慕容农是后燕开国皇帝慕容垂之子，他与慕容隆一样，是慕容垂的爱姬所生。史书上最早关于慕容农的记载是在东晋太和四年(369年)，当时东晋大司马桓温率军进攻前燕，其父慕容垂力挽狂澜，击退晋军。
慕容农是后燕开国皇帝慕容垂之子，他与慕容隆一样，是慕容垂的爱姬所生。史书上最早关于慕容农的记载是在东晋太和四年(369年)，当时东晋大司马桓温率军进攻前燕，其父慕容垂力挽狂澜，击退晋军。由于慕容垂与慕容儁和可足浑氏关系不好，慕容儁死后，慕容暐即位，大权掌握在太傅慕容评的手中。此时慕容垂大败桓温，威名大振，慕容评对慕容垂更是忌恨。太后可足浑氏遂与慕容评相谋，欲杀慕容垂。慕容垂知道后，拒绝了一些人提出谋反的建议，而是采取出逃避祸的方式，于十一月以打猎为由，微服出邺，准备回故都龙城。到邯郸时，却出了意外，幼子慕容麟向来不为慕容垂所宠爱，便向慕容评告状，慕容垂左右也多有离去。慕容垂遂率夫人段氏(后段后)，子慕容令、慕容宝、慕容农、慕容隆，慕容恪之子慕容楷，舅兰建，郎中令高弼等一起投奔前秦。
前秦王苻坚素闻慕容垂之名，待其甚厚。慕容垂便在前秦居住下来，几年中，王猛、苻融等大臣多次劝苻坚诛杀慕容垂等人，但都被符坚阻止了。至到宁康二年(375年)七月，王猛病逝，慕容氏才得以解脱。
时前秦四处征战，所向皆捷，但鼎盛的后面，却潜伏着社会危机。王猛死后不久，前秦的社会危机逐渐暴露出来了。太元二年(377年)，慕容农便暗中对慕容垂说："自王猛之死，秦之法制，日以颓靡，今又重之以奢侈，殃将至矣，图谶之言，行当有验。大王宜结纳英杰以承天意，时不可失也!"慕容垂此时已有此意，为防外泄，便笑着说："天下事非尔所及"(《资治通鉴·卷第一百四》)
太元八年(383年)，苻坚在淝水之战之战中惨败，时诸军皆溃，惟慕容垂所率三万人独全，苻坚率千余骑兵随慕容垂而归。慕容垂的亲信都劝慕容垂乘机杀死苻坚，但慕容垂念苻坚往日待己的恩惠，没有同意，相反地把军队悉数交给了苻坚。苻坚沿途收集逃散的士卒，到洛阳时，已有十余万众，"百官、仪物、军容粗备"(《资治通鉴·卷第一百五》)，元气略有些恢复。
此时，慕容农献计于慕容垂说："尊不迫人于险，其义声足以感动天地。农闻秘记曰：'燕复兴当在河阳。'夫取果于未熟与自落，不过晚旬日之间，然其难易美恶，相去远矣"(《资治通鉴·卷第一百五》)慕容垂纳其言，用计离开苻坚回邺城，准备复国。
镇守邺城的是苻坚之子长乐公苻丕，苻丕闻慕容垂北来，怀疑其欲叛秦，便让他住在邺西。时洛阳附近的丁零人翟斌起兵叛秦，准备攻豫州牧、平原公苻晖于洛阳，翟斌部中有大批的前燕人，苻坚乘机派慕容垂前去平叛。为防其反叛，只给了2000老兵，又派广武将军苻飞龙率1000氐族精骑随行，并暗中告诉苻飞龙："卿王室肺腑，年秩虽卑，其实帅也。垂为三军之统，卿为谋垂之主，用兵制胜之权，防微杜贰之略，委之于卿，卿其勉之("《晋书·慕容垂载记》)
