王朝源流
王朝的历史非常琐碎，与该王朝同时代的文献，如贾马尔·卡尔希(Jamal Qarshī)引用的11世纪《喀什噶尔史》，佚名撰《博格拉汗传》(Tazkirat Bughrahan)中有些片断讲到该王朝，但这些记载带有明显的传说色彩，或具有追述往事的宗教咏史诗的性质。
按回鹘语直译，“喀喇”本意为“黑色”“汗”即“可汗”，是古代漠北少数民族政权最高首领(君主、大王)的专称;宋代汉文史料就曾将“喀喇汗”一词半音半义译为“黑汗”或“黑韩”王朝，其实不妥。“喀喇”一词一旦引申为某种抽象理念时，就将被赋予伟大、广阔、最高、强有力等最具褒奖溢美的含义(如喀喇昆仑山，就从未译作“黑昆仑山”)。这无疑是中原汉民族文化影响的结果。古代汉民族曾将自然方位与颜色相联系，提出东苍、南赤、西白、北玄之说，“玄”就是黑色。古代天文学中北方七大星宿与道教中掌管北方之神都被称作“玄武”。与汉文化发源地黄河流域接近的我国北方草原各部族，很早就接受了这种观念，同时又有发展，以自己所居的北方为最尊，故而对黑色也就最崇拜，他们使用的黑色战旗与服饰就是这种崇拜的反映。崇拜之余，就理所当然地要为“黑”这一单纯的颜色概念赋予最高尚美好的新含义。这无疑也是民族自尊和自信的一种表现。该王朝以“喀喇汗”命名，主要是源于大量出土的王朝古币铭文上屡屡出现这一词汇，才由近代史学界予以统一命名的。其实当时的外文史料多称之为“可汗王朝”、“汗朝”、“伊利可汗朝”，波斯史料中甚至以吐兰——突厥英雄的名字称之为“阿弗拉西亚勃王朝”等等，但还是以称为“喀喇汗王朝”最有说服力。
近年，利用钱币铭文研究汗朝政治史，对汗朝世系和诸汗在位年代多有补正。但是，诸汗名字、称号时时添减变换，因而难于排列出明晰的、确切的世系，喀喇汗皇室的起源问题也未解决。当前，学界有起源于样磨(Yaghma)(公驼是样磨部落的图腾，同时该部占有喀什噶尔与纳伦河)、葛逻禄(qarluq)、炽俟(Chigil)、葛逻禄-样磨等说。
诸说各有一定道理，亦可以互相补充。近年来，葛逻禄说较占优势，因为喀喇汗王朝初期版图原来主要是三姓葛逻禄的活动区域，而且喀喇汗王朝主力军是由三姓葛逻禄之一的炽俟构成的。
但是，在9世纪上半期喀喇汗王朝建立前夕，九姓回鹘(古维吾尔族uyghur)近支样磨部已迁入葛逻禄驻牧的部分地区，特别是占有了喀喇汗王朝的重要中心之一，后来东部喀喇汗王朝的首都喀什噶尔。而且文献中也有样磨帝号为博格拉汗(公驼汗，此为喀喇汗的诸称号之一)的记载，所以皇族出自样磨说也不无根据。
另一方面，西奔的回鹘十五族(即托库兹奥古兹tokkuz oguz 意思是九个奥古孜 是 古代维吾尔族的九个部落)也溶入喀喇汗王朝。《突厥语大词典》的作者马赫穆德·喀什噶里即出身于喀喇汗王朝的皇室，但据他称喀喇汗的皇室是阿弗剌昔牙卜的后人。并在其书中指出，回鹘人在高昌一带(唐西州治下，即高昌回鹘)生活，信仰佛教，并收录有当时的诗歌，提到回鹘人时说他们是凶恶的异教徒。但对于回鹘与喀什噶尔的喀喇汗王朝之间的关系并无只言片语的记载。
建国
王朝的建立时间至今仍然不清楚，大致是在公元九世纪中叶前后。
传说开国者是萨图克·博格拉汗之祖毗伽阙·卡迪尔汗。有人认为，这是回鹘汗国(orhun uyghur hanliki)(840年)灭亡后，庞特勤率领部落向西投奔葛逻禄后即可汗位的名称。
