(1194年12月26日-1250年12月13日)腓特烈二世的父亲是神圣罗马帝国皇帝亨利六世，母亲为西西里的康斯坦萨(由诺曼人统治的西西里王国唯一的女继承人)。他出生于意大利安科纳边防区(马克)的耶西(Jesi Mark Ancona)，是亨利六世夫妇唯一的孩子。

　　腓特烈二世异常注重皇帝的威严，留下了大量以罗马皇帝为造型的雕塑，让现代人能猜测他的容貌。在他年轻的时候他的容貌相当地清秀富丽，看上去个性很沉静。但随着年龄地增长，他越来越清瘦，表情越来越严厉，在他老年的雕塑中人们看到的是一位脸色阴沉的帝王，皱着双眉，似乎对整个世界都充满不满和怨恨。

　　虽是被逐出教门的皇帝，但利用外交手段指导第六次十字军，毫无死伤地进入圣地耶路撒冷，被称为"王座上第一个近代人"(The First modern ruler)的知识份子。

　　关于康斯坦丝皇后的故事薄伽丘在《名女传》里记载了这样一个传说，有预言称她的婚姻将毁灭西西里，所以威廉二世强迫童年的她发誓永远守住处女之身，发誓不婚。她就这样在修道院里一直呆到三十多岁，在中世纪的人看来她已经是个老太婆了，所以也就慢慢淡忘了一个不幸的预言，但是她还是在34岁的时候嫁给了年轻的亨利，即后来的皇帝亨利六世。

　　康斯坦丝皇后在婚后一直没有孩子，直到40岁才令人吃惊地怀上了孩子，有些不怀好意的人宣称一个屠夫的儿子将被调换成皇子，这对靠血缘世袭的西西里王室而言是十分危险的流言。1194年12月26日皇后在赶往西西里(皇帝已经于圣诞节加冕成为西西里国王)的途中感到了分娩的阵痛，她在耶西的市集上搭起了帐篷，为了维护孩子正统的继承权力，她允许镇上的女公民观看皇后的分娩，并把赤裸的正滴着乳汁的胸脯给众人看。

　　在与父亨利六世唯一一次见面--施洗中，被赋予FEDERICO RUGGERO的名称:意寓将继承祖父红胡子(FEDERICO I)和外公罗杰二世(RUGGERO)的名字以及他们的丰功伟绩，成为西西里与日尔曼两地之王。

　　腓特烈二世父母的婚姻使他自然成为西西里的继承人。而德意志的王冠他也在例行的"选举"中得到。亨利六世让诸侯在1196年12月选举年幼的腓特烈为德国国王，但同时皇帝企图实现的皇位世袭制度却因教廷的强烈反对而失败了。但当亨利六世患疟疾突然去世时(1197年9月28日)，腓特烈二世还是个孩子，皇帝的遗嘱(有可能是伪造的)为他规划了"理想的未来"。以帝国对教廷的让步保证腓特烈二世得到巨大的帝国。然而皇帝一死，托孤大臣安魏勒的马克瓦尔特就被康斯坦丝皇太后赶出了西西里。

　　在康斯坦丝皇太后授意下，年幼的腓特烈二世放弃了德国的王位，她让自己的儿子于1198年5月17日加冕为西西里国王。在丈夫去世一年后，44岁的康斯坦丝太后也走到生命的尽头，她于1198年9月27日去世，她在去世前请求强大的教皇英诺森三世保护这个年幼的国王。因而这位年轻的国王是在教皇的监护下成长起来的，被称做"神父哺育的国王"，德国人则喜欢称他为"阿普利亚的孩子"。

　　当然作为帝国的敌人，英诺森三世并没有成为这个可怜皇室遗孤的负责的监护人，幼年的腓特烈二世是在不受重视甚至是歧视和虐待中度过的，他在西西里的首府巴勒莫度过了整个童年，在一个充满阴谋和冷漠的宫廷中，这个儿童虽然戴着王冠其实却是个时时被监视的囚徒。有传说，6岁的他穿着国王的华服用尖利的手指甲不停地划破绸衣和自己幼嫩的皮肤。没有人关心他，有时候连吃饭都成为问题，这个孩子在巴勒莫的街头流浪，依靠富有爱心支持皇帝的家庭的接济。这样的童年是个皇帝不可想象的，但正是这样悲惨坎坷的童年的经历影响了腓特烈二世的一生。他待人平等，可以同马夫平等地交谈问题，他只相信自己，极端地自我，相当地世故。他见多识广，对知识孜孜不倦也是从他童年在市井间的生活开始的。(然不尽实，教宗有派遣一系列的教会人士，对腓特烈生活，教育进行相当程度上的监护)