慕容垂把慕容农和慕容楷、慕容绍留在邺城，带慕容宝、慕容隆等前去平叛。不久，慕容垂设计杀死苻飞龙，起兵叛秦，并将起兵之事告之于慕容农等，让其起兵相应。时天色已晚，慕容农与慕容楷留宿邺城，慕容绍先出城至蒲池，盗苻丕骏马数百匹，等候慕容农与慕容楷。月末，二人率数十骑微服出邺城与慕容绍会合，奔往列人(今河北邯郸市东)。
直到太元九年(384年)正月，苻丕大会宾客，请慕容农等人，但久等不至，始觉有变。便四处派人查找，三天后，才知慕容农已在列人起兵了，大怒不已。
慕容农到列人后，到乌桓人鲁利的家中。鲁利为其准备了食物，但慕容农却笑而不食。鲁利对妻子说："恶奴，郎贵人，家贫无以馔之，奈何?"其妻说："郎有雄才大志，今无故而至，必将有异，非为饮食来也。君亟出，远望以备非常。"鲁利纳其言。这时慕容农对鲁利说："吾欲集兵列人以图兴复，卿能从我乎?"鲁利说："死生唯郎是从。"慕容农又去造访乌桓人张骧，对他说："家王已举大事，翟斌等咸相推奉，远近响应，故来相告耳。"张骧说："得旧主而奉之，敢不尽死"(《资治通鉴·卷第一百五》)
于是慕容农将列人居民改编为士兵，斩桑榆树做成武器，扯襜衣当做旗帜，又招集了毕聪、卜胜、张延、李白、郭超、刘大等数千人。慕容农以张骧为辅国将军、刘大为安远将军、鲁利为建威将军。慕容农率军攻破馆陶，缴获大量军资器械，派兰汗、段赞、赵秋、慕舆悕等夺马数千匹。此时，慕容农的军队兵强马壮，步骑云集，众至数万。张骧等人共推慕容农为使持节、都督河北诸军事、骠骑大将军，监统诸将，随才部署，上下肃然。慕容农认为慕容垂未至，不敢擅自封赏将士。赵秋便对他说："军无赏，士不往。今之来者，皆欲建一时之功，规万世之利，宜承制封拜，以广中兴之基"(《资治通鉴·卷第一百五》)慕容农纳其言，于是前来投奔的人络绎不绝。慕容垂知道后，对慕容农的做法很赞赏。此后，慕容农又西招库傉人官伟于上党，东引乞特人归于东阿，北召光烈将军平睿、汝阳太守平幼兄弟于燕国，众为皆应之。慕容农又派兰汗等攻克顿丘。慕容农所部"号令整肃，军无私掠，士女喜悦"(《资治通鉴·卷第一百五》)。
苻丕知道慕容农起兵后，便派石越率步骑万余人前来攻打。慕容农说："越有智勇之名，今不南拒大军而来此，是畏王而陵我也;必不设备，可以计取之"(《资治通鉴·卷第一百五》)。众人请求修筑列人，以做好防御。慕容农又说："善用兵者，结士以心，不以异物。今起义兵，唯敌是求，当以山河为城池，何列人之足治也"(《资治通鉴·卷第一百五》)。不久，石越至列人西，慕容农派赵秋及参军綦毋滕攻破石越的先头部队。参军赵谦对慕容农说："越甲仗虽精，人心危骇，易破也，宜急击之。"慕容农说："彼甲在外，我甲在心，昼战，则士卒见其外貌而惮之，不如待暮击之，可以必克"(《资治通鉴·卷第一百五》)。遂命令部队严阵以待，不得妄动。石越设围自守，慕容农笑着对诸将说："越兵精士众，不乘其初至之锐以击我，方更立栅，吾知其无能为也"(《资治通鉴·卷第一百五》)。待到天黑，慕容农率军在城西列阵，牙门刘木请战，慕容农笑着说："凡人见美食，谁不欲之，何得独请!然汝猛锐可嘉，当以先锋惠汝"(《资治通鉴·卷第一百五》)。刘木遂率400名壮士突破敌阵，大军随后冲击，秦兵大败，石越被斩，前秦上下人心浮动。