他建牙帐于楚河上游的巴拉沙衮，号称虎思斡耳朵(今吉尔吉斯斯坦共和国楚河州托克马克境内的布拉纳城)。喀喇汗王朝早期领土仅限于七河地区，以后又归并了伊犁河谷、费尔干纳和喀什噶尔地区。
伊斯兰教立国
王朝建立之初并非伊斯兰国家，与突厥汗国、回鹘汗国等游牧汗国类似，他们最初是萨满教教徒与拜火教教徒，也有一些摩尼教徒与佛教徒。第一位改宗伊斯兰教的大汗是第三任大汗萨图克·博格拉汗。
毗伽阙·卡迪尔汗去世后，长子巴兹尔继承汗位，为阿尔斯兰汗，治巴拉沙衮;次子奥尔古恰克称博格拉汗(卡迪尔汗)，治恒逻斯(今哈萨克斯坦江布尔)。奥古尔恰克时期，同波斯萨曼王朝展开过激烈的斗争。公元893年，萨曼皇帝伊斯玛仪·本·马赫穆德攻破恒逻斯，奥古尔恰克的1万名战士阵亡，他的妻子和1.5万人被俘。奥古尔恰克被迫迁都喀什噶尔，继续同萨曼王朝进行斗争。奥古尔恰克曾经按操突厥语族语言的各游牧部落的传统，在其兄巴兹尔死后续娶他的妻子，并收留了兄长的儿子，此人就是后来著名的萨图克·博格拉汗。
为了和萨曼王朝斗争，奥古尔恰克庇护从河中地区出逃的一位王子纳赛尔·萨曼尼，让他住在阿图什。萨图克在此人的劝导下，皈依伊斯兰教，秘密发展自己的力量。巴兹尔去世没有传位于其子，而传位于其弟奥尔古恰克。奥尔古恰不欲帝位按传统传给侄子也就是巴兹尔之子萨图克。因此，萨图克在河中地区伊斯兰教圣战者的支持下，打败并杀死其叔父奥古尔恰克，夺取了政权，称博格拉汗。不久，他在穆斯林信徒的支持下，从萨曼王朝手中夺回恒逻斯，随后攻占巴拉沙衮，基本确立了对塔里木盆地西部、费尔干纳地区和七河流域的统治。
受萨曼王朝穆斯林的影响，萨图克早年就归信了伊斯兰教，成为一位虔诚的穆斯林。并且在其影响下，属下信教一些王室成员也改宗伊斯兰教。由于改宗伊斯兰教，萨图克得到了汗国西部穆斯林及本国穆斯林的支持，实力大增，因此引起与叔叔奥尔古恰克的警惕。
随着实力的增加，萨图克也有了夺回帝国的野心。公元915年，在自己经营多年的古拉姆近卫军，以及萨曼王朝穆斯林的援助下，他以武力从信仰萨满教的叔父手中夺取了政权。夺位之后，萨图克自称苏丹·萨图克·博格拉汗，宣布伊斯兰教为国教，在国内推行伊斯兰教。并且按波斯伊斯兰国家模式建立了伊斯兰教法统治，创建官僚队伍与管理机构，设立宗教法庭，宗教领袖在国家政治生活中享有重要地位，宗教学者队伍日益扩大，寺院经济大量发展。
萨图克去世后，其子穆萨(巴依塔什)继位，称阿尔斯兰汗，驻喀什噶尔。萨图克的次子、木萨的弟弟苏莱曼治巴拉沙衮。在苏菲派教士的帮助下，穆萨实现了王朝的伊斯兰化。公元960年，穆萨宣布伊斯兰教为国教，20万帐突厥人入教。从此正式开始了第一个突厥语民族伊斯兰王朝的历史。
穆萨统治时期，继续大力推行伊斯兰教法统治，在王朝各地普遍设立宗教法庭，建立清真寺、经文学校和麻扎，今喀什皇家经学院的遗址还为当地人所共知。
对外扩张
萨图克·博格拉汗夺位之后，立即采取了几项措施，第一，放弃传统的贵族世袭官制，采用军功授官方法;第二，取消将王朝领土作为家族财产分封的做法;第三，废除由旧贵族主导的地方政治，改为由大汗派出的机构与官僚，由汗室与中央统一管理。但却为驻巴拉沙衮的顽固派贵族所反对。萨图克即对顽固派用兵，打败了顽固派贵族集团，一统王朝。
在统一内部之后，即把矛头针对境外。第一个便是西部的萨曼王朝(819～999)。之前在奥尔古恰克时期，萨曼王朝于893年夺取了喀喇汗王朝的重镇怛罗斯，迫使奥尔古恰克将政治中心迁至喀什噶尔。萨图克出兵萨曼王朝，一举收复怛罗斯。喀喇汗王朝并没有停止对萨曼王朝的用兵，但由于此时的萨曼王朝十分强大，所以喀喇汗王朝没有取得更大的战果。
