腓特烈二世的父亲是神圣罗马帝国皇帝亨利六世，母亲为西西里的康斯坦萨(由诺曼人统治的西西里王国唯一的女继承人)。他出生于意大利安科纳边防区(马克)的耶西(Jesi Mark Ancona)，是亨利六世夫妇唯一的孩子。
腓特烈二世异常注重皇帝的威严，留下了大量以罗马皇帝为造型的雕塑，让现代人能猜测他的容貌。在他年轻的时候他的容貌相当地清秀富丽，看上去个性很沉静。但随着年龄地增长，他越来越清瘦，表情越来越严厉，在他老年的雕塑中人们看到的是一位脸色阴沉的帝王，皱着双眉，似乎对整个世界都充满不满和怨恨。
虽是被逐出教门的皇帝，但利用外交手段指导第六次十字军，毫无死伤地进入圣地耶路撒冷，被称为"王座上第一个近代人"(The First modern ruler)的知识份子。
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