不久，慕容垂到达邺城附近，改前秦建元为燕元年。以前岷山公库傉官伟为左长史，肖尚书段崇为右长史，荥阳郑豁等为从事中郎，并立慕容宝为太子。慕容农也率军与慕容垂会合，慕容垂仍以慕容农为骠骑大将军，与其共攻邺城。
七月，翟斌恃功骄纵，索求无厌。时邺城久功不下，翟斌渐有叛心。世子慕容宝请求将其杀掉，慕容垂说："河南之盟，不可负也。若其为难，罪由于斌。今事未有形而杀之，人必谓我忌惮其功能;吾方收揽豪杰以隆大业，不可示人以狭，失天下之望也。藉彼有谋，吾以智防之，无能为也。"慕容农和范阳王慕容德、陈留王慕容绍都说："翟斌兄弟恃功而骄，必为国患。"慕容垂说："骄则速败，焉能为患?彼有大功，当听其自毙耳"(《资治通鉴·卷第一百五》)。对其礼遇更重。
翟斌还想当尚书令，慕容垂说："翟王之功，宜居上辅;但台既未建，此官不可遽置耳"(《资治通鉴·卷第一百五》)。翟斌大怒，遂反，暗中与邺城内苻丕联络，又派丁零兵决堤放水，解除邺城被淹的危险。事泄，慕容垂杀翟斌兄弟，余者皆免。翟斌侄翟真乘夜逃往邯郸(今属河北)。太原王慕容楷和陈留王慕容绍对慕容垂说："丁零非有大志，但宠过为乱耳。今急之则屯聚为寇，缓之则自散。散而击之，无不克矣"慕容垂从之。
八月，翟真率部从邯郸逃走。慕容垂派慕容农和太原王慕容楷率骑兵追击。追至下邑，慕容楷见敌阵不整，欲出战，慕容农认为："士卒饥倦，且视贼营不见丁壮，殆有他伏"(《资治通鉴·卷第一百五》)。慕容楷不纳，下令攻击，燕军果然大败。翟真继续北进，直趋中山(今河北定州)。
时前秦邺城守军长期被围，粮草渐尽。慕容垂认为："苻丕穷寇，必守死不降。丁零叛扰，乃我腹心之患。吾欲迁师新城，开其逸路，进以谢秦主畴昔之恩，退以严击真之备"(《晋书·慕容垂载记》)。燕军遂解围退至新兴城，另派慕容农到清河、平原一带征收租赋。慕容农"明立约束，均适有无，军令严整，无所侵暴"(《资治通鉴·卷第一百五》)，所以得到大批军用物资。
翟真击败后燕军，驻于承营(今河北定州附近)，与前秦公孙希、宋敞等人互相呼应。前秦长乐公苻丕派光祚率军数百赶赴中山(今河北定州)，与翟真会合;又派阳平太守邵兴率骑兵数千往冀州郡县活动，招集旧部，准备与光祚在襄国会合。当时，后燕兵马疲弊，秦军又渐渐恢复了元气，冀州郡县都在观望成败，赵郡人赵粟等起兵响应邵兴。慕容垂派冠军大将军慕容隆及龙骧将军张崇率军击邵兴，同时命令慕容农自清河出发，前来会合。慕容隆与邵兴在襄国交战，邵兴大败，邵兴逃至广阿，路遇慕容农，被慕容农俘获。光祚听到邵兴战败被俘的消息，急速撤回邺城(今河北临漳西南)。不久，赵粟等起事部众均被镇压下去，冀州郡、县复入于后燕。
十一月，慕容农自信都西击翟真从兄翟辽，破其军于鲁口。翟辽退屯无极，慕容农屯藁城以逼之。十二月，慕容农又与慕容麟合兵攻打翟辽，大破之，翟辽单骑逃往翟真处。