十世纪末，萨图克·博格拉汗之孙哈仑·博格拉汗驻八剌沙衮，阿里·阿尔斯兰汗驻喀什噶尔，此时的喀喇汗王朝经过几十年的经营，实力大为增强，而萨曼王朝由于统治阶级争权夺利而逐渐趋于削弱，在这种有利条件下，阿里·阿尔斯兰汗与哈仑·博格拉汗率领15万大军进军河中地区，喀喇汗军队所向披靡，于992年攻陷其都城布哈拉。不久。博格拉汗·哈桑身染重病，锡尔河下游的土克曼人也向喀喇汗王朝的军队进攻，于是他决定撤军，死于返回巴拉沙衮的途中。喀喇汗王朝的乌兹干统治者阿尔斯兰伊利克(狮子王)纳赛尔(阿尔斯兰汗阿里之子)继续博格拉汗·哈桑征服河中地区的事业。999年，他联合今阿富汗境内的另一突厥王朝——加兹尼王朝(962～1186)的君主马赫穆德共灭萨曼王朝，俘虏皇帝马利克二世，从此喀喇汗王朝据有阿姆河以北中亚地区。纳赛尔在布哈拉留置总督后，也返回自己的封地首府乌兹干。
此外，他也以圣战为名，开始对东方的于阗王国发起了圣战。于阗王国位于汗国的东部，是当时一个较为强大的佛教国家。喀喇汗王朝对于阗用兵，以圣战为号召，得到了西亚穆斯林的大力支援。而于阗王国除了得到高昌回鹘、归义军、甘州回鹘等的支援外，基本上处于孤立地位。
虽然得到支援，但是王朝对于阗的用兵并不十分顺利。战争初期，于阗方面占据优势，双方在今喀什、英吉沙、莎车三地之间展开激战。970年前不久，于阗王尉迟输罗(Vi?a Sura，即李从德)率军进占喀什噶尔地区的数座城池，取得大胜，战利品中除妇孺金帛外，还有大象等战利品，并且在993年、998年，于阗军趁喀喇汗军队主力进攻波斯的机会，大举围攻喀什噶尔。虽然这两场战役最终以于阗军惨败告终，但他们于998年在英吉沙附近击毙了阿里·阿尔斯兰汗。在消灭萨曼王朝之后，喀喇汗王朝对于阗的用兵坚持不懈，公元999年，来自布哈拉的四位伊玛目，率领从加兹尼、巴格达、花拉子模等地招募而来的志愿军，配合优素福·卡迪尔汗所率领的喀喇汗主力，在当年年底一举攻克于阗城，迫使于阗王率领残余部队退至昆仑山区，虽然喀喇汗军在策勒波斯坦乡遭受到一次大败，但仍在1004年后不久，时为大汗的优素福·卡迪尔汗(苏莱曼之孙)灭于阗，战争历时40年。王朝达到极盛。
11世纪初，喀喇汗王朝镇压了萨曼王族阿卜·伊卜拉欣·伊斯玛仪领导的反抗运动;又两次越过阿姆河，进攻突厥人加兹尼王朝，但以失败告终。双方以阿姆河为界，平分了萨曼王朝原有的疆域。至此，喀喇汗王朝对外扩张基本停止下来。
达到鼎盛
1004年，灭于阗国，和田地区尽为喀喇汗王朝所辖，不久，喀喇汗王朝同自己的同族兄弟——高昌回鹘发生战争，喀喇汗可汗阿赫马德·托干汗率军数次击败高昌回鹘，此时的高昌回鹘也拥有强大的国力，并与辽朝保持着友好关系，面对喀喇汗军队的进攻，高昌回鹘在组织武力抵抗的同时，也在策动游牧民族夹击，在辽国的默许之下，来自蒙古高原的3万帐(一说30万帐)“异教游牧部落”(这些游牧部落主要是契丹人，以及尚未伊斯兰化的突厥人)大肆进入喀喇汗王朝的边境，阿赫马德.托干汗击溃了这些游牧部落的侵袭，并将他们牢牢地拴在阿力麻里、叶密立等地的草原。
