1268年，忽必烈第二次要求日本臣服的国书由朝鲜递交给日本九州镇西奉行。日本政权此时为北条时政所掌控。日本认为蒙古的国书中言辞相比历代中国国书极为无礼，拒绝了蒙古的要求。在外交失败后，忽必烈已经于五月和十月两次要求高丽进行对日战争准备。
然而此时高丽武人林衍杀死了投降蒙古的金俊，继续在江华岛与蒙古为敌，加之忽必烈将重心转移至南宋，使得此次的战争准备不了了之。虽说军事准备不了了之，然而各方使节的活动并没有停止。蒙古至元六年(1269年)二月和六月，蒙古继续第三、第四次对日派遣使节。随后朝鲜三别抄迁移珍岛抵抗。1271年中，蒙古、高丽联军攻打珍岛，三别抄寡不敌众，珍岛失守。三别抄残部退至耽罗(今济州岛)继续顽抗，并派遣使节向日本幕府通告蒙古军队的攻日准备工作，还请求与日本政府联合抵抗蒙古军。三别抄的使节到达不久，蒙古的第五次使节团也抵达日本，同时而来的还有严厉的战争威胁。
蒙古使节的战争威胁，与三别抄的预警消息相结合，让日本人明白这次蒙古人真的要打过来了。不过，日本对三别抄的结盟请求采取了日本传统的”默杀”(即不予回应，默然无视)。随后日本的使节团，跟着元人到了大都。
日本的使节团沿着朝鲜半岛，进入元朝首都大都(1271年忽必烈称帝，国号元)。日本使者沿途看到在高丽金州所驻扎的庞大元朝船队和军队。本就想侦查元朝企图的日本人却得到了元朝的安慰，说那是针对三别抄的，只要日本不插手，就没有你们的事。
元至元九年(1272年)四月，日本使节回国。元至元十年三月，第六次，也就是最后一次元朝使节抵达日本。四月，蒙古、高丽联合军，乘坐军舰一百六十只，军队一万二千人，攻破济州岛，三别抄残部除极少数人逃至琉球外，其余全军覆没。同年，南宋襄阳城失守，南宋国门洞开，主力尽失，已无继续抵抗能力。至此，元朝远征日本的一切障碍都已经不复存在了。
长期去往日本的元朝使节赵良弼，这样告诉元世祖忽必烈：“臣居日本岁余、睹其民俗、狠勇嗜杀、不知有父子之亲、上下之礼。其地多山水、无耕桑之利、得其人不可役、得其地不加富。况舟师渡海、海风无期、祸害莫测。是谓以有用之民力、填无穷之巨壑也、臣谓勿击便。”他的意思是，自己在日本居住了一年多，看过日本的风俗习惯，居民好勇斗狠，喜欢用武力解决争端，不孝敬父母，没有上下尊卑的观念。而且日本国内多山地河川，少有平原耕地，就算打下来了，隔着大海，也没法役使当地人，得到了土地也不能创造多少财富。而且军队渡过海洋，不知道风浪什么时候就会出现，有很大的危害。跨海远征日本，就等于将本可以用在其他地方的力量，去填无底洞。性价比太低，不如不打。
赵良弼这样说是有其原因的。当时赵良弼身为正式使节，日本方却不肯让其直接进入本家首都，留置在九州太宰府。按通行国际惯例，这种行为本身是相当无礼的。元至元八年(1271年)九月十九日，赵良弼率团(第五次外交团)到达日本。但其实之前的九月十三日，日本京都就已经在讨论朝鲜残余抵抗势力三别抄的要求了。虽然日本“默杀”了三别抄的请求，但幕府其实已经开始进行蒙古来袭的战争准备了。当时，执政北条时宗命令东国御家人在九州一带镇压恶党，即不服从幕府方的地方武装势力。完成战场准备之后，元至元九年(1272年)，北条时宗设置了“异国警固番役”，以蒙古军队入侵为前提，在筑前、肥前两国以及博多港可登陆的要害地区，调集军队进行军事戒备，由镇西奉行少贰资能、大友赖泰两人为总指挥。
『肥后小代文书』关东御教书「(上包)「北条相模守时宗 北条左京大夫政村」蒙古人可袭来之由、有其闻之间、所差遣御家人等于镇西也、早速自身下向肥后国所领、相伴守护人(名越时章)、且令致异国之防御、且可镇领内之悪党者、依仰执达如件、文永八年九月十三日 相模守(北条时宗)(花押)左京権大夫(北条政村)(花押) 小代右卫门尉(重俊)子息等」
赵良弼在九州长期滞留，对日方这些戒备肯定有相当了解。而其作为第六次元朝使节前去日本的元至元十年(1273年)，日本渡海禅僧桂堂琼林从南宋回国。前文所提到的杭州径山寺主持虚舟便是其在南宋的师傅。回国前，虚舟将自己的法衣、顶相(宋元之际佛教流行的祖师画像)赠予琼林。南宋是蒙古的敌国，在南宋首都临安府(即今浙江杭州)附近学习的琼林，不可避免的受到宋人对蒙古态度的影响。蒙古人当时的残暴虐杀行为，也是受到佛教禅宗思想所抵制的。琼林归国后作为南宋方的代言人，对幕府方游说，进行反元活动。赵良弼在这种敌对氛围中进行具有蒙古特色的高压外交行为，结果也可想而知。
这是崇福寺主持南浦绍明写给赵良弼的诗。由前文所交代的，崇福寺本身就有很深的南宋禅宗背景，南浦绍明本身也是南宋留学回来的僧侣。赵良弼在大宰府滞留期间，经常与南浦绍明进行诗歌唱合。因此，软硬兼施之下，在当时襄阳还未曾失守，三别抄还在顽抗的背景下，高丽残党三别抄、日本、南宋之间在元朝使节面前的互动，使得赵良弼对忽必烈做出那样的回答，也就不足为奇了。赵良弼的“有用之民力”，在其当时的背景看来，是针对南宋和高丽抵抗组织三别抄的，忽必烈当时也采纳了他的意见。
但在三别抄和南宋相继败亡后，“日本民风剽悍、路途遥远，风险极大”的描述，却成为忽必烈决定东征日本的重要诱因。忽必烈的想法是：借着东征日本，把高丽剩余的武人们送去消耗掉，并且在征发船只的时候，还能顺便压榨一下高丽的国力，可谓一举三得。
元至元十一年 (1274年)，元世祖忽必烈下令开始东征日本。蒙古的第一次东征，日本人所谓的“文永之役”爆发了。
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