太元十年(385年)二月，慕容农率军与慕容麟会于中山，共攻翟真。二人先率数千骑兵至敌营，观察形势，被翟真发现，率军而出。诸将欲退，慕容农认为："丁零非不劲勇，而翟真懦弱，今简精锐，望真所在而冲之，真走，众必散矣，乃邀门而蹙之，可尽杀也"(《资治通鉴·卷第一百六》)遂派骁骑将军慕容国率百余骑冲击敌阵，翟真果然败走，其士兵争相入城门，结果自相残踏，死者过半，燕军遂攻下其外城。
三月，慕容垂攻邺城不下，将北去冀州，命令抚军大将军慕容麟屯驻信都(今河北冀县)，乐浪王慕容温屯中山(今河北定州)，召慕容农回邺城。附近各部以为燕军不振，颇怀去就。
慕容农至高邑后，派从事中郎眭邃到附近巡视，可到了期限却未回营，长史张攀对慕容农说："邃目下参佐，敢欺罔不还，请回军计之"(《资治通鉴·卷第一百六》)。慕容农不应，假传燕王之令，以眭邃为高阳太守，参佐家住在赵北的，也都遣归。共补太守三人，长史二十余人。然后对张攀说："君所见殊误，当今岂可自相鱼肉!俟吾北还，邃等自当迎于道左，君但观之"(《资治通鉴·卷第一百六》)
晋将刘牢之攻打黎阳，慕容垂留慕容农继续攻邺城，亲自率军去解围。苻丕闻之便想乘机夜袭燕营，结果被慕容农击败。同时，慕容垂也击退了刘牢之的进攻，率军回邺城。
四月，燕、秦两军已相持经年，幽、冀两州发生饥荒，燕军多有饿死者，慕容垂遂下令禁止农民养蚕，好以桑椹为军粮。慕容垂准备北上中山，让慕容农先行，先前被假授官职的眭邃等人都前来迎候，上下和好如初，众人乃佩服慕容农的智略。
七月，后燕建节将军余岩反叛，从武邑(今属河北)赴幽州(治蓟，今北京西南)。慕容垂遣使令幽州刺史平规坚守，不与余岩交战。平规不纳，战败。余岩入蓟，掠千余户而去，占据令支(今河北迁安西)。
太元十一年(386年)正月，慕容垂自立为帝，建都中山，改元建兴，史称后燕。四月，慕容垂封慕容农为辽西王。
太元十四年(389年)正月，慕容农已在辽东镇守了近五年，将辽东治理的井井有条。但慕容农不满足于此，还想上阵杀敌立攻，便上表说："臣顷因征即镇，所统将士安逸积年，青、徐、荆、雍遗寇尚繁，愿时代还，展竭微效，生无余力，没无遗恨，臣之志也"(《资治通鉴·卷第一百六》)。慕容垂遂召慕容农为侍中、司隶校尉。并以屡立战功的高阳王慕容隆为都督幽、平二州诸军事、征北大将军、幽州牧，代替慕容农。慕容隆到辽东后，采取萧归曹随的办法进行治理，广施仁政，辽东太平依旧。
十月，燕乐浪悼王慕容温为冀州刺史，翟辽派丁零人故堤向慕容温诈降，刺杀慕容温，并其长史司马驱率守兵二百户投奔西燕。慕容农知道后，于襄国大败其军，除故堤外，全部被俘。
太元十六年(391年)十月，翟辽卒，子翟钊代领其众，并率军攻打邺城，慕容农将击击退。