喀喇汗王朝的边界在此时推进到了阿克苏地区的库车，此时的汗朝俨然中亚帝国，甚至成为与当时的辽朝不相上下的世界性帝国之一。汗朝的疆域，东起阿克苏地区的库车，西至咸海附近的干草原地区，南邻阿姆河、喷赤河、喀喇昆仑山与昆仑山脉，北抵巴尔喀什湖、伊犁河河谷与七河流域的草原，东南直达罗布泊沙漠地带，其疆域在国内，囊括今天新疆省的巴音郭楞蒙古自治州、伊犁哈萨克自治州、伊宁市、阿克苏地区、阿拉尔市、和田地区、喀什地区、图木舒克市、克孜勒苏柯尔克孜自治州，在国外，囊括哈萨克斯坦共和国、乌兹别克斯坦共和国、吉尔吉斯斯坦共和国、塔吉克斯坦共和国。汗朝拥有一支以重骑兵为主的强大军队，既有中央汗庭训练的“古拉姆”近卫军，又有地方伊克塔军事地主组成的封建骑兵。在七河流域与伊犁河河谷兴建了大批新兴城市，大批突厥语民族由游牧转入定居，经济文化非常发达。
王朝的分裂
阿尔斯兰·伊利克纳赛尔征服河中地区后，在卡迪尔汗·玉素甫为王朝大汗时，哈桑的幼子、玉素甫的兄弟阿里特勤成为河中地区的统治者，自称桃花石·喀喇汗。他死后，儿子玉素甫继位。1038年，曾征服河中地区的纳赛尔的儿子伊卜拉欣从玉素甫的囚禁中逃脱，招募军队，同玉素甫争夺河中地区。经过两年多的战争，伊卜拉欣攻下布哈拉，控制了整个河中地区。
经过100多年的政治演变，喀喇汗王朝汗桃花石族的两大系已完全形成，即长支阿里系和幼支哈桑系。起初，王朝的统治权控制在阿里系手中，但玉素甫卡迪尔汗占领喀什噶尔后，王朝的统治权转到哈桑系手中。1041年伊卜拉欣用武力夺取布哈拉后，阿里系控制了河中地区，而哈桑系只控制王朝东部。伊卜拉欣自称桃花石·博格拉·喀喇汗，完全独立自主，不承认东部喀喇汗为宗主。于是在中亚地区形成了完全平行的两个独立王朝——东部喀喇汗王朝和西部喀喇汗王朝。
大约自1041年起，喀喇汗王朝正式分裂为二，西汗为阿里后裔，通称阿里系，领有河中地区及费尔干纳西部，以撒马尔罕、布哈拉为都城;东汗为哈仑·卜格拉汗后裔，通称哈仑或哈散系，领有怛逻斯、白水城、石城、费尔干纳东部、七河流域和喀什噶尔，以八剌沙衮为政治、军事都城，以喀什噶尔为宗教、文化中心。
1089年塞尔柱王朝攻下布哈拉，西部喀喇汗王朝从此在政治上成为塞尔柱王朝的附庸;东部喀喇汗王朝在1130年，也曾一度表示臣服于塞尔柱王朝。
1124年，辽国灭亡，辽国贵族耶律大石带领少量部众逃亡至东喀喇汗汗庭请求避难，不料此时的汗朝自顾不暇，耶律大石遂联合那3万帐“异教游牧部落”，驻扎叶密立，开始发展自己的势力。
1134年，东部喀喇汗王朝大可汗伊卜拉欣同葛逻禄首领和康里首领不和，发生冲突，请求耶律大石出兵支援。耶律大石趁机发动政变，占领巴拉沙衮，作为自己的都城，把东部喀喇汗王朝降为附庸，从此东部喀喇汗王朝的辖地只有喀什噶尔、阿克苏与和田地区。
西王朝从11世纪末、12世纪初起，已受塞尔柱突厥王朝(1038～1194)之挟制，1137年西辽在和毡击溃西部喀喇汗王朝的军队。1141年九月九日，塞尔柱王朝与西辽王朝在卡特万草原上进行了历史上著名的会战。耶律大石协同后辽上将魏振兴指挥东喀喇汗以少胜多，塞尔柱王朝惨败，结果退出了河中地区，西部喀喇汗王朝改换宗主，仍以附庸形式保存下来。
由于以耶律大石为首的西辽国靠政变登上了中亚舞台，对原汗朝各个地区的统治比较微弱，部分地区更是政令不通，所以从西辽时期起，西辽国开始将东、西喀喇汗与葛逻禄自治区分而治之，分别派驻不同的监察官，西辽政权直接占据八剌沙衮附近，叶密立附近又出现半独立的政权，汗朝逐渐失去了七河流域与伊犁河流域。汗朝也逐渐由一个(两个)相对统一的王朝，演变为多个政权组成的松散联合体。