　　在他15岁的时候，他的监护人英诺森三世终于做了一件重大的事情，让他结了婚。为他选了一位新娘，比年轻的国王至少大10岁还是个寡妇，阿拉贡的公主康斯坦丝。

　　1211年，因为奥托四世的不受控制，英诺森三世提议腓特烈为日尔曼国王，而他的婴儿长子亨利加冕为西西里国王，妻子为王国摄政。于是乎腓特烈踏上前往日尔曼的道路。3月，自巴勒莫出发，于复活节夕到达罗马，与英诺森三世会面--这也是两者唯一的一次会面。腓特烈宣誓效忠教宗。随后通过热那亚，于7月到达康斯坦茨，并在之后3个月与法国不久后的国王路易八世签订共同对抗奥托四世。1213年7月12日，在教宗的黄金训令中，承托了神圣罗马帝国与西西里王国的分离，放弃日尔曼在意大利半岛的一切权力，并承诺进行第四次十字军东征。教皇满意地认为，他已经完全控制了腓特烈二世。1214年，奥托四世在鲍文思战役中惨败，这使得腓特烈二世确保了神圣罗马帝国的皇位。

　　腓特烈二世与教皇国的矛盾已经根深蒂固。1234年，教皇支持腓特烈二世的儿子德意志国王亨利七世反对自己的父亲。腓特烈二世很快扑灭了叛乱，他废除了儿子的王位，并把他终身监禁在意大利的监狱里(1235年)。他在意大利有一个有力的支持者:维罗纳长官埃泽利诺三世·达·罗马诺。在后者支持下，他对意大利南方的反皇帝城市联盟进行征讨(1236年)。1237年，腓特烈二世在科尔泰努瓦大败圣泽诺内联盟。1241年他袭击了热那亚的舰队，俘虏了两名正准备参加教皇召开的，谴责腓特烈二世的会议的红衣主教。

　　新任教皇英诺森四世表现出一种比格列高利九世还要严厉的态度。1245年，他在法国的里昂对腓特烈二世处以绝罚(他选择里昂是为了避开皇帝的直接军事威胁)。腓特烈二世面临着严峻的形势:教皇的制裁损害了他的声望，在那个人民笃信基督教的时代，君主被开除教籍是极其危险的，以前就有不少这方面的例子。更严重的是，德意志的诸侯开始与意大利城市联合反对他，这些诸侯一直是困扰每一代皇帝的威胁力量。1246年，图林根公爵亨利在教皇与诸侯支持下当选为敌对国王。在种种困难之下，腓特烈二世在弗萨尔塔战役中被意大利同盟打败，他的儿子被俘。

　　去世

　　腓特烈二世一直未能找到反对英诺森四世的可靠同盟。1250年12月，他在一次行猎中突然病倒了，可能是中风。当然也有流言说是被自己的儿子曼弗雷德杀死。1250年12月13日(恶魔之夜)腓特烈二世死在了弗奥伦蒂诺城堡，享年56岁。迷信的皇帝曾听到过请他小心带"花"的地名，所以他一生都小心地踏足佛罗伦萨，但是命运却安排他在"百花之宫"(弗奥伦蒂诺城堡)结束了他传奇性的人生。

　　他的死被隐瞒了一段时间，最后他被葬在巴勒莫大教堂的地下室内，他父母的身旁。入葬的时候他身上穿着重罪者忏悔的麻袋衣而不是皇帝华丽的寿衣，他的遗体外还按照阿拉伯的习俗裹上大幅的丝绸布，上面绣着一句箴言:"统治世界的"。这件悔过的麻袋衣今日仍然在皇帝遗体的身上，不过这位在生前把世界搅乱的皇帝已经变成了一堆红棕色的枯骨，即将化为灰尘。就像他所有的爱和恨。

　　他活着的时候为意大利而生，忘却了自己的父亲的国家德意志，他爱说自己是"西西里国王"，一生只有一次称自己为"罗马人之王"(即德意志国王)。

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