太元十七年(392年)三月，慕容垂率师讨伐翟钊。六月，进至黎阳(今河南浚县东北)，两军对峙。翟钊列营于黄河南岸，诸将惧翟钊兵精，认为不宜渡河，慕容垂笑道："坚子何能为，吾今为鲫等杀之"(《晋书·慕容垂载记》)。慕容垂观察翟军防范严密，遂徒营于黎阳西40里处，制作百余只牛皮船，伪作引渡。翟钊闻讯急率兵往拒。慕容垂即暗遣将自黎阳津夜渡，于南岸设营。翟钊得悉，急还攻燕军营垒。慕容垂命慕容镇等坚守不战。翟钊军此时非常疲惫，攻营不克，准备率军而回。慕容镇引兵出战。此时，屯黎阳西的慕容农也渡河而至，与慕容镇等夹击翟钊军，大破之。翟钊回到滑台，带妻子、部众逃往白鹿山，凭险自守，燕军屡攻不下。慕容农见此情景，便说："钊无粮，不能久居山中"(《资治通鉴·卷第一百八》)便率部而还，只留下一些骑兵在此等候。不久，翟钊果然下山寻粮，伏兵四起，尽获其众，翟钊只身逃奔长子(今山西境)，投奔西燕，后因谋反，被西燕慕容永所杀。
十二月，慕容垂回到中山，以慕容农为都督兖、豫、荆、徐、雍五州诸军事，镇守邺城。
太元十九年(394年)二月，慕容垂增调司、冀、青、兖四州兵分三路大举进攻，自率大军出沙亭与西燕作战，其中慕容农率军出壶关。西燕主慕容永发兵5万以抵拒后燕军，将粮草聚于台壁(今山西黎城西南)。西燕台壁守卫孤立，慕容永见慕容垂率军驻扎邺西南一个多月未有行动，遂怀疑后燕军将从秘密道路进攻，便召集各路军队驻屯轵关(今河南济源西北)，扼守太行口，惟留台壁一军。西燕台壁守卫孤立，慕容垂乘机率大军出滏口，进入天井关(在今山西晋城县南太行山上)。
五月，后燕军进至台壁，慕容农击败了小逸豆归的进攻，并斩右将军勒马驹，擒镇东将军王次多，并包围台壁。慕容永亲率驻太行军5万回师阻击，慕容垂派骁骑将军慕容国在涧下埋伏骑兵千人，值两军交战时，慕容垂假装败退，慕容永追数里，中埋伏。后燕军立刻从四面进攻，大破西燕5万援军，斩8000余人，慕容永败回长子(今山西长子西南)。晋阳守将闻兵败，弃城逃走，后燕军轻取晋阳。
六月，后燕军包围长子。八月，西燕太尉大逸豆归部将伐勤等人开城门投降，后燕军入长子，杀慕容永和公卿大将刁云、大逸豆归等30多人，西燕所统辖8郡7万余户和大量物资为后燕所有。西燕灭亡。
七月，慕容农率部数万人至并州。时并州素乏储存，而且该年霜降甚早，百姓无粮，燕军来后，又派诸部护军分监诸胡，因此"民夷俱怨，潜召魏军"(《资治通鉴·卷第一百八》)。
八月，拓跋珪率步骑40余万大举攻燕。九月，军至阳曲，乘西山，临晋阳(并州治所，今太原西南)，遣骑环城大噪而去。慕容农出战，大败，奔还晋阳，司马慕舆嵩闭门不让慕容农进城。慕容农带妻子和部众数千人东走，魏中领将军长孙肥追之，于潞川俘获慕容农妻子，燕军全军覆没。慕容农也身受重伤，只身逃归中山。
魏出军都之步骑亦攻克渔阳(今北京市密云西)。拓跋珪取并州后，继续率军东进，直指后燕国都中山。燕王慕容宝修城贮粮坚守中山，派慕容农出兵安喜(今河北定州东南)，作为警戒。一切军务，皆委于赵王慕容麟。十月，拓跋珪派冠军将军于栗磾、宁朔将军公孙兰率步骑2万，暗从晋阳开韩信旧道，趋井陉关(今河北井陉西北)。拓跋珪首先攻取常山(今河北正定南)。常山以东各郡县守宰或逃或降，只有中山、邺(今河北临漳西南)、信都(今河北冀县)三城为燕军所守。十一月，拓跋珪命东平公拓跋仪率5万骑兵攻邺，冠军将军王建、左将军李栗攻信都;自率大军攻中山，不克，拓跋圭认为中山城固，急攻伤士，久围则费粮，遂率军南向。十二月，北魏别部大人没根率新兵数十人降燕，请兵袭魏;其侄酰提在并州任监军，亦率所部回国作乱。