从12世纪中期开始，汗朝各地派驻的长官纷纷独立，与西辽分庭抗礼。12世纪末期，一个名叫斡匝儿的葛逻禄响马占据了汗朝的阿力麻里，建立起小汗国，不久，另一个名为阿尔斯兰的葛逻禄人占据海押立，对抗西辽。汗朝遂彻底失去伊犁河流域。
王朝灭亡
东喀喇汗王朝成为西辽王朝的附庸之后，王朝的首领伊卜拉欣于1158年被西辽王朝派往河中地区帮助西喀喇汗王朝镇压叛乱的葛逻禄人。根据史料，东部喀喇汗王朝的首领又恢复了汗的称号。继伊卜拉欣统治的是其儿子穆罕默德，之后是孙子玉素甫。玉素甫在1205年死于喀什噶尔，其子穆罕默德继位。在穆罕默德统治时期，宗主西辽王朝政局已很不稳定，附庸国或独立，或转投成吉思汗。穆罕默德汗被西辽王朝囚禁于巴拉沙衮。1211年，乃蛮王子屈出律取代西辽末帝直鲁古的统治，放穆罕默德汗回喀什噶尔，但是喀什噶尔贵族们并不欢迎穆罕默德汗，当他入城时被刺死于城门中，东喀喇汗王朝灭亡。
西辽王朝归并河中地区后，封伊卜拉欣为桃花石汗，作为自己的附庸。在他统治时期，西喀喇汗王朝与葛逻禄军事首领之间继续斗争。1156年，桃花石汗伊卜拉欣与葛逻禄军事首领艾亚尔伯克在饥饿草原会战，汗战败被俘遭杀，暴尸于草原。继之登上汗位的是阿里，称恰格雷汗。从此西喀喇汗王朝的统治权又转回哈桑系手中。阿里是东喀喇汗王朝的乌兹干领主。恰格雷汗阿里于1158年杀死葛逻禄大首领比古汗，比古汗的儿子们逃往花剌子模。花剌子模沙鼓动并支持流亡的葛逻禄人进犯河中地区。最后，经宗教界人士调解，双方订立和约。西辽王朝认为携带武器的葛逻禄人始终是河中地区不安定的因素，决心予以彻底铲除。1164年，承天太后普速完命令西喀喇汗王朝把布哈拉和撒马尔罕地区的葛逻禄人迁往喀什噶尔地区，他们到那里后不准再携带武器，要从事农业或其它劳动。此举引起葛逻禄人暴动，他们联合起来，向布哈拉进军。布哈拉地方长官用谈判稳住葛逻禄人，使他们失去警惕。喀喇汗王朝的军队突然到达，葛逻禄人措手不及，遭到毁灭性的打击。从此，葛逻禄人在河中地区的势力衰落，再没有同喀喇汗王朝发生大的冲突。此后西喀喇汗王朝汗位更替频繁，13世纪初，末代君主奥斯曼即位时，汗权已经十分衰弱了。1206年，布哈拉城爆发了手工业者桑贾尔领导的反对宗教封建主的市民起义，给教团势力以沉重打击。原本臣属于西辽的花剌子模国王摩诃末早已对河中地区虎视耽耽，一直在寻找时机。他认为桑贾尔起义是征服这一地区的最好时机，于是率领大军直取布哈拉。摩诃末很快攻下了布哈拉，把桑贾尔投入河中淹死，残酷地镇压了这次人民起义。摩诃末为了“和平”占有整个河中地区，便暂时与西喀喇汗王朝结成同盟。此举遭到西辽的强烈反对，出兵打败了花剌子模与西喀喇汗王朝的联军。摩诃末逃回花剌子模后，西喀喇汗王朝首领奥斯曼又转向西辽王朝，并向皇帝直鲁古的女儿求婚，但遭到拒绝。奥斯曼受辱后又转向花剌子模方面，并承认摩诃末为自己的宗主。这引起西辽王朝的再次出兵，攻占了撤马尔罕。但是此时西辽的东部发生了比这更为严重的叛乱——乃蛮王子屈出律起兵骚扰各地，直鲁古不得不从撒马尔罕撤兵，返回东部。花剌子模摩诃末利用这一时机，再次率军进入河中地区，在奥斯曼的欢迎下进驻撒马尔罕。成为花剌子模的属国后，奥斯曼处于花剌子模驻撒马尔罕总督的有力控制之下，完全失去自由，西喀喇汗王朝人民则遭受到更为残酷的剥削。1212年，河中人民不满花剌子模王朝的盘剥，举行起义，奥斯曼汗支持这一行动。摩诃末率军镇压，攻破撒马尔罕城，处死奥斯曼汗，西喀喇汗王朝灭亡。
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