆发了蔡牵在福建、浙江、广东沿海聚众反抗满清统治的武装斗争。康熙中叶，满清政府加剧对民众的压榨，迫使东南沿海广大民众下海谋生。乾隆五十九年，福建同安人蔡牵率领福建泉州、漳州一带沿海破产渔民及无业民众，在海上劫商自救，后以闽浙沿海为基地抗清。嘉庆七年(1802)，率船队攻厦门海口的大、小担山，500余众登岸，夺炮13门。清廷命浙江水师提督李长庚赴闽造大舰30艘，铸炮400余门往攻。次年初，蔡牵在浙江普陀海面遭李长庚袭击，败退福建海面，仅余船24艘，处境不利，遂向闽浙总督玉德诈降，又用厚金贿赂闽商更造巨艇，恢复作战能力。
九年夏，移屯台湾海面，集大船80艘，突入福建海面，击杀温州总兵胡振声，焚其战船26艘。清廷命李长庚率闽浙水师往攻，在浙江海面击败蔡牵。十年冬，蔡牵欲取台湾建立据点，聚战船百余艘，先攻占台湾淡水、凤山(今高雄)等地，得当地民众支持，队伍发展至2万余人。蔡牵被推为镇海王，率众包围台湾府城。清廷急调广州将军赛冲阿为钦差大臣赴台督办军务，命李长庚率水师3000渡海入台镇压义军。蔡牵沉舟鹿耳门港，阻滞清军舰船。十一年初，李长庚分路围堵鹿耳门及其附近港口，阻止义军突围。蔡牵趁海潮骤涨、沉舟漂起之际，夺航路突围至闽、浙海面。十二年底，在广东黑水外洋迎战李长庚及福建水师提督张见升，受挫后仅剩大船三艘、小船十余艘。
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清军乘胜追击，并以火攻船挂住蔡牵座船后艄，蔡牵于船尾发炮，击杀李长庚。张见升畏怯，遂退出战斗。蔡牵移师远海休整。清廷命王得禄、邱良功分任福建、浙江提督，合兵围攻。起义军长期作战，伤亡甚重，内部分裂。十四年八月，蔡牵与清军闽浙水师连续交战于浙江渔山外洋，遭清军围击，寡不敌众，发炮自裂座船，与妻小及部众250余人沉海。次年，余部1300人降清。至此，蔡牵起义失败。
嘉庆七年(1802年)七月，广东博罗县陈烂屐四发动上万人参加的反清的天地会起义。嘉庆八年(1803年)闰二月二十日，嘉庆从圆明园返回大内，将进顺贞门，突然有一汉子冲出行刺，嘉庆的随从一百多人一时被惊呆，亏得在场的几个亲王卖命格斗，才将刺客擒住。原来，他叫陈德，是个平民，因贫困无告，愤恨满清统治的压榨，才舍身潜入皇宫，准备刺杀皇帝。事后，陈德一家被残杀。
嘉庆十八年九月，爆发了北京天理教首领林清起义，攻入皇宫。天理教又名八卦教，是白莲教的一个支派，传布于河北、山东、山西、河南各地，按八卦分为八区组织教徒。河南滑县李文成和北京林清是主要教首。预定在嘉庆十八年九月十五日(阴历)八方同时起义。但因李文成行动暴露，被捕入狱。滑县群众遂提前于九月七日(阴历)起义，救出李文成，占据滑县城。李文成自称“大明天顺李真主”。林清则按期起义，在京南黄村组织武装，以200人潜入城内，在入教太监刘进亨引导下，分由东华、西化门攻进清宫。
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其时嘉庆帝正在热河围猎，宫中惊慌万状。皇次子(上日下文)宁调来火器营、健锐营兵入宫，战于隆宗上外。义军寡不敌众，退出皇宫。10月16日，林清在黄村被捕牺牲。李文成军在夺取滑县后，又占领道口镇等地。清廷调杨遇春、杨芳率军镇压。12月17日，李文成在司寨(今辉县地)兵败，自焚而死。1814年1月4 日，清军攻陷滑县，李文成妻张氏在击杀数十人后，关门自缢。起义最后失败。这次起义，因为林清攻入紫禁城，震撼极大。嘉庆帝承认：此乃“汉、唐、宋、明之所未有”，“从来未有事，竟出大清朝!”
天理教起义之后，昏庸的嘉庆不思减轻对人民的压榨剥削，反而荒唐的认为是皇宫里的树木坏了风水，于是下令将宫内树木全部伐掉。后代皇帝从祖训，也不重新种植树木，致使今日故宫古树罕见。
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