隆安元年(397年)二月，燕主慕容宝闻魏有内乱，不从魏主请和，调集步卒12万、骑兵3.7万屯柏肆(今河北藁城北15公里)，在滹沱水北筑军营，向魏军挑战。拓跋珪率军到柏肆，在滹沱河南筑营。慕容宝派勇士万余人为先锋夜渡滹沱河，袭击魏营，亲率大军在魏营之北布阵，作为后援。燕军夜到魏营，凭借风势放起大火猛攻魏营，魏军大乱。但拓跋珪很快召集军队，在营外多设火把，纵骑兵冲击，大败燕军，俘斩万余。慕容宝率军渡河退回。次日拓跋珪整军渡河，与燕军相持。慕容宝见燕军士气被夺，率军向中山败退。拓跋珪追击，多次打败燕之殿后军队。慕容宝害怕被魏军追上，令士卒抛仗弃甲，继而置大军于不顾，仅率2万骑逃回中山，时值大风雪，冻死者无数。所弃将士及文武大臣，降魏或被俘者甚众。拓跋珪在柏肆战胜燕军，旋遣兵回国平定内乱，随即再次进攻中山。
三月，城中将士都想出战，慕容隆也劝慕容宝出战，但多次都被慕容麟阻挠。不久，燕发生内乱，慕容麟谋杀慕容宝未成，出奔西山。城中震骇，慕容宝不知慕容麟逃到何处，认为清河王慕容会的军队在附近，怕慕容麟夺其军权然后占据龙城(今辽宁朝阳)，便召慕容农和慕容隆，准备放弃中山，逃往龙城。
时慕容农部将谷会归对慕容农说："城中之人，皆涉圭、参合所杀者父兄子弟，泣血踊跃，欲与魏战，而为卫军所抑。今闻主上当北迁，皆曰：'得慕容氏一人奉而立之，以与魏战，死无所恨。'大王幸而留此，以副众望，击退魏军，抚宁畿甸，奉迎大驾，亦不失为忠臣也。"慕容农想杀谷会归，却又不忍，对其说："必如此以望生，不如就死"(《资治通鉴·卷第一百九》)。
慕容宝等至蓟城(今北京城西南)，一路上伤亡众多，只剩下慕容隆所率的数百骑做为护卫，清河王慕容会率二万骑兵出城迎接。慕容宝见慕容会脸上怏怏有恨色，便暗中告诉了慕容农和慕容隆。二人都说："会年少，专任方面，习骄所致，岂有它也!臣等当以礼责之"((资治通鉴·卷第一百九》)。慕容宝虽同意，但仍将慕容会的军队交给慕容隆，慕容隆不同意，慕容宝便将慕容会的军队分一部分给慕容隆和慕容农。并派西河公库傉官骥率兵3000帮助慕容详守中山。
不久，慕容宝将蓟城中府库全部运往龙城，北魏军追击后燕军，慕容会回军相战，慕容隆和慕容农也率军击之，大败魏军，追百余里，斩数千人。
慕容会打败魏军后，居功自傲，慕容隆因此多次训责慕容会。慕容会心中不满，慕容会害怕到龙城后，大权被名望素高于己的慕容农与慕容隆夺去，又知道自己没有希望当太子，便生叛反之念。时有人劝慕容宝杀慕容会，被侍御史仇尼归听到，告诉了慕容会，并鼓动其谋反。慕容会心存犹豫，没有同意。
此时，慕容宝对慕容农和慕容隆说："观道通志趣，必反无疑，宜早除之。"二人劝道："今寇敌内侮，中土纷纭，社稷之危，有如累卵。会镇抚旧都，远赴国难，其威名之重，足以震动四邻。逆状未彰而遽杀之，岂徒伤父子恩，亦恐大损威望。"慕容宝对说："会逆志已成，卿等慈恕，不忍早杀，恐一旦为变，必先害诸父，然后及吾，至时勿悔自负也"(《资治通鉴·卷第一百九》)二人力谏，慕容宝才做罢。慕容会知道后，更加害怕。
不久，慕容宝大赦，凡参与者都免罪，复旧职。论功行赏，拜将军、封侯者数百人。当时慕容农骨破见脑，多亏慕容宝亲自为其裹伤，慕容农才得以不死。慕容宝便以慕容农为左仆射，不久又拜司空、领尚书令。并追赠高阳王慕容隆为司徒。八月，又以慕容农为都督中外诸军事、大司马、录尚书事。
隆安二年(398年)正月，北魏王拓跋珪自中山(今河北定州)北还。不久，燕将启伦还至龙城，言中山已陷，慕容宝命罢兵。慕容农对慕容宝说："今迁都尚新，未可南征，宜因成师袭库莫奚，取其牛马以充军资，更审虚实，俟明年而议之"(《资治通鉴·卷第一百一十》)。慕容宝纳其言。不久，慕容宝北渡浇洛水。时南燕王慕容德派侍郎李延诣谒慕容宝，说："涉圭西上，中国空虚"(《资治通鉴·卷第一百一十》)李延追上慕容宝，慕容宝知道后大喜，即日引兵而还。
慕容宝回龙城，准备出征，慕容农和长乐王慕容盛劝阻说："兵疲力弱，魏新得志，未可与敌，宜且养兵观衅。"慕容宝准备纳其言，时抚军将军慕舆腾说："百姓可与乐成，难与图始。今师众已集，宜独决圣心，乘机进取，不宜广采异同以沮大计。"慕容宝说："吾计决矣，敢谏者斩"(《资治通鉴·卷第一百一十》)。二月，慕容宝出征，以慕容农为中军。不久后燕军至乙连(今辽宁建昌)，其部属长上官段速骨、宋赤眉等害怕征战，起兵反叛后燕。段速骨逼慕容隆长子高阳王慕容崇为主，杀死乐浪威王慕容宙、中牟熙公段谊和宗室诸王。慕容宝率10余骑投奔司空慕容农，慕容农准备出迎，其部下抱其腰进行阻止，说："宜小清澄，不可便出"(《资治通鉴·卷第一百一十》)。慕容农拔刀将其砍死，遂出营见慕容宝，还写信追回慕舆腾。不久，慕容宝、慕容农回大营，共讨段速骨等人。但慕容农、慕舆腾军队也因害怕征战而溃散。慕容宝、慕容农只好逃回龙城。镇守龙城的长乐王慕容盛听到叛乱的消息，引兵出迎，二人才得以幸免。后燕尚书兰汗暗中与段速骨通谋，率军在龙城东筑起大营。长乐王慕容盛迁徙近城之民入内，共得丁夫1万多人，登上城墙抵抗段速骨。时段速骨的同谋者只有百余人，其余的都是被迫反叛，所以军无斗志。
三月，段速骨率军攻龙城。慕容农害怕城不能守，又被兰汗诱惑，趁夜潜赴段速骨军中，希望以此自保。第二天早晨，段速骨等攻城，城上士兵拼命抵抗，段速骨军死数百人。段速骨便派慕容农循城而走，慕容农素有忠节威名，城中士兵都因此才进行抵抗，这时却见慕容农在段速骨军中，无不惊愕丧气，全部溃散。段速骨攻入城中，纵部众杀掠。慕容宝、慕容盛、慕舆腾、张真、李旱、赵恩等轻骑南逃。段速骨将慕容农囚禁在殿内。段速骨的谋主长上阿交罗认为高阳王慕容崇幼弱，便想立慕容农为帝。慕容崇的亲信鬷让、出力犍等知道后，于三月丁酉(公元398年4月7日)将慕容农和阿交罗杀